Page 136 - 《广西植物》2022年第8期

ऐ 期 牟少华等᧥ 四个竹秆变异毛竹变型的全基因组序列分析 ϟ ሕ ऐ ጢ
表 ϓই 四个毛竹变型样品简表 ऐ԰ ԰Ꭾᤃ ऐऐ࿗ ᤦᡱଫ花毛竹样品 ྉ኏ԡ࿗ɯ 的 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁
ఋᑕᤦ᤟ᔀ ϟজ ାʢᔽᔀ஦ ᔽႿᡷʢᆍʛࣼዹᡷᔽᆍႿ ᆍ஦ ஦ᆍࣼʢ 最多ᖔ为 ϟϟ԰ ԡጢ࿗ Ꭾ԰ऐ ᤦᡱᤥ 定位到毛竹参考基因组
׹ᑕʢᔽᑕႿᡷ ༁ᑕቝᡱ᤟ᔀ༁ ᆍ஦ ᥘᆍ༁ᆍ ᤦᑕቝᤦᆍᆍ
的占所有 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 数的百分比在 ँँ঎࿗ጢᠮ以上ᖔ
形态特征 双端均定位到毛竹参考基因组上并且距离符合测
编号 变型 拉丁名
ᥘᆍʢᡱၤᆍ᤟ᆍ੫ᔽዹᑕ᤟
᧧᧕ ჆ᑕʢᔽᑕႿᡷ ᓂᑕᡷᔽႿ Ⴟᑕቝᔀ 序片段的长度分布的占所有 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 数的百分
ዹၤᑕʢᑕዹᡷᔀʢᔽ༁ᡷᔽዹ༁
኏ԡϟ 黄皮毛竹 ۗ၊ᡥᤀᤀᅳ໧ᡙᐹዞ၊ᡥ໧ ᓣʐࣩᤀᔠ໧ 秆和枝金黄色 比在 ऐऐᠮ左右ᖔ说明参考基因组选择合适ᖔ且相关
஦঎ ၊ᅳᤀᅳዞ၊ʗᡥ໧ᐹ ऊࣼ᤟ቝ༁ ᑕႿʛ ᤦʢᑕႿዹၤᔀ༁ 实验过程不存在污染ᖔ测序 ኏ᔀᑕʛ༁ 的比对率会高于
੫ᆍ᤟ʛᔀႿ ᢃᔀ᤟᤟ᆍऔ
Ꭾԡᠮᤥ 另外ᖔ比对率的 ࿗ 个毛竹变型与毛竹参考基
኏ԡ԰ 金丝毛竹 ۗॹ ᓣʐࣩᤀᔠ໧ ஦঎ ੖ʗᐹዞᔠᤀᔠ໧ 竹株小ᖔ秆壁较厚ᖔ基
部的节间较长 因组 亲缘关系较近ܦ 基 因 组组装质量高ᖔ 而且
̀ᔀᔽ੫ၤᡷ ༁ၤᆍʢᡷᖔ ዹࣼ᤟ቝ औᑕ᤟᤟༁
ᡷၤᔽዹҴᖔ ᤦᑕ༁ᑕ᤟ ᔽႿᡷᔀʢႿᆍʛᔀ༁ ኏ᔀᑕʛ༁ 测序质量高ᤥ࿗ 个样品平均覆盖深度均在
᤟ᆍႿ੫ᔀʢ
ϟԡġ左右ྉ表 ԰ɯᤥ
኏ԡሕ 绿皮花毛竹 ۗॹ ᓣʐࣩᤀᔠ໧ ஦঎ 秆绿色ᖔ但节间有淡黄 ԣॹԣ ୒ટۗ 的检测与注释
Ⴅᐹᤇᓣ໧၊ᔠቂᐹႥᐹ 色细纵条纹
԰঎԰঎ϟ ୩શ۪ 检测জ࿗ 个毛竹样品检测后获得 ୩શ۪ 位
ऊࣼ᤟ቝ༁ ੫ʢᔀᔀႿᖔ ᔽႿᡷᔀʢႿᆍʛᔀ༁
औᔽᡷၤ ᤟ᔽ੫ၤᡷ ᢃᔀ᤟᤟ᆍऔ ༁ᡷʢᔽᡱ༁
