Page 52 - 《广西植物》2023年第11期
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图 ２ 桃叶珊瑚属 ６ 种植物叶绿体基因组的物理图谱
Ｆｉｇ. ２ Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｍａｐ ｏｆ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ
(序列号 ＯＱ３４８５１７)ꎬ作为外类群ꎬ共计 ９ 条叶绿 见图 ２ꎮ 由图 ２ 可知ꎬ６ 条序列均为典型的双链环
体基因组序列构建桃叶珊瑚属的系统发育树ꎮ 使 状 ＤＮＡꎬ分子序列全长为 １５７ ８９１ ~ １５８ ３２５ ｂｐꎬ其
用 Ｇｅｎｅｉｏｕｓ Ｒ ９.０.２ 里的 ＭＡＦＦＴ( Ｒｏｚｅｗｉｃｋｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ 总 ＧＣ 含量为 ３７.７％ ~ ３７.８％ꎮ ＬＳＣ 区的序列长度
２０１９)插件进行多序列比较ꎬ切掉序列头尾不一样 为 ８７ ２１０ ~ ８７ ５６３ ｂｐꎬＧＣ 含量为 ３５.８％ ~ ３５.９％ꎬ
长的碱基后用于系统发育树的构建ꎮ 通过最大似 ＳＳＣ 区的序列长度为 １８ ５３１ ~ １８ ５８０ ｂｐꎬ ＧＣ 含量
然法(ＭＬ)和贝叶斯推断法( ＢＩ) 重建桃叶珊瑚属 为 ３１.５％ ~ ３１. ６％ꎬＩＲ 区的序列长度为 ２６ ０６７ ~
系统发育关系ꎮ 使用 ＩＱｔｒｅｅ( Ｍｉｎｈ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０) 构 ２６ １４３ ｂｐꎬＧＣ 含量为 ４３.０％ ~ ４３.１％(表 ２)ꎮ ６ 条
建 ＭＬ 树ꎻ使用 ＪＭｏｄｅｌｔｅｓｔ(Ｐｏｓａｄａꎬ ２０２０)软件进行 序列均编码 １１４ 个基因(不含 ＩＲ 区重复的基因)ꎬ
比对后核酸序列替代模型的选择ꎬ以贝叶斯信息 包括 ８０ 个蛋白编码基因( ＣＤＳ)、３０ 个转运 ＲＮＡ
准则(Ｂａｙｅｓｉａｎ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｃｒｉｔｅｒｉｏｎꎬ ＢＩＣ)为标准选 (ｔＲＮＡ)、４ 个核糖体 ＲＮＡ(ｒＲＮＡ)(表 ３)ꎮ
出 最 佳 建 树 模 型ꎬ 使 用 ＭｒＢａｙｅｓ ( Ｒｏｎｑｕｉｓｔ ＆ ３.２ 密码子使用偏好
Ｈｕｅｌｓｅｎｂｅｃｋꎬ ２００３)构建 ＢＩ 树ꎮ ６ 条桃叶珊瑚 属 叶 绿 体 基 因 组 ＣＤＳ 的 相 对
同义密码子使用度( ＲＳＣＵ) 见图 ３ꎮ ＲＳＣＵ>１ꎬ表
３ 结果与分析 明该密码子是偏好密码子ꎬ使用较频繁ꎻＲＳＣＵ ＝
１ 表明该密码子无使用偏好性ꎻＲＳＣＵ< １ 表明该
３.１ 桃叶珊瑚属 ６ 种植物叶绿体基因组结构和基 密码子使用频率较低ꎮ 在分析时剔除终止密码
本特征 子 ＵＡＡ、ＵＧＡ 和 ＵＡＧꎬ以及色氨酸的唯一密码子
６ 条桃叶珊瑚属叶绿体全基因组的物理图谱 ＵＧＧ 和蛋氨酸的唯一密码子 ＡＵＧꎬ 因为这些密码
