Page 137 - 《广西植物》2022年第8期
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ϟ ሕ ऐ ᤃ 广জ 西জ 植জ 物 ࿗ 卷
表 ԣই 四个样品数据产出统计表
ఋᑕᤦᔀ জ ᨃࣼᡷᡱࣼᡷ ༁ᡷᑕᡷᔽ༁ᡷᔽዹ༁ ᑕቝᆍႿ੫ ᆍࣼʢ ༁ᑕቝᡱᔀ༁
过滤后的 定位比 双端定位比 覆盖度 覆盖度 覆盖度
编号 覆盖深度
ऊᔀᑕႿ ᔀᑕʛ༁ ᥘᑕᡱᡱᔀʛ ۪ʢᆍᡱᔀʢᢃ ቝᑕᡱᡱᔀʛ ऊᆍᡸʢᑕᡷᔽᆍᡸϟᣮ ऊᆍᡸʢᑕᡷᔽᆍᡸጢᣮ ऊᆍᡸʢᑕᡷᔽᆍᡸϟԡᣮ
᧧᧕ ዶᔀᡸʛᔀᡱᡷၤ
ྉᤦᡱɯ ྉᠮɯ ྉᠮɯ ྉᠮɯ ྉᠮɯ ྉᠮɯ
ԡϟ ϟԡሕ ࿗ँԡ ࿗ँጢ ँँᤃ ऐऐँϟ ϟϟ ँᎮԡ ऐԡᎮ࿗ ጢጢϟϟ
ԡ ऐ Ꭾᤃ ऐऐ࿗ ँँ࿗ጢ ऐऐԡሕ ँ ँᎮ ᎮऐᎮ࿗ ࿗ᤃऐँ
ԡሕ ऐሕ ሕϟᤃ ࿗ጢ ँँጢԡ ऐᎮँ ँ ँጢ࿗ԡ Ꭾϟᤃ࿗ ࿗࿗ԡᤃ
ԡ࿗ ϟϟ ԡጢ࿗ Ꭾऐ ँँ࿗ँ ऐँϟ ϟሕ ँᎮጢ ऐጢ࿗ԡ ᤃ࿗ጢጢ
表 ᇺই 四个样品 ટۗ 位点统计表
ఋᑕᤦᔀ ሕজ ୩શ۪ ᆍዹᔽ ༁ᡷᑕᡷᔽ༁ᡷᔽዹ༁ ᔽႿ ᆍࣼʢ ༁ᑕቝᡱᔀ༁
转换 颠换 杂合比率
编号 转换 ᣰ 颠换 杂合 纯合
୩શ۪ ఋʢᑕႿ༁ᔽᡷᔽᆍႿ ఋʢᑕႿ༁ᔀʢ༁ᔽᆍႿ ̀ᔀᡷ᥋ʢᑕᡷᔽᆍ
᧧᧕ ఋᔽᣰ ఋ ̀ᔀᡷ ̀ᆍቝᆍ
ྉఋᔽɯ ྉఋɯ ྉᠮɯ
ԡϟ ϟ ᤃऐ ᤃ࿗ ϟ Ꭾ ᤃᎮ࿗ ࿗ԡԡ ँጢԡ ሕԡᤃ ϟ ࿗Ꭾᤃ ࿗ ϟጢ ԡ ँԡᤃጢ
ԡ ϟ ᤃԡϟ Ꭾ࿗ऐ ϟ ԡᎮ ሕԡऐ ሕँ࿗ ࿗࿗ԡ ሕԡᤃ ϟ ࿗࿗࿗ ሕጢ ϟጢᎮ ጢϟሕ ँԡϟᤃ
ԡሕ ϟ ጢሕ࿗ ᤃ࿗ऐ ϟ ϟᤃϟ ሕ ሕᎮሕ ࿗ϟᤃ ሕϟԡ ϟ ሕጢऐ ᎮᎮԡ ϟᎮጢ ऐᎮऐ ऐऐጢሕ
ԡ࿗ ϟ ᤃँϟ Ꭾϟጢ ϟ Ꭾ࿗ ऐँԡ ࿗ϟᤃ ऐጢ ሕԡጢ ϟ ጢጢᤃ Ꭾϟሕ ϟሕጢ ԡԡ ँԡϟ
表 ই 四个样品间的 ટۗ 统计表 所示ᤥ࿗ 个毛竹变型发生在编码区的 ᧧Ⴟ᧕ᔀ 数量均
ఋᑕᤦᔀ ࿗জ ୩ࣼቝቝᑕʢᢃ ᆍ ୩શ۪༁ ʛᔀᡷᔀዹᡷᔀʛ ᤦᔀᡷऔᔀᔀႿ ᆍࣼʢ ༁ᑕቝᡱᔀ༁ 在 ϟᎮᠮ左右ᤥ 移码突变的 ᧧Ⴟ᧕ᔀ 有可能会引起基
