Page 41 - 《广西植物》2021年第8期

ऐ 期 尹 彦 棚 等 ᧥ 基于 ۪ᑕዹᤦᔽᆍ 第三代测序技术的厚朴基因组测序分析 ϟ ԰ ጢ ጢ
其中完整单拷贝的 ϟ ሕԡᎮ 个ᖔèʢᑕ੫ቝᔀႿᡷᔀʛ ାВ୩ऊᨃ Ꭾጢ 显区分ᖔ且每一分组对角线的交互强度信号要高
个基因ᖔ有 ϟ࿗ऐ 个基因在 ጶቝᤦʢᢃᆍᡱၤᢃᡷᑕᡸᆍʛᤦϟԡ 数据 于非对角线位置ᖔ说明 ̀ᔽͱऊ 组装的染色体结果中
库中 没有找到ᖔାВ୩ऊᨃ 评 估 基 因组完整度为 邻近的序列间ྉ 对角线位置ɯ 交互强度高ᖔ而非邻
ऐᤃ঎԰ᠮᖔ说明组装结果较完整ᤥ 通过 ̀ᔽͱऊ 辅助组 近的序列之间ྉ 非对角线位置ɯ 的交互信号强度

装热图分析ྉ图 ϟɯᖔ厚朴 ϟँ 个染色体分组可以明 弱ᖔ证明基因组组装效果较好ᤥ

表 ϓই 厚朴基因组序列组装结果
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ϟজ ᥈ᔀႿᆍቝᔀ ༁ᔀीࣼᔀႿዹᔀ ᑕ༁༁ᔀቝᤦ᤟ᢃ ʢᔀ༁ࣼ᤟ᡷ༁

重叠群 重叠群 最长重叠群 碱基含量
重叠群长度 શጢԡ 的长度 શँԡ 的长度 的长度
组装方法 重叠群数目 ᥈ऊ
ऊᆍႿᡷᔽ੫ ᤟ᔀႿ੫ᡷၤ ऊᆍႿᡷᔽ੫ ᤟ᔀႿ੫ᡷၤ ऊᆍႿᡷᔽ੫ ᤟ᔀႿ੫ᡷၤ ᥘᑕ଴ ዹᆍႿᡷᔽ੫
ዶ༁༁ᔀቝᤦ᤟ᢃ ቝᔀᡷၤᆍʛ ऊᆍႿᡷᔽ੫ Ⴟࣼቝᤦᔀʢ ዹᆍႿᡷᔀႿᡷ
ྉᤦᡱɯ ᆍ஦ શጢԡ ᆍ஦ શँԡ ᤟ᔀႿ੫ᡷၤ
ྉᠮɯ
ྉᤦᡱɯ ྉᤦᡱɯ ྉᤦᡱɯ
ऊᑕႿࣼ 组装 ϟሕ ሕ࿗Ꭾ ϟ Ꭾϟԡ ࿗ԡᎮ ԡᤃԡ ϟऐԡ ሕጢϟ ጢᤃ ᤃ԰ԡ ሕ ጢϟ԰ ऐԡᤃ ࿗ԡ঎ᤃऐ
ዶ༁༁ᔀቝᤦ᤟ᔀʛ ᤦᢃ ऊᑕႿࣼ
̀ᔽͱऊ 组装 ϟϟ ጢᤃ԰ ϟ ᤃऐ࿗ ሕᤃϟ ᤃϟ࿗ ԰԰԰ ԡᤃँ ᤃϟ ԡ࿗ँ ԰ Ꭾԡԡ ԰ԡሕ ࿗ԡ঎ᤃጢ
ዶ༁༁ᔀቝᤦ᤟ᔀʛ ᤦᢃ ̀ᔽͱऊ

ऐϟ঎ᤃԡᠮᤥ 其中长散在重复序列ྉᓂ᧧શጶɯ得到重复序
列数目为 ࿗ጢԡ ऐᤃሕ 条ᖔ占比 ऐ঎࿗Ꭾᠮଫ短散在重复序列
ྉ୩᧧શጶɯ数目为 ϟऐ ጢሕԡ 条ᖔ占比 ԡ঎԰ᠮଫ长末端重复序
列ྉᓂఋ኏ɯ数目为 ँँᎮ ሕϟऐ 条ᖔ占比࿗࿗঎ԡ࿗ᠮଫ末端反向
重复序列ྉఋ᧧኏ɯ数目为 ϟ࿗ጢ ጢሕँ 条ᖔ占比 ࿗঎ጢᠮଫ简单