点统计表ྉ表 ሕɯᤥ 其中ᖔ花毛竹样品ྉ኏ԡ࿗ɯ 的 ୩શ۪
኏ԡ࿗ 花毛竹 ۗॹ ᓣʐࣩᤀᔠ໧ 秆黄色ᖔ有宽窄不等的
஦঎ ၊ࣩᐹቂᅳऊ၊ࣩ 绿色纵条纹 数量最多ᖔ为 ϟ ᤃँϟ Ꭾϟጢଫ绿皮花毛竹样品ྉ኏ԡሕɯ 的
ऊࣼ᤟ቝ༁ ᢃᔀ᤟᤟ᆍऔ औᔽᡷၤ ੫ʢᔀᔀႿ
༁ᡷʢᔽᡱ༁ ୩શ۪ 数量最少ᖔ为 ϟ ጢሕ࿗ ᤃ࿗ऐᤥ ࿗ 个样品中ᖔ转换类型
ྉᡷʢᑕႿ༁ᔽᡷᔽᆍႿᖔ ఋᔽɯ ୩શ۪ 数量与颠换类型ྉᡷʢᑕႿ༁׹ᔀʢ༁ᔽᆍႿᖔ
ఋ׹ɯ ୩શ۪ 数量的比值 ఋᔽᣰ ఋ׹ 在ሕ঎ԡጢ ጲ ሕ঎ϟԡ 之间ᖔ说
在 ᧧᤟᤟ࣼႿᔽቝᑕ ̀ᔽ༁ᔀी ԰ጢԡԡ 测序平台上运行获得原始
明这些毛竹变型转换比颠换更容易发生ᤥ 杂合类
数据ᖔ将数据过滤后得到高质量数据ᤥ
型 ྉ ၤᔀᡷᔀʢᆍझᢃ੫ᆍ༁ᔽᡷᢃᖔ ̀ᔀᡷɯ ୩શ۪ 数量为纯合类型
ϟ঎԰঎԰ 比对统计জ 使用 ାۼዶ 软件 ྉᓂᔽ ᪲ ᧕ࣼʢᤦᔽႿᖔ
ྉၤᆍቝᆍझᢃ੫ᆍ༁ᔽᡷᢃᖔ ̀ᆍቝᆍɯ ୩શ۪ 数量的 ϟԡ 倍左右ᖔ杂
԰ԡԡँɯ 将测序数据比对定位到已测序的毛竹基因
合比率为 ऐऐ঎ ጢሕᠮ ጲ ँ԰঎ ԡϟᠮᤥ 其中ᖔ花毛竹样品
组的位置ᖔ统计测序深度和基因组覆盖度等信息ᤥ ྉ኏ԡ࿗ɯ杂合比率最高ᖔ为 ँ԰঎ԡϟᠮᖔ说明其杂合程度
ϟ঎԰঎ ሕ 检测 ୩શ۪ܓ ᧧Ⴟ᧕ᔀ᤟ 和 ୩჆ জ 使用 ۪ᔽዹᑕʢʛ 软件 最高ᤥ 绿皮花毛竹样品ྉ኏ԡሕɯ 杂合比率最低ᖔ为
ྉ᥈ᆍʢʛᆍႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟ԰ ɯ 去重复和 ᥈ዶఋ᣽ 软件
ऐऐ঎ጢሕᠮᤥ
ྉᥘዹҴᔀႿႿᑕ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟԡɯ 预处理后ᖔ 检测 ୩શ۪ 和
根据 ࿗ 个毛竹样品与参考基因组的比对结果ᖔ
᧧Ⴟ᧕ᔀ᤟ 变异ᤥ 使用 ାʢᔀᑕҴ᧕ᑕႿዹᔀʢ 软件 ྉऊၤᔀႿ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ 汇总样品间 ୩શ۪ 的统计结果见表 ࿗ᖔ表中各数值为
԰ԡԡँɯ 检测 ୩჆ 变异ᖔ 具体方法参照牟少华等 对应的横纵两样品之间的 ୩શ۪ 数ᤥ 从表中可以看

