Page 98 - 《广西植物》2020年第4期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ａｐｒ. ２０２０ꎬ ４０(４): ５３６－５４５
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０１９０７０５１
张林甦ꎬ 韩忠耀ꎬ 王传明ꎬ 等. 阴地蕨全转录组分析及植物激素信号转导相关基因筛选 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ２０２０ꎬ ４０(４): ５３６－５４５.
ＺＨＡＮＤ ＬＳꎬ ＨＡＮ ＺＹꎬ ＷＡＮＧ ＣＭꎬ ｅｔ ａｌ. Ｇｌｏｂａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｂｏｔｒｙｃｈｉｕｍ ｔｅｒｎａｔｕｍ ａｎｄ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｏｆ ｉｔｓ ｐｌａｎｔ ｈｏｒｍｏｎｅ ｓｉｇｎａｌ
ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｇｅｎｅｓ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ２０２０ꎬ ４０(４): ５３６－５４５.
阴地蕨全转录组分析及植物激素信号转导相关基因筛选
张林甦 ꎬ 韩忠耀ꎬ 王传明ꎬ 邓先扩
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( 黔南民族医学高等专科学校 药学系ꎬ 贵州 都匀 ５５８０００ )
摘 要: 该研究以新鲜阴地蕨全株为材料ꎬ用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ ２５００ 平台进行全转录组测序ꎬ干净序列经组装
后得单一基因(Ｕｎｉｇｅｎｅ)ꎬ将 Ｕｎｉｇｅｎｅ 在非冗余蛋白 / 核酸数据库(ｎｏｎｒｅｄｕｎｄａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａｂａｓｅꎬ ＮＲ)、核酸序
列数据库(ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａｂａｓｅꎬＮＴ)、基因本体论数据库(ｇｅｎｅ ｏｎｔｏｌｏｇｙꎬＧＯ)、蛋白质真核同源数据库
(ｃｌｕｓｔｅｒｓ ｏｆ ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ ｇｒｏｕｐｓꎬＣＯＧ)、京都基因与基因组百科全书(Ｋｙｏｔｏ ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ ｏｆ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ
ｇｅｎｏｍｅｓꎬＫＥＧＧ)、蛋白质序列数据库 ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ 和 Ｉｎｔｅｒｐｒｏ 进行生物信息学分析ꎮ 结果表明:共获得干净序列
６.６７ Ｇｂ ꎬ组装后得到 ５８ ６４６ 个 Ｕｎｉｇｅｎｅꎬ平均长度为 １ ０２３ ｂｐꎬＵｎｉｇｅｎｅ 在上述数据库的总体注释率为
６９.２５％ꎮ 其中ꎬ在 ＧＯ 数据库中ꎬ２０ ７６２ 个基因被注释到生物功能、细胞组分和分子功能 ３ 个本体的 ５２ 个
功能组ꎬＣＯＧ 注释了 ２０ ６３３ 个基因并将其划分为 ２５ 个功能簇ꎻ在 ＫＥＧＧ 数据库中ꎬ比对注释了 ２９ ３７７ 个基
因ꎬ可划分为 ５ 个大类、１９ 个亚类代谢途径ꎬ据此筛选出八类植物激素信号转导相关的 ４１ 个基因家族ꎮ 通
过比对共得到 ４３ １０２ 个编码序列(ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅꎬＣＤＳ)ꎬ平均长度为 ７４９ ｂｐꎬ Ｎ５０ 为１ １３７ꎻ筛选到 ６０ 个转
录因子(ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ ｆａｃｔｏｒꎬＴＦ)家族共 １ ５０２ 个转录因子基因ꎻ共发现 １７ １９５ 个单核苷酸多态性(ｓｉｎｇｌｅ￣ｎｕｃｌｅｏ￣
ｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍꎬＳＮＰ)位点ꎬ其中碱基转换 １１ １２２ 个ꎬ颠换 ６ ０７３ 个ꎻ发现了 ８ ２４５ 个简单序列重复(ｓｉｍｐｌｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔꎬＳＳＲ)ꎬ数量最多的为二核苷酸重复和三核苷酸重复ꎮ 这些结果从功能和结构方面提供了阴
地蕨全转录组信息和涉及植物激素信号转导的潜在基因ꎬ为进一步深入研究阴地蕨的生长发育、遗传、品种
鉴别等提供了分子生物学的基础数据ꎮ
关键词: 阴地蕨ꎬ 转录组ꎬ 植物激素ꎬ 信号转导ꎬ 基因筛选
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ
文章编号: １０００￣３１４２(２０２０)０４￣０５３６￣１０ 开放科学(资源服务)标识码(ＯＳＩＤ):
Ｇｌｏｂａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｂｏｔｒｙｃｈｉｕｍ ｔｅｒｎａｔｕｍ
ａｎｄ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｏｆ ｉｔｓ ｐｌａｎｔ ｈｏｒｍｏｎｅ ｓｉｇｎａｌ
ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ ｒｅｌａｔｅｄ ｇｅｎｅｓ
收稿日期: ２０１９－１１－２２
基金项目: 贵州省科技基金( ＱＫＨ￣ＪＣ￣ [２０１６] １１３７)ꎻ黔南科技基金( ＱＮＫＨＳＺ [ ２０１６]￣２)ꎻ黔南民族医学高等专科学校基金
(ＱＮＹＺ￣２０１６０２ꎬＱＮＹＺ￣２０１８０１) [Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ ｂｙ Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ (ＱＫＨ￣ＪＣ￣[２０１６]１１３７)ꎻ Ｑｉａｎｎａｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ
ａｎｄ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ( ＱＮＫＨＳＺ [ ２０１６]￣２)ꎻ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ ｏｆ Ｑｉａｎｎａｎ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｃｏｌｌｅｇｅ ｆｏｒ Ｎａｔｉｏｎａｌｉｔｉｅｓ ( ＱＮＹＺ￣２０１６０２ꎬ ＱＮＹＺ￣
２０１８０１)]ꎮ
作者简介: 张林甦(１９７２ －)ꎬ女ꎬ贵州贵阳人ꎬ博士ꎬ副教授ꎬ主要从事药用植物功能基因组学研究ꎬ( Ｅ￣ｍａｉｌ) ｌｉｎｓｕｚｈａｎｇ００９＠
１６３.ｃｏｍꎮ
通信作者
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