Page 55 - 《广西植物》2023年第11期
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１１ 期 李娟等: 桃叶珊瑚属植物的叶绿体基因组结构特征及系统发育分析 ２ ０ １ ５
颜色越深表示该密码子的 ＲＳＣＵ 值越高ꎻ高频密码子(ＲＳＣＵ>１)已用红色字体标出ꎮ
Ｔｈｅ ｄａｒｋｅｒ ｃｏｌｏｒ ｉｎ ｔｈｅ ｆｉｇｕｒｅ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈｅ ｈｉｇｈｅｒ ＲＳＣＵ ｖａｌｕｅ ｏｆ ｔｈｅ ｃｏｄｏｎꎻ ｈｉｇｈ￣ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｃｏｄｏｎｓ (ＲＳＣＵ>１) ｍａｒｋｅｄ ｉｎ ｒｅｄ.
图 ３ 桃叶珊瑚属 ６ 种植物叶绿体基因组 ＲＳＣＵ 热图
Ｆｉｇ. ３ ＲＳＣＵ ｈｅａｔ ｍａｐ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ
边界均位于 ｒｐｓ１９ 基因内部ꎬ６ 条序列的 ｒｐｓ１９ 基 ３.６ 叶绿体基因组共线性分析
因均向 ＩＲｂ 区扩张了 ３３ ｂｐꎻＳＳＣ / ＩＲｂ 边界均位于 叶绿体基因组的多重基因组比对法检测出 ６
ｎｄｈＦ 基因内部ꎬ６ 条序列的 ｎｄｈＦ 基因均向 ＩＲｂ 区 条序列之间只有一个局部共线区( ｌｏｃａｌｌｙ ｃｏｌｌｉｎｅａｒ
扩张了 ４２ ｂｐꎻＳＳＣ / ＩＲａ 边界均位于 ｙｃｆ１ 基因内部ꎬ ｂｌｏｃｋｓꎬ ＬＣＢｓ)(图 ６)ꎬ所有基因的种类、数量和排
密花桃叶珊瑚和花叶青木的 ｙｃｆ１ 基因向 ＩＲａ 区扩 列顺序在属内均高度一致ꎬ叶绿体基因组完全共
张了 １ ０８２ ｂｐꎬ纤尾桃叶珊瑚、窄斑叶珊瑚和峨眉 线ꎬ没有重排重组现象发生ꎬ进一步说明该属叶绿
桃叶珊瑚的 ｙｃｆ１ 基因向 ＩＲａ 区扩张了 １ ０７９ ｂｐꎬ桃 体基因组具有较高的保守性ꎮ
叶珊瑚的 ｙｃｆ１ 基因向 ＩＲａ 区扩张了 １ ０６１ ｂｐꎻＬＳＣ / ３.７ 序列变异热点分析
ＩＲａ 边界位于 ｔｒｎＨ 附近ꎬ峨眉桃叶珊瑚与密花桃 滑窗分析结果(图 ７) 显示ꎬ６ 条序列的核苷酸
叶珊瑚的 ＬＳＣ / ＩＲａ 边界与 ｔｒｎＨ 的距离为 １４ ｂｐꎬ其 多样 性 ( Ｐ ) 在 ０ ~ ０. ０１８ ８９ 之 间ꎬ 平 均 Ｐ 值 为
ｉ
ｉ
余 ４ 种的 ＬＳＣ / ＩＲａ 边界与 ｔｒｎＨ 的距离均为 ７ ｂｐꎮ ０.００３ ５１ꎬ表明 ６ 种植物的叶绿体基因组高度相似ꎬ
３.５ 序列变异分析 序列非常保守ꎻ其中 ＩＲ 区的核苷酸多样性( Ｐ ＝
ｉ
为了比较桃叶珊瑚属内物种间叶绿体基因组 ０.０００ ８５) 明显低于 ＬＳＣ 区(Ｐ ＝ ０.００４ ４７) 和 ＳＳＣ
ｉ
序列的差异ꎬ以峨眉桃叶珊瑚的叶绿体基因组序 (Ｐ ＝ ０.００６ １４) 区ꎬＳＳＣ 显示出最高的核苷酸多样
ｉ
列为参考ꎬ将该 ６ 条序列进行全局对比ꎬｍＶＩＳＴＡ 性ꎬ而 ＩＲ 区在整个叶绿体基因组中更为保守ꎮ 共筛
图的结果(图 ５) 显示了桃叶珊瑚属 ６ 条序列的高 选出 １０ 个高变片段 ( 表 ８)ꎬ 包括位于 ＬＳＣ 区的
度相似性ꎬ单拷贝区比反向重复区更保守ꎬ编码区 ｒｐｓ１６、ｒｐｓ１６ － ｔｒｎＱ － ＵＵＧ、 ｒｐｏＢ － ｔｒｎＣ － ＧＣＡ、 ｐｅｔＮ －
比非编码区(ｎｏｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓꎬ ＮＣＳ)相对更保 ｐｓｂＭ、ｔｒｎＣ － ＧＣＡ － ｐｅｔＮ、ｐｓｂＭ － ｔｒｎＤ － ＧＵＣ 和 ａｃｃＤ －
守ꎮ 位于 ＬＳＣ 区的 ｔｒｎＣ －ＧＣＡ －ｐｅｔＮ 以及位于 ＩＲ ｐｓａＩ ７ 个片段ꎬ以及位于 ＳＳＣ 区的 ｎｄｈＥ、ｎｄｈＥ－ｎｄｈＧ
区的 ｒｐｓ７－ｔｒｎＶ－ＧＡＣ 均为基因间隔区ꎬ在这些区 和 ｙｃｆ１ ３ 个片段ꎬ其中ꎬｙｃｆ１ 的分化程度最高ꎮ 在这
域相似度较低ꎬ存在不同程度的变异ꎮ 此外ꎬｒＲＮＡ 些高变区域中ꎬ仅有 ｒｐｓ１６、ｎｄｈＥ 和 ｙｃｆ１ ３ 个片段是
基因和 ｔＲＮＡ 基因区域的一致度最高ꎬ序列最为保 编 码 序 列ꎬ 其 他 高 变 片 段 均 位 于 基 因 间 隔 区
守ꎮ ＬＳＣ 和 ＳＳＣ 区序列相比于 ＩＲ 区有更多的变 (ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｓｐａｃｅｒꎬＩＧＳ)ꎬ这些高变片段可作为桃叶
异ꎬ表明 ＩＲ 区在进化过程中更为保守ꎮ 珊瑚属植物物种鉴定的条形码候选片段ꎮ