ྉ԰ԡ԰ԡɯᤥ 出ᖔ金丝毛竹ྉ኏ԡ԰ɯ与绿皮花毛竹样品ྉ኏ԡሕɯ 间的
ϟ঎԰঎ ࿗ 注释 ୩શ۪ܓ ᧧Ⴟ᧕ᔀ᤟ 和 ୩჆ জ 运用 ୩Ⴟᡱጶ஦஦ 软件 ୩શ۪ 数最多ᤥ
ྉऊᔽႿ੫ᆍ᤟ᑕႿᔽ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡϟ԰ɯ 注释 ୩શ۪ܦ᧧Ⴟ᧕ᔀ᤟ 和 ୩჆ᖔ具 ԰঎԰঎԰ ୩શ۪ 注释জ 对 ࿗ 个样品 ୩શ۪ 进行注释ᖔ获得

体方法参照牟少华等ྉ԰ԡ԰ԡɯᤥ 其变异位点发生的区域或类型ྉ图 ϟɯᤥ ࿗ 个毛竹变
ϟ঎԰঎ጢ 注释功能基因জ 运用 ାᓂዶ୩ఋ 软件ᖔ对筛选得 型发生在编码区ྉ ዹᆍʛᔽႿ੫ ༁ᔀीࣼᔀႿዹᔀᖔऊ᧕୩ɯ 区域内的

到 的功能可能变 异基因的基因序列与 ᥈ᨃ ୩શ۪ 数量占比均为 ԰ᠮ左右ᖔ其中同义突变占 ࿗ऐᠮ
ྉ ዶ༁ၤᤦࣼʢႿᔀʢ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡԡԡ ɯܦ ऊᨃ᥈ ྉ ఋᑕᡷࣼ༁ᆍ׹ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ 左右ᖔ非同义突变占 ጢϟᠮ左右ᤥ 非同义突变率与同
԰ԡԡԡɯ和 ᣽ጶ᥈᥈ ྉ ᥘᔽႿᆍʢࣼ ᔀᡷ ᑕ᤟঎ᖔ ԰ԡԡ࿗ɯ 三大功能数 义突变率的比值大于 ϟᖔ预示着有正向选择效应ᤥ

据库ᖔ进行 ାᓂዶ୩ఋ 比对ᖔ得到基因注释ᤥ ԣॹᇺ ᧇႥᦵᓣᤀ 检测与注释
԰঎ሕ঎ϟ ᧧Ⴟ᧕ᔀ᤟ 检测জ 对 ࿗ 个毛竹变型 ᧧Ⴟ᧕ᔀ᤟ 进行统
԰জ 结果与分析 计ྉ表 ጢɯᖔ可以发现 ࿗ 个样品全基因组范围检测出
的 ᧧Ⴟ᧕ᔀ᤟ 总数范围为 ԰Ꭾϟ ᤃ࿗ऐ ጲ ԰ँ԰ ԰ጢሕᖔ其中插入
ԣॹϓ 与毛竹基因组比对 类型的突变总数略低于缺失突变总数ଫ编码区检
࿗ 个竹种通过高通量测序得到测序数据ᤥ 金 测出的 ᧧Ⴟ᧕ᔀ᤟ 总数为 ࿗ Ꭾϟϟ ጲ ࿗ ऐᎮᎮᖔ其中插入突变
丝毛竹样品ྉ኏ԡ԰ɯ 过滤后的 ऊ᤟ᔀᑕႿ ኏ᔀᑕʛ༁ 最少ᖔ为 总数为缺失突变的 ᤃᎮᠮ左右ᤥ 各样品中ᖔ全基因