Page 50 - 《广西植物》2023年第11期

２ ０ １ ０ 广 西 植 物 ４３ 卷
木的叶绿体全基因组序列( 序列号 ＮＣ＿０５８８７４.１) 新测序的叶绿体基因组序列以及注释信息均已上
从 ＮＣＢＩ 数据库( ｈｔｔｐｓ: / / ｗｗｗ. ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / ) 传至 ＮＣＢＩ 数据库ꎬ并获得登录号ꎮ 采集信息及
下载ꎬ用作叶绿体基因组组装及注释的参考ꎬ所有 ＧｅｎＢａｎｋ 登录号见表 １ꎮ

表 １ 桃叶珊瑚属 ６ 种植物采集信息及 ＧｅｎＢａｎｋ 登录号
Ｔａｂｌｅ １ Ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒｓ ｏｆ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ
植物名 凭证标本 采集地点 ＧｅｎＢａｎｋ 登录号
Ｐｌａｎｔ ｎａｍｅ Ｖｏｕｃｈｅｒ ｓｐｅｃｉｍｅｎ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｌｏｃａｔｉｏｎ ＧｅｎＢａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ
峨眉桃叶珊瑚 李娟 ＬＪ２０２１０３２９０２６ 四川峨眉山市峨眉山
Ａ. ｏｍｅｉｅｎｓｉｓ Ｌｉ Ｊｕａｎ ＬＪ２０２１０３２９０２６ Ｅｍｅｉ Ｍｏｕｎｔａｉｎꎬ Ｅｍｅｉ Ｃｉｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ ＯＱ３４８５１６
桃叶珊瑚 李玉玲 ＬＹＬ２６４ 广东惠州市象头山
Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ Ｌｉ Ｙｕｌｉｎｇ ＬＹＬ２６４ Ｘｉａｎｇｔｏｕ Ｍｏｕｎｔａｉｎꎬ Ｈｕｉｚｈｏｕ Ｃｉｔｙꎬ Ｇｕａｎｇｄｏｎｇ ＯＱ３４８５１３
密花桃叶珊瑚 童毅 ＴＹ２００８１４１２ 广西那坡县老虎跳大峡谷
Ａ. ｃｏｎｆｅｒｔｉｆｌｏｒａ Ｔｏｎｇ Ｙｉ ＴＹ２００８１４１２ Ｌａｏｈｕｔｉａｏ Ｖａｌｌｅｙꎬ Ｎａｐｏ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｇｕａｎｇｘｉ ＯＱ３４８５１４
花叶青木 童毅 ＴＹ２００８０５０６ 广西桂林市桂林植物园
Ａ. ｊａｐｏｎｉｃａ ｖａｒ. ｖａｒｉｅｇａｔａ Ｔｏｎｇ Ｙｉ ＴＹ２００８０５０６ Ｇｕｉｌｉｎ Ｂｏｔａｎｉｃａｌ Ｇａｒｄｅｎꎬ Ｇｕｉｌｉｎ Ｃｉｔｙꎬ Ｇｕａｎｇｘｉ ＯＱ３４８５１２
纤尾桃叶珊瑚 童毅 ＴＹ２００８０９０３ 广西龙胜县红滩瀑布
Ａ. ｆｉｌｉｃａｕｄａ Ｔｏｎｇ Ｙｉ ＴＹ２００８０９０３ Ｈｏｎｇｔａｎ Ｗａｔｅｒｆａｌｌꎬ Ｌｏｎｇｓｈｅｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｇｕａｎｇｘｉ ＯＱ３４８５１５
窄斑叶珊瑚 李娟 ＬＪ２０２１０３２９００２ 四川峨眉山市峨眉山
Ａ. ａｌｂｏｐｕｎｃｔｉｆｏｌｉａ ｖａｒ. ａｎｇｕｓｔｕｌａ Ｌｉ Ｊｕａｎ ＬＪ２０２１０３２９００２ Ｅｍｅｉ Ｍｏｕｎｔａｉｎꎬ Ｅｍｅｉ Ｃｉｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ ＯＱ３６２９９８

