Page 53 - 《广西植物》2023年第11期
P. 53
１１ 期 李娟等: 桃叶珊瑚属植物的叶绿体基因组结构特征及系统发育分析 ２ ０ １ ３
表 ２ 桃叶珊瑚属 ６ 种植物叶绿体基因组基本特征
Ｔａｂｌｅ ２ Ｂａｓｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｉｎ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ
花叶青木 窄斑叶珊瑚
项目 峨眉桃叶珊瑚 桃叶珊瑚 密花桃叶珊瑚 Ａ. ｊａｐｏｎｉｃａ 纤尾桃叶珊瑚 Ａ. ａｌｂｏｐｕｎｃｔｉｆｏｌｉａ
Ｉｔｅｍ Ａ. ｏｍｅｉｅｎｓｉｓ Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ Ａ. ｃｏｎｆｅｒｔｉｆｌｏｒａ Ａ. ｆｉｌｉｃａｕｄａ
ｖａｒ. ｖａｒｉｅｇａｔａ ｖａｒ. ａｎｇｕｓｔｕｌａ
基因组大小 １５８ １１３ １５７ ８９１ １５７ ９５４ １５８ ２３７ １５８ ３２５ １５８ １４４
Ｇｅｎｏｍｅ ｓｉｚｅ (ｂｐ)
大单拷贝区长度 ８７ ２８１ ８７ ２１０ ８７ ２６９ ８７ ５０５ ８７ ５６３ ８７ ３８６
Ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ ＬＳＣ (ｂｐ)
大单拷贝区 ＧＣ 含量 ３５.９ ３５.９ ３５.９ ３５.９ ３５.８ ３５.９
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ＬＳＣ (％)
小单拷贝区长度 １８ ５４６ １８ ５４７ １８ ５３１ １８ ５４４ １８ ５８０ １８ ５５２
Ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ ＳＳＣ (ｂｐ)
小单拷贝区 ＧＣ 含量 ３１.５ ３１.５ ３１.５ ３１.６ ３１.５ ３１.５
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ＳＳＣ (％)
反向重复区长度 ２６ １４３ ２６ ０６７ ２６ ０７７ ２６ ０９４ ２６ ０９１ ２６ １０３
Ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ ＩＲｓ (ｂｐ)
反向重复区 ＧＣ 含量 ４３.０ ４３.０ ４３.１ ４３.０ ４３.０ ４３.０
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ＩＲｓ (％)
总 ＧＣ 含量 ３７.７ ３７.８ ３７.８ ３７.７ ３７.７ ３７.７
Ｔｏｔａｌ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ (％)
总基因数 １１４ １１４ １１４ １１４ １１４ １１４
Ｔｏｔａｌ ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｇｅｎｅｓ
蛋白编码基因数 ８０ ８０ ８０ ８０ ８０ ８０
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ￣
ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓ
转运 ＲＮＡ 基因数 ３０ ３０ ３０ ３０ ３０ ３０
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｔＲＮＡ ｇｅｎｅｓ
核糖体 ＲＮＡ 基因数 ４ ４ ４ ４ ４ ４
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅｓ
子不存在偏好性ꎮ 由图 ３ 可知ꎬ６ 条序列均有 ５９ 补重复序列ꎬ其他 ４ 种植物均未检测到ꎮ
个同义密码子ꎬＲＳＣＵ>１ 的高频密码子数均为 ２９ 通过 ＴＲＦ 对串联重复序列进行检测ꎬ统计情
个ꎬ其中ꎬ有 ２８ 个以 Ａ 或 Ｕ 结尾ꎬ有 １ 个以 Ｇ 结 况见表 ６ꎮ 由表 ６ 可知ꎬ６ 条序列中串联重复序列
尾ꎬ说明桃叶珊瑚属植物叶绿体基因组的密码子 共 １３３ 个ꎬ其中检测到串联重复序列最少的是密
偏好以 Ａ 或 Ｕ 结尾ꎮ 花桃叶珊瑚ꎬ为 ２０ 个ꎬ而花叶青木最多ꎬ达 ２５ 个ꎮ
６ 条序列共筛选出 １００ 个最优密码子( 表 ４)ꎬ 桃叶珊瑚属植物叶绿体基因组的串联重复序列在
其中ꎬ除了窄斑叶珊瑚、花叶青木、纤尾桃叶珊瑚 ＬＳＣ 区和 ＩＲ 区的分布明显多于 ＳＳＣ 区ꎮ
和密花桃叶珊瑚共同拥有的 ＵＵＧ 以 Ｇ 结尾之外ꎬ ＭＩＳＡ 软件检测结果( 表 ７) 显示ꎬ６ 条序列共
其余最优密码子皆为 Ａ / Ｕ 结尾ꎬ６ 条序列共有的 检测到 ４１２ 个 ＳＳＲ 位点ꎬ共识别出 ４ 种 ＳＳＲꎬ包括
１２ 个最优密码子ꎬ分别为 ＡＡＡ、ＡＣＵ、ＡＧＵ、ＣＡＡ、 单核苷酸 ＳＳＲ(３６７ 个)、二核苷酸 ＳＳＲ(２６ 个)、三
ＣＣＵ、ＣＧＵ、ＧＡＡ、ＧＣＵ、ＧＧＵ、ＧＵＵ、ＵＣＵ、ＵＧＵꎮ 其 核苷酸 ＳＳＲ(９ 个)、四核苷酸 ＳＳＲ( １０ 个)ꎮ ＳＳＲ
中ꎬ峨眉桃叶珊瑚、花叶青木和密花桃叶珊瑚分别 的类型以单核苷酸 Ａ / Ｔ 重复为主ꎬ占比所有 ＳＳＲ
特有的最优密码子为 ＣＡＵ、ＣＵＵ 和 ＧＡＵꎮ 位点数的 ８６.８８％ ~ ９９.４１％ꎬ其中ꎬ纤尾桃叶珊瑚
３.３ 重复序列和 ＳＳＲ 分析 和花叶青木 被 识 别 出 最 多 的 ＳＳＲ 个 数ꎬ均 为 ７３
利用软件 ＲＥＰｕｔｅｒ 共鉴定出 ６ 条序列共 ２７０ 个 个ꎬ桃叶珊瑚被识别出最少的 ＳＳＲ 个数ꎬ为 ６１ 个ꎮ
散在重复序列ꎬ包括 １３３ 个正向重复序列、８ 个反向 ３.４ ＩＲ / ＳＣ 边界的扩张与收缩分析
重复序列、２ 个互补重复序列、１２７ 个回文重复序列 桃叶珊瑚属植物叶绿体全基因组的 ２ 个 ＩＲ 区
(表 ５)ꎮ ６ 条序列中ꎬ正向重复序列最多ꎬ回文重复 在 ＬＳＣ 及 ＳＳＣ 之间存在 ＬＳＣ / ＩＲｂ、ＳＳＣ / ＩＲｂ、ＳＳＣ /
序列次之ꎬ反向重复序列和互补重复序列较少ꎬ仅 ＩＲａ 以及 ＬＳＣ / ＩＲａ ４ 这 ４ 个边界(图 ４)ꎮ ４ 个边界
在桃叶珊瑚和窄斑叶珊瑚中分别检测到了一条互 相对保守ꎬ但各种之间仍具较小差异ꎮ ＬＳＣ / ＩＲｂ 的
