Page 51 - 《广西植物》2023年第11期

１１ 期 李娟等: 桃叶珊瑚属植物的叶绿体基因组结构特征及系统发育分析 ２ ０ １ １

Ａ. 峨眉桃叶珊瑚ꎻ Ｂ. 桃叶珊瑚ꎻ Ｃ. 密花桃叶珊瑚ꎻ Ｄ. 花叶青木ꎻ Ｅ. 纤尾桃叶珊瑚ꎻ Ｆ. 窄斑叶珊瑚ꎮ
Ａ. Ａ. ｏｍｅｉｅｎｓｉｓꎻ Ｂ. Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓꎻ Ｃ. Ａ. ｃｏｎｆｅｒｔｉｆｌｏｒａꎻ Ｄ. Ａ. ｊａｐｏｎｉｃａ ｖａｒ. ｖａｒｉｅｇａｔａꎻ Ｅ. Ａ. ｆｉｌｉｃａｕｄａꎻ Ｆ. Ａ. ａｌｂｏｐｕｎｃｔｉｆｏｌｉａ ｖａｒ. ａｎｇｕｓｔｕｌａ.
图 １ ６ 种桃叶珊瑚属植物图
Ｆｉｇ. １ Ｐｉｃｔｕｒｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ

２.５ 重复序列分析 ＬＡＧＡＮ 运行模式ꎬ生成 ６ 个 叶 绿 体 基 因 组 差 异
通过 ＲＥＰｕｔｅｒ(Ｓｔｅｆａｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００１)在线软件查 的可视化结果ꎮ
找叶绿体基因组的重复序列ꎬ包括正向重复序列 ２.８ 叶绿体基因组序列共线性分析
(ｆｏｒｗａｒｄ ｒｅｐｅａｔｓ)、反向重复序列( ｒｅｖｅｒｓｅ ｒｅｐｅａｔｓ)、 基因数量及基因顺序的保守性称为共线性ꎬ
互补重复序列( ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔ ｒｅｐｅａｔｓ) 以及回文序列 使 用 Ｇｅｎｅｉｏｕｓ Ｒ ９.０.２ 软 件 里 的 Ｍａｕｖｅ 插 件
(ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ ｒｅｐｅａｔｓ)４ 种重复类型ꎬ参数设定为重 (Ｄａｒｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４)ꎬ对 ６ 条序列进行共线性分
复 碱 基 单 元 ｎ ≥ ３０ ｂｐꎬ 汉 明 距 离 ( Ｈａｍｍｉｎｇ 析ꎬ用于可视化该属各物种基因排列顺序的一致
ｄｉｓｔａｎｃｅ) 为 ３ꎮ 此外ꎬ使用 Ｔａｎｄｅｍ Ｒｅｐｅａｔｓ Ｆｉｎｄｅｒ 性和基因重排与倒位现象ꎮ
(ＴＲＦ)(Ｂｅｎｓｏｎꎬ １９９９)串联重复序列查找工具的 ２.９ 核苷酸多态性分析
默认参数检测串联重复序列( ｔａｎｄｅｍ ｒｅｐｅａｔｓ)ꎮ 使 使用 ＤｎａＳＰ ｖ６.０(Ｒｏｚａｓ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)软件对 ６
用 ＭＩＳＡ(Ｂｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７) 软件的 Ｐｅｒｌ 脚本检测 条序列进行滑动窗口分析ꎬ检测叶绿体基因组的
叶绿体基因组的 ＳＳＲꎬ从单核苷酸到六核苷酸的重 高变热点区及其大小、变异位点数等信息ꎬ并计算
复次数阈值设定依次为 １０、５、４、３、３ꎬ即 １ 个碱基 核苷酸多样性( ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｐ )ꎮ 将比对
ｉ
重复≥１０ 次ꎬ２ 个 碱 基 重 复 ≥５ 次ꎬ３ 个 碱 基 重 好的序 列 导 入 ＤｎａＳＰ ｖ６. ０ꎬ 运 行 参 数 设 定 步 长
复≥４ 次ꎬ４ 个、５ 个、６ 个碱基重复≥３ 次ꎮ (ｓｔｅｐ ｓｉｚｅ) 为 ２００ ｂｐꎬ窗口长度( ｗｉｎｄｏｗ ｌｅｎｇｔｈ) 为
２.６ ＩＲ 边界的收缩和扩张分析 ６００ ｂｐꎬ筛选出 Ｐ 值大于 ０.０１ 且片段长度不小于
ｉ
使用在线软件 ＩＲｓｃｏｐｅ( Ａｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８) 对 ６ １５０ ｂｐ 的片段作为桃叶珊瑚属植物叶绿体基因组
条序列进行 ＩＲ 边界收缩和扩张的可视化分析ꎬ得 高变区域ꎬ并根据基因注释的结果确定它们在叶

到叶绿体基因组的简化示意图ꎮ 绿体基因组上的位置ꎮ
２.７ 序列比较分析 ２.１０ 系统发育分析
以峨眉桃叶珊瑚作为参考序列ꎬ利用在线软 为了 揭 示 桃 叶 珊 瑚 属 的 系 统 发 育 关 系ꎬ 从
件 ｍＶＩＳＴＡ( Ｆｒａｚｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４) 对 ６ 个叶绿体基 ＮＣＢＩ 下载了丝缨花目下的杜仲科杜仲( 序列号
因组 进 行 序 列 一 致 性 比 较 分 析ꎬ 采 用 Ｓｈｕｆｆｌｅ￣ ＮＣ＿０３７９４８)ꎬ加上本次组装所得的黄杨叶丝缨花