Page 20 - 《广西植物》2022年第12期

２ ０ １ ０ 广 西 植 物 ４２ 卷
制备实验流程构建插入片段大小( ｉｎｓｅｒｔ ｓｉｚｅ) 为 参数设置:单核苷酸( ｍｏｎｏ￣)、双核苷酸 ( ｄｉ￣)、三
４００ ｂｐ 的 ＤＮＡ 文库ꎮ 应用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖａＳｅｑ 平台 核 苷 酸 ( ｔｒｉ￣)、 四 核 苷 酸 ( ｔｅｔｒａ￣)、 五 核 苷 酸
对 ＤＮＡ 文 库 进 行 二 代 测 序 ( ｐａｉｒｅｄ￣ｅｎｄꎬ ２ × １５０ (ｐｅｎｔａ￣)、六核苷酸 ( ｈｅｘａ￣) ＳＳＲ 的最小重复次数
ｂｐ)ꎮ ＤＮＡ 提取及测序均在南京派森诺基因科技 分别为 １０、５、４、３、３、３ꎮ 利用 ＲＥＰｕｔｅｒ(Ｋｕｒｔｚ ｅｔ ａｌ.ꎬ
有限公司完成ꎮ ２００１)来分析木芙蓉 ３ 个品种和台湾芙蓉 ｃｐＤＮＡ
１.３ ｃｐＤＮＡ 的组装和注释 中的重复类型( Ｈａｍｍｉｎｇ 距离设置为 ３ꎬ重复序列

每个 物 种 得 到 了 至 少 ５Ｇ 的 原 始 数 据 ( ｒａｗ 的 最 小 长 度 限 制 为 ３０ )ꎮ 借 助 ＩＲｓｃｏｐｅ
ｄａｔａ)ꎬ 经 过 数 据 过 滤 后ꎬ 使 用 ＮＯＶＯＰｌａｓｔｙ (Ａｍｉｒｙｏｕｓｅｆｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８) 绘制木芙蓉 ３ 个品种即
(Ｄｉｅｒｃｋｘｓｅｎｓ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７) 软件 ( ｋ￣ｍｅｒ ＝ ３９) 进 台湾芙蓉、木槿和朱槿 ｃｐＤＮＡＩＲ 边界的扩张和收
行组装拼接ꎬ选择台湾芙蓉的 ｒｂｃＬ 基因作为种子 缩ꎮ 使 用 ｍＶＩＳＴＡ ( Ｍａｙｏｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０００ ) 中 的