因功能的改变ᤥ
编号 ᧧ ᧕ ԡ ϟ ԡ ԡ ሕ ԡ ࿗
ԣॹ Ⴌ 检测与注释
࿗ϟ ୩ 检测জ 检测 ࿗ 个样品与参考基因组间的
ԡϟ ԡ
插入ྉ ᔽႿ༁ᔀʢᡷᔽᆍႿᖔ᧧શ୩ɯܦ缺失ྉ ʛᔀᔀዹᡷᔽᆍႿᖔ᧕ጶᓂɯܦ反转
ԡ ጢँऐ ँᎮሕ ԡ
ԡሕ ᤃԡऐ ᤃᎮϟ ᤃϟᤃ ँऐᤃ ԡ ྉ ᔽႿᔀʢ༁ᔽᆍႿᖔ ᧧શ ɯܦ 染 色体内部易位 ྉᔽႿᡷʢᑕ᥋
ዹၤʢᆍቝᆍ༁ᆍቝᔀ ᡷʢᑕႿ༁ᆍዹᑕᡷᔽᆍႿᖔ ᧧ఋᣮ ɯܦ 染色体间易位
ԡ࿗ ጢጢऐ ሕጢᎮ ጢऐᎮ ԡሕጢ ᤃԡ࿗ ࿗Ꭾሕ ԡ
ྉᔽႿᡷᔀʢ᥋ዹၤʢᆍቝᆍ༁ᆍቝᑕ ᡷʢᑕႿ༁ᆍዹᑕᡷᔽᆍႿᖔऊఋᣮɯᖔ得到的各类
型 ୩ 数量统计见表 Ꭾᤥ 其中ᖔ࿗ 个毛竹变型都表
组范围内纯合突变数约为杂合突变数的 倍ᖔ编
现为缺失类型的 ୩ 数量最多ᖔ其次为染色体内易
码区纯合突变数略低于杂合突变数ᤥ
位类型ᤥ
对 ࿗ 个样品各区域的 ᧧Ⴟ᧕ᔀ 长度进行统计发
࿗ ୩ 注释জ 检测 ࿗ 个样品 ୩ 发生位置信息ᖔ
现ᖔ编码区存在较多的շϟܦͱϟܦշ ሕܦͱሕ 类型突变ᖔ 并对缺失ܦ插入和反转 ሕ 种类型的结构变异进行
而基因组范围存在较多的շϟܦͱϟܦշ ܦͱ 类型突 注释ᤥ 结果表明ᖔ࿗ 个毛竹变型在各区域分布的
变ᤥ 其中ᖔ数值代表 ᧧Ⴟ᧕ᔀ 的长度ྉϟԡ ᤦᡱ 以内ɯଫ大 ୩ 总体情况一致ᖔ注释到的变异基因数目以基因
于 ԡ 为插入ଫ小于 ԡ 为缺失ᤥ 间区的缺失类型最多ᖔ其次为基因间区的插入类
将 ࿗ 个样品的 ᧧Ⴟ᧕ᔀ 进行两两比较ᖔ统计结果 型ྉ表 ऐɯᤥ
见表 ᤃᤥ 表中各数值为对应的横纵两样品之间的 ԣॹጇ 变异基因功能注释与分析
᧧Ⴟ᧕ᔀ 数ᤥ ጢϟ 变异基因挖掘জ 分别统计 ࿗ 个样品的非同义
ሕ ᧧Ⴟ᧕ᔀ 注释জ 对比毛竹参考基因组的基因ܦ 突变的 ୩શ۪ 以及 ऊ᧕୩ 区发生 ᧧Ⴟ᧕ᔀ 和 ୩ 的基因
ऊ᧕୩ 位置等信息ᖔ注释各样品 ᧧Ⴟ᧕ᔀ 位点的发生位 ྉ表 ँɯᖔ寻找可能存在功能变异的基因ᤥ 在 ࿗ 个毛
置以及是否为移码突变等ᖔ具体注释结果如图 竹样品中ᖔ花毛竹ྉԡ࿗ɯ 基因组存在 ϟ ጢጢጢ 个基