珊瑚属叶绿体全基因组序列、两个单拷贝区以及
２ 方法 一对反向重复区的长度、各区 ＧＣ 含量以及基因注

释结果等信息ꎮ
２.１ 总基因组 ＤＮＡ 提取与测序 ２.４ 密码子偏好性及最优密码子分析
采 用 改 良 的 ＣＴＡＢ 方 法 ( Ｄｏｙｌｅ ＆ Ｄｏｙｌｅꎬ 对 ６ 种桃叶珊瑚植物叶绿体基因组中的蛋白
１９８７)ꎬ从硅胶干燥的叶片中提取桃叶珊瑚属植物 编码基因序列( ＣＤＳ) 进行筛选ꎬ剔除重复基因以
的总 ＤＮＡꎻ提取总 ＤＮＡ 后ꎬ使用 Ｂ￣５００ 超微量分 及长度小于 ３００ ｂｐ 的基因ꎬ序列中碱基类型仅包
光光度计(上海元析仪器有限公司) 以及琼脂糖凝
含 Ａ、Ｔ、Ｃ、Ｇꎬ每条序列均含有起始密码子( ＡＴＧ)
胶电泳检测所提 ＤＮＡ 的质量和浓度ꎬ检测合格的
和终止密码子(ＴＡＧ、ＴＧＡ 和 ＴＡＡ)ꎬ序列中间没有
ＤＮＡ 测序工作委托深圳华大基因科技有限公司使
终止密码子ꎮ 最终每个叶绿体基因组序列均获得
用 ＤＮＢＳＥＱ 测序平台进行二代测序ꎻ最终每个样
５２ 条 符 合 条 件 的 ＣＤＳꎬ 使 用 ＣｏｄｏｎＷ ( Ｐｅｄｅｎꎬ
品获得 ３ Ｇｂ 的 ｃｌｅａｎ ｄａｔａꎮ
２００５)软件计算这些序列的同义密码子相对使用
２.２ 叶绿体全基因组的组装、注释以及物理图谱的绘制
度(ＲＳＣＵ)以及有效密码子数(ＥＮＣ)ꎬ所得数据在
首先ꎬ 使 用 ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ￣１. ７. ３. ５. ( Ｊｉｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ
Ｅｘｃｅｌ 进行整理ꎬ并用 ＴＢｔｏｏｌｓ( Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０)
２０２０)软件进行叶绿体基因组拼接组装ꎬｋ￣ｍｅｒ 值
软件绘制热图ꎮ 密码子中 ＲＳＣＵ 值大于 １ 的被确
设置 ６５、１０５、１２７ꎬ线程 ｔ 设置 ２４ꎬ其他命令使用默
定为高频密码子( Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８)ꎮ 同时满足
认参数ꎬ 最 终 的 组 装 命 令 为 ｇｅｔ＿ ｏｒｇａｎｅｌｌｅ ＿ ｆｒｏｍ ＿
高频及高表达条件的密码子被认定为最优密码子
ｒｅａｄｓ.ｐｙ ￣１ ｓａｍｐｌｅ＿１.ｆａｓｔｑ.ｇｚ ￣２ ｓａｍｐｌｅ＿２.ｆａｓｔｑ.ｇｚ ￣Ｆ
( Ｓｈａｒｐ ＆ Ｌｉꎬ １９８７)ꎮ 高 表 达 基 因 具 有 较 低 的
ｅｍｂｐｌａｎｔ ｐｔ ￣ｏ ｏｕｔｐｕｔ￣ｐｌａｓｔｏｍｅ ￣Ｒ １０ ￣ｔ ２４ ￣ｋ ６５ꎬ
１０５ꎬ１２７ꎻ然后ꎬ以青木的叶绿体全基因组序列作 ＥＮＣ 值ꎬ 低 表 达 基 因 具 有 较 高 的 ＥＮＣ 值ꎬ 按 照
为参考ꎬ利用 ＰＧＡ￣ｍａｓｔｅｒ( Ｑｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９) 软件对 ＥＮＣ 值的大小对每个物种的基因进行排序ꎬ选取
高低两端各 １０％的基因分别作为低表达基因组和
组装出的叶绿体基因组进行注释ꎬ使用 Ｇｅｎｅｉｏｕｓ Ｒ
９.０.２( Ｂａｓｉｃꎬ ２０１２) 软件对 ＰＧＡ￣ｍａｓｔｅｒ 的注释结 高表达基因组ꎬ计算高表达基因组和低表达基因
组每个密码子的差值 ΔＲＳＣＵꎬΔＲＳＣＵ 大于 ０.０８ 则
果进 行 手 动 校 正ꎻ 最 后ꎬ 使 用 在 线 软 件 ＯＧＤｒａｗ
(Ｌｏｈｓｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１３)绘制叶绿体基因组物理图谱ꎮ 定为高表达密码子ꎬ筛选出高达表密码子中 ＲＳＣＵ
２.３ 叶绿体基因组特征分析 值大于 １ 的高频密码子ꎬ即得最优密码子(Ｓｈａｒｐ ＆
使用 Ｇｅｎｅｉｏｕｓ Ｒ ９.０.２ 软件分别统计 ６ 种桃叶 Ｌｉꎬ １９８７)ꎮ