重复序列ྉ୩୩኏ɯ数目为ϟԡ ጢԡᤃ条ᖔ占比 ԡ঎࿗Ꭾᠮᤥ
对厚朴的基因预测结果ྉ 表 ԰ɯ 显示ᖔ获得了
԰ሕ ࿗԰࿗ 个蛋白编码基因及 ϟ ԡँᤃ 个非蛋白编码基
因ᖔ包括 Ꭾ԰ 个 ቝᔽዹʢᆍ኏શዶ 基因ᖔጢᎮጢ 个 ᡷ኏શዶ 基因
和 ࿗࿗ँ 个 ʢ኏શዶ 基因ᤥ
ԣॹ྽ 基因功能注释与分析
通过 ᣽ᨃ᥈ 功能注释 ྉ 图 ԰ɯᖔ 厚朴基因组的
ϟሕ ऐ࿗ጢ个基因获得注释ᖔ占预测到的总基因数的
ጢँ঎ϟϟᠮᤥ 从图中可以看出ᖔ厚朴的蛋白功能主要

集中 在 ᥥ 翻译后修饰ܦ 蛋白质转换ܦ 伴侣 ɼ
ᓂ᥈ԡͱᓂ᥈ϟऐ 代表 ᓂᑕዹၤᔀ༁ᔽ༁ ᥈ʢᆍࣼᡱ ԡͱ ϟऐᖔ横坐标ܦ纵坐标均代
表每个 ᤦᔽႿ 在相应染色体群组上的次序ᤥ ྉ ᡱᆍ༁ᡷᡷʢᑕႿ༁᤟ᑕᡷᔽᆍႿᑕ᤟ ቝᆍʛᔽ஦ᔽዹᑕᡷᔽᆍႿᖔ ᡱʢᆍᡷᔀᔽႿ ᡷࣼʢႿᆍ׹ᔀʢᖔ
ᓂ᥈ԡͱᓂ᥈ϟऐ ʢᔀᡱʢᔀ༁ᔀႿᡷ ᓂᑕዹၤᔀ༁ᔽ༁ ᥈ʢᆍࣼᡱ ԡͱϟऐᖔᑕႿʛ ᡷၤᔀ ᑕᤦ༁ዹᔽ༁༁ᑕ ᑕႿʛ
ዹၤᑕᡱᔀʢᆍႿᔀ༁ɯ ྉ ᨃɯᖔ 占比 ϟԡᠮଫ ᥥ 信号转 导 机 制 ɼ
ᆍʢʛᔽႿᑕᡷᔀ ʢᔀᡱʢᔀ༁ᔀႿᡷ ᡷၤᔀ ᆍʢʛᔀʢ ᆍ஦ ᔀᑕዹၤ ᤦᔽႿ ᆍႿ ᡷၤᔀ ዹᆍʢʢᔀ༁ᡱᆍႿʛᔽႿ੫
ྉ ༁ᔽ੫Ⴟᑕ᤟ ᡷʢᑕႿ༁ʛࣼዹᡷᔽᆍႿ ቝᔀዹၤᑕႿᔽ༁ቝ༁ɯྉఋɯ占比 ँᠮᖔ其次
ዹၤʢᆍቝᆍ༁ᆍቝᔀ ੫ʢᆍࣼᡱ঎
图 ϟজ 厚朴基因组 ̀ᔽͱऊ 组装染色体交互热图 为 ᥥ 碳水化合物转运和代谢 ɼ ྉ ዹᑕʢᤦᆍၤᢃʛʢᑕᡷᔀ
èᔽ੫঎ ϟজ ̀ᔽͱऊ ᑕ༁༁ᔀቝᤦ᤟ᢃ ዹၤʢᆍቝᆍ༁ᆍቝᔀ ᔽႿᡷᔀʢᑕዹᡷᔽᆍႿ ၤᔀᑕᡷ ᡷʢᑕႿ༁ᡱᆍʢᡷ ᑕႿʛ ቝᔀᡷᑕᤦᆍ᤟ᔽ༁ቝ ɯ ྉ ᥈ ɯ 与 ᥥ 转录 ɼ
ቝᑕᡱ ᆍ஦ ᤹ᐹ੖Ⴅᅳᤀᔠᐹ ᅳஏஏᔠዞᔠႥᐹᤀᔠ໧ ྉᡷʢᑕႿ༁ዹʢᔽᡱᡷᔽᆍႿɯྉ᣽ɯ 等功能ᖔ各占比 ጢᠮᤥ ᥥ 一般功
能预测ɼྉ੫ᔀႿᔀʢᑕ᤟ ஦ࣼႿዹᡷᔽᆍႿ ᡱʢᔀʛᔽዹᡷᔽᆍႿ ᆍႿ᤟ᢃɯ ྉ ኏ɯ 占比
ԣॹᇺ 基因预测结果 ԰԰ᠮᤥ 这些基因差异性表达可以对今后深入探究
利用 ኏ᔀᡱᔀᑕᡷᥘᑕ༁Ҵᔀʢ ׹࿗঎ԡ঎ᤃ 软件进行重复序列预 厚朴在进化过程中对环境响应的机制提供数据
测得到包含 ϟ঎ሕᎮ ᥈ᤦ 重复序列的厚朴基因组ᖔ占比 支持ᤥ