Page 102 - 《广西植物》2020年第4期

５ ４ ０ 广 西 植 物 ４０ 卷
２.２ Ｕｎｉｇｅｎｅ 功能注释 (ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ａｄａｐｔｉｏｎ) 有关的基因有 １ ２６６ 个ꎮ
将 Ｕｎｉｇｅｎｅ 进 行 七 大 功 能 数 据 库 注 释 ( ＮＲ、 根据 ＫＥＧＧ 信号途径 ｍａｐ０４０７５ꎬ将经注释的相关
ＮＴ、ＧＯ、ＣＯＧ、ＫＥＧＧ、Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ 和 Ｉｎｔｅｒｐｒｏ)ꎬ注 释 基因进行归类ꎬ得植物激素信号转导相关的候选
结 果 见 表 ２ꎮ 在 ＮＲ ( ＮＣＢＩ 蛋 白 数 据 库ꎬ ＮＣＢＩ 基因(表 ３)ꎮ
ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａｂａｓｅ)中得到最多注释(６５.４％)ꎬ总体注
表 ３ 阴地蕨植物激素信号转导通路及相关基因
释率为 ６９.２５％ꎮ 根据 ＮＲ 注释结果统计了注释物
Ｔａｂｌｅ ３ Ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｈｏｒｍｏｎｅ ｓｉｇｎａｌ ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ
种 分 布 ( 图 ２ )ꎬ 在 蕨 类 植 物 小 立 碗 藓 ｐａｔｈｗａｙｓ ｏｆ Ｂｏｔｒｙｃｈｉｕｍ ｔｅｒｎａｔｕｍ
( Ｐｈｙｓｃｏｍｉｔｒｅｌｌａ ｐａｔｅｎｓ ) 和 江 南 卷 柏 ( Ｓｅｌａｇｉｎｅｌｌａ
激素名称 涉及基因 生物作用
ｍｏｅｌｌｅｎｄｏｒｆｆｉｉ)中共注释了 ２４％ꎬ跟阴地蕨蕨类植物 Ｈｏｒｍｏｎｅ Ｒｅｌａｔｅｄ ｇｅｎｅ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎ
ｎａｍｅ
属性相符ꎬ另外在常用的参比物种北美云杉( Ｐｉｃｅａ
生长素 ＡＵＸ１(１７) 细胞增大 Ｃｅｌｌ ｅｎｌａｒｇｅｍｅｎｔ
ｓｉｔｃｈｅｎｓｉｓ)中注释也较高(１４.２１％)ꎬ可能跟北美云 Ａｕｘｉｎ ＴＩＲ１(１４) 植物生长 Ｐｌａｎｔ ｇｒｏｗｔｈ
ＡＵＸ / ＩＡＡ(２３)
杉本 身 的 注 释 较 好 有 关 ( Ｒａｌｐｈ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００８)ꎮ
ＡＲＦ(７１)
ＮＲ、ＣＯＧ、ＫＥＧＧ、Ｓｗｉｓｓｐｒｏｔ 以及 Ｉｎｔｅｒｐｒｏ 的注释结 ＧＨ３(１１)
ＳＡＵＲ(１６)
果展示在图 ３ꎬ在五个数据库中都注释上的有 １２
细胞分裂素 ＣＲＥ１(１９) 细胞分裂 Ｃｅｌｌ ｄｉｖｉｓｉｏｎ
５２２ 个ꎬ占全部 Ｕｎｉｇｅｎｅ 的 ２１.４％ꎮ Ｃｙｔｏｋｉｎｉｎ ＡＨＰ(８) 芽形成 Ｓｈｏｏｔ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ
２.３ ＧＯ 注释结果 Ｂ￣ＡＲＲ(６７)
Ａ￣ＡＲＲ(７)
通过 ＧＯ 注释将 ２０ ７６２ 个阴地蕨基因或基因 赤霉素 ＧＩＤ１(１８) 茎生长 Ｓｔｅｍ ｇｒｏｗｔｈ
产物赋予三大类术语(ｔｅｒｍ): 分子功能、细胞组分 Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌｉｎ ＧＩＤ２(７) 诱导萌发 Ｉｎｄｕｃｅｄ ｇｅｒｍｉｎａ￣
ＤＥＬＬＡ(４２) ｔｉｏｎ
和生物学过程ꎬＧＯ 功能分布如图 ３ꎮ 在生物学过 ＴＦ (１２９)
＊
程中涉及基因数量处于前三位的分别是代谢过程 脱落酸 ＰＹＲ / ＰＹＬ(１５) 气孔关闭 Ｓｔｏｍａｔａｌ ｃｌｏｓｕｒｅ