序列 ( ｓｅｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ )ꎮ 利 用 在 线 程 序 ＧｅＳｅｑ Ｓｈｕｆｆｌｅ￣ＬＡＮＧＡＮ 模式对木芙蓉 ３ 个品种即台湾芙
( Ｔｉｌｌｉｃｈ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７ ) 注 释 ｃｐＤＮＡ 序 列ꎬ 并 用 蓉、木槿和朱槿的 ｃｐＤＮＡ 序列进行全局比对ꎬ以评
Ｇｅｎｅｉｏｕｓ ｖ９.０.２( Ｋｅａｒｓｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２) 进行手动校 估序列之间的相似性ꎮ 使用 ＤＮＡｓｐ ６( Ｌｉｂｒａｄｏ ＆
正ꎮ 将带有注释信息的 ３ 条序列上传至 ＮＣＢＩ 数 Ｒｏｚａｓꎬ ２００９)软件计算序列之间的核苷酸多态性ꎮ
据库ꎬ‘单瓣白’‘金秋颂’ ‘牡丹粉’ 的序列号分别 使用 Ｇｅｎｅｉｏｕｓ ｖ９.０２(Ｋｅａｒｓｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２)分别提取
为 ＭＺ８４６１９１、ＭＺ８４６１９２、ＭＺ８５５５０２ꎮ 借助在线程 每个物种的蛋白编码区域( ＣＤＳ)ꎬ存在多拷贝的
序 Ｏｒａｎｅｌｌａｒ Ｇｅｎｏｍｅ ＤＲＡＷ( Ｇｒｅｉｎｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９) 基因 仅 保 留 １ 条ꎮ 使 用 Ｃｏｄｏｎ Ｗ ( Ｓｈａｒｐ ＆ Ｌｉꎬ
绘制 ｃｐＤＮＡ 的物理图谱ꎮ 台湾芙蓉的序列号为 １９８７)计算这些 ＣＤＳ 的同义密码子的相对使用度
ＭＫ９３７８０７ꎬ亦为 本 项 目 的 研 究 成 果 ( Ｘｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ (ｒｅｌａｔｅｄ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅꎬ ＲＳＣＵ)ꎮ
２０１９)ꎮ 本文中用到的其他 ｃｐＤＮＡ 序列均下载于 １.５ 系统发育分析
ＮＣＢＩꎬ其详细信息见表 １ꎮ 使用 ｐｈｙｌｏｓｕｉｔｅ(Ｚｈａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０)提取 １７ 个
物种 ｃｐＤＮＡ 的 ＣＤＳꎬ删去重复基因和非共有的基
表 １ 所选用的物种名称和 ＧｅｎＢａｎｋ 序列编号 因后ꎬ 使 用 ＭＡＦＦＴ 对 序 列 进 行 比 对ꎬ 之 后 使 用
Ｔａｂｌｅ １ Ｎａｍｅｓ ａｎｄ ＧｅｎＢａｎｋ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｏｄｅｓ ＭＡＣＳＥ 优化序列ꎬ用 Ｇｂｌｏｃｋ 修剪比对好的序列ꎬ
ｏｆ ｔｈｅ ｐｌａｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ ｓｅｌｅｃｔｅｄ
最终 使 用 ｃｏｎｃａｔｅｎａｔｅ 功 能 将 序 列 串 联ꎮ 使 用
序列编号 序列编号 Ｍｏｄｅｌｔｅｓｔ 检测最佳核苷酸替代模型为 ＪＣ＋Ｉ＋Ｇꎮ 使
物种 物种
Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ
Ｓｐｅｃｉｅｓ Ｓｐｅｃｉｅｓ 用 ＭｒＢａｙｅｓ 进行贝叶斯( Ｂａｙｅｓｉａｎ ｉｎｆｅｒｅｎｃｅꎬ ＢＩ) 分
ｃｏｄｅ ｃｏｄｅ
木槿 桐棉 析ꎮ 基于 Ｍａｒｋｏｖ ｃｈａｉｎ Ｍｏｎｔｅ Ｃａｒｌｏ (ＭＣＭＣ)算法ꎬ
Ｈｉｂｉｓｃｕｓ ｓｙｒｉａｃｕｓ ＫＲ２５９９８９ Ｔｈｅｓｐｅｓｉａ ｐｏｐｕｌｎｅａ ＮＣ０４８５１８
运行 １×１０ 代ꎬ每 １ ０００ 代取 １ 棵树ꎬ前 ２０％的树
７
朱槿 苘麻
Ｈ. ｒｏｓａ￣ｓｉｎｅｎｓｉｓ ＮＣ０４２２３９ Ａｂｕｔｉｌｏｎ ｔｈｅｏｐｈｒａｓｔｉ ＮＣ０５３７０２ 当作老化样本丢弃ꎬ剩余的树用于构建一致树ꎮ
大麻槿 蜀葵 使用 ＩＱｔｒｅｅ 进行最大似然法( ｍａｘｉｍｕｍ ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄꎬ
Ｈ. ｃａｎａｂｉｎｕｓ ＮＣ０４５８７３ Ａｌｃｅａ ｒｏｓｅａ ＮＣ０５３８３９ ＭＬ)分析ꎬ重复次数为１ ０００ꎮ 将建树结果使用在
黄槿 野葵 线程序 ｉＴＯＬ(Ｉｖｉｃａ ＆ Ｐｅｅｒꎬ ２０２１)进行美化ꎮ
Ｈ. ｔｉｌｉａｃｅｕｍ ＭＴ６４４１６０ Ｍａｌｖａ ｖｅｒｔｉｃｉｌｌａｔａ ＭＴ１０６７７５
海滨木槿 拔毒散
Ｈ. ｈａｍａｂｏ ＮＣ０３０１９５ Ｓｉｄａ ｓｚｅｃｈｕｅｎｓｉｓ ＮＣ０５１８７７ ２ 结果与分析
海岛棉 美丽异木棉
Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ ｂａｒｂａｄｅｎｓｅ ＮＣ００８６４１ Ｃｅｉｂａ ｓｐｅｃｉｏｓａ ＭＫ８２０６７４
２.１ ｃｐＤＮＡ 基本特征
Ｇ. ｔｈｕｒｂｅｒｉ ＧＵ９０７１００
如图 １ 所示ꎬ‘ 单瓣白’ 和‘ 金秋颂’ 的长度差
异较小ꎬ分别为 １６０ ８８０、１６０ ８７９ ｂｐꎬ仅相差 １ 个
１.４ ｃｐＤＮＡ 比较分析 碱基ꎬ而‘牡丹粉’ 的长度与前 ２ 种则有稍大的差

使 用 ＭＩＳＡ ( ＭｉｃｒｏＳａｔｅｌｌｉｔｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｔｏｏｌ) 异ꎬ为 １６０ ９２０ ｂｐꎮ 三者的 ｃｐＤＮＡ 呈现出典型的
(Ｂｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)ꎬ识别木芙蓉 ３ 个品种即台湾 四分体环状结构ꎬ均由 １ 对反向重复区( ｉｎｖｅｒｔｅｄ

芙蓉、木槿和朱槿基因组中的微卫星序列 ( ＳＳＲ)ꎮ ｒｅｐｅａｔｓꎬ ＩＲ) (ＩＲａ 和 ＩＲｂꎬ长度均为 ２６ ３００ ｂｐ) 以