Ａｂｓｃｉｓｉｃ ａｃｉｄ ＰＰ２Ｃ(４８) 种子休眠 Ｓｅｅｄ ｄｏｒｍａｎｃｙ
(ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｐｒｏｃｅｓｓ)、细胞过程( ｃｅｌｌｕｌａｒ ｐｒｏｃｅｓｓ) 和 ＳｎＲＫ２(２３)
单组织过程( ｓｉｎｇｌｅ￣ｏｒｇａｎｉｓｍ ｐｒｏｃｅｓｓ)ꎮ 细 胞 组 分 ＡＢＦ(３２)
油菜素甾醇 ＢＡＫ１(３９) 细胞伸长 Ｃｅｌｌ ｅｌｏｎｇａｔｉｏｎ
中 最 多 的 是 细 胞 ( ｃｅｌｌ )ꎬ 最 少 的 是 核 苷 Ｂｒａｓｓｉｏｎ￣ ＢＲＩ１(８３) 细胞分裂 Ｃｅｌｌ ｄｉｖｉｓｉｏｎ
ｓｔｅｒｏｉｄ
(ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ)ꎮ 分子功能中数量最多的是催化活性 ＢＳＫ(５)
ＢＫＩ１(３)
(ｃａｔａｌｙｔｉｃ ａｃｔｉｖｉｔｙ)和结合(ｂｉｎｄｉｎｇ)ꎬ其次是转运活 ＢＩＮ２(１)
性(ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｃｔｉｖｉｔｙ)ꎮ ＢＺＲ１ / ２(８)
ＴＣＨ４(８)
２.４ ＣＯＧ 功能注释
ＣＹＣＤ３(１)
通过与 ＣＯＧ 数据库进行比对ꎬ将 ２０ ６３３ 个阴 乙烯 ＥＴＲ(１２) 果实成熟 Ｆｒｕｉｔ ｒｉｐｅｎｉｎｇ
Ｅｔｈｙｌｅｎｅ ＣＴＲ１(２７) 老化 Ｓｅｎｅｓｃｅｎｃｅ
地蕨 Ｕｎｉｇｅｎｅ 进行 ＣＯＧ 注释ꎬ结果如图 ５ꎮ 聚在一
ＭＰＫ６(６)
般功 能 ( ｇｅｎｅｒａｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｎｌｙ) 的 最 多 ＥＩＮ２(７)
ＥＢＦ１ / ２(６)
(４ ５５９个)ꎬ包含１ ０００ ~ ２ ０００个基因的簇有 ８ 个ꎬ
ＥＩＮ３(１３)
包括翻译、核糖体结构及生物发生及转录等重要 ＥＦＲ１ / ２(３)
茉莉酸 ＪＡＲ１(６) 单萜合成
的生命活动ꎬ值得注意的是鉴定了 ９９５ 个未知功 Ｊａｓｍｏｎｉｃ ａｃｉｄ Ｍｏｎｏｔｅｒｐｅｎｏｉｄ ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ
ＣＯＩ１(３) 吲哚生物碱合成
能(ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｕｎｋｎｏｗｎ)基因ꎮ
Ｉｎｄｏｌｅ ａｌｋａｌｏｉｄ ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ
２.５ ＫＥＧＧ 通路分析及植物激素信号转导基因筛选 ＪＡＺ(２４)
ＭＹＣ２(５８)
共有 ２９ ３７７ 条基因比对到六大类、２１ 亚类代
水杨酸 ＮＰＲ１(３) 抗病 Ｄｉｓｅａｓｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ
谢通 路 上 ( 图 ６)ꎬ 其 中 数 量 最 多 的 是 新 陈 代 谢 Ｓａｌｉｃｙｌｉｃ ａｃｉｄ ＴＧＡ(２１)
ＰＲ￣１(７)
(ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ)通路ꎬ有 １７ ６９８ 个基因ꎬ占 ６０％ꎻ最
∗
少的是与人类疾病相关的基因ꎬ共 １４１ 个( 阴地蕨 注:括号中数字是基因数目ꎮ ＴＦ 是指 ＰＩＦ４ 和 ＰＩＦ３ꎮ
Ｎｏｔｅ: Ｎｕｍｂｅｒｓ ｉｎ ｂｒａｃｋｅｔｓ ａｒｅ ｎｕｍｂｅｒｓ ｏｆ ｇｅｎｅｓ. ＴＦ ∗ ｉｎｄｉｃａｔｅ
属植物)ꎻ与有机系统(ｏｒｇａｎｉｓｍａｌ ｓｙｓｔｅｍ)环境适应 ＰＩＦ４ ａｎｄ ＰＩＦ３.