Page 11 - 广西植物2024年1期
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１ 期 高鑫祯等: 珍稀濒危飘带兜兰叶绿体全基因组种内变异研究 ７
表 １ 飘带兜兰 ６ 个个体叶绿体基因组的基本特征
Ｔａｂｌｅ １ Ｂａｓｉｃ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ｐａｐｈｉｏｐｅｄｉｌｕｍ ｐａｒｉｓｈｉｉ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ
基因组特征 Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿１ Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿２ Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿３ Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿４ Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿５ Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿６
Ｇｅｎｏｍｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ (ＯＰ６０４３５６) (ＯＰ６０４３５７) (ＯＰ６０４３５８) (ＯＰ６０４３５９) (ＭＷ５２８２１３) (ＭＮ５８７８２２)
序列全长 １５４ ８０９ １５４ ６６０ １５４ ８０９ １５４ ４０３ １５４ ６８９ １５４ ６９２
Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｓｉｚｅ (ｂｐ)
ＬＳＣ 区长度 ８６ ９８３ ８６ ８３４ ８６ ９８３ ８６ ５８１ ８６ ８６３ ８６ ８６６
ＬＳＣ ｌｅｎｇｔｈ (ｂｐ)
ＳＳＣ 区长度 ２ ４４６ ２ ４４６ ２ ４４６ ２ ４３６ ２ ４４６ ２ ４４６
ＳＳＣ ｌｅｎｇｔｈ (ｂｐ)
ＩＲ 区长度 ３２ ６９０ ３２ ６９０ ３２ ６９０ ３２ ６９３ ３２ ６９０ ３２ ６９０
ＩＲ ｌｅｎｇｔｈ (ｂｐ)
ＧＣ 含量 ３５.９ ３５.９ ３５.９ ３５.９ ３５.９ ３５.９
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ (％)
ＬＳＣ 区 ＧＣ 含量 ３３.４ ３３.４ ３３.４ ３３.４ ３３.４ ３３.４
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ＬＳＣ (％)
ＳＳＣ 区 ＧＣ 含量 ２９.１ ２９.２ ２９.１ ２９.２ ２９.２ ２９.２
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ＳＳＣ (％)
ＩＲ 区 ＧＣ 含量 ３９.５ ３９.５ ３９.５ ３９.５ ３９.５ ３９.５
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ＩＲ (％)
ＣＤＳ 区 ＧＣ 含量 ３７.５ ３７.５ ３７.５ ３７.５ ３７.５ ３７.５
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ＣＤＳ (％)
ｔＲＮＡ 区 ＧＣ 含量 ５３.２ ５３.２ ５３.２ ５３.２ ５３.２ ５３.２
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ｔＲＮＡ (％)
ｒＲＮＡ 区 ＧＣ 含量 ５５.２ ５５.２ ５５.２ ５５.２ ５５.２ ５５.２
ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ｒＲＮＡ (％)
基因总数 １２９ １２９ １２９ １２９ １２９ １２９
Ｔｏｔａｌ ｇｅｎｅｓ
假基因数 ４ ４ ４ ４ ４ ４
Ｎｏ. ｏｆ ｐｓｅｕｄｏｇｅｎｅｓ
编码蛋白基因数 ７８ ７８ ７８ ７８ ７８ ７８
Ｎｏ. ｏｆ ＣＤＳ
ｔＲＮＡ 基因数 ３９ ３９ ３９ ３９ ３９ ３９
Ｎｏ. ｏｆ ｔＲＮＡ ｇｅｎｅｓ
ｒＲＮＡ 基因数 ８ ８ ８ ８ ８ ８
Ｎｏ. ｏｆ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅｓ
带兜兰叶绿体基因组长度为１５４ ４０３ ~ １５４ ８０９ ｂｐꎬ
３ 讨论与结论 符合此前报道的兰科及兜兰属植物的叶绿体基因
组大小 (Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４ꎻ Ｇｕｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１)ꎮ 飘
本研究利用二代高通量测序技术对飘带兜兰 带兜兰不同个体间的叶绿体基因组长度变化主要
野生居群不同个体进行浅层基因组测序ꎬ通过组 在 ＬＳＣ 区ꎬ为 ８６ ５８１ ~ ８６ ９８３ ｂｐꎻ而 ＳＳＣ 区和 ＩＲ
装和注释得到飘带兜兰叶绿体全基因组ꎮ ６ 个个 区基 本 保 持 一 致ꎬ 分 别 为 ２ ４３６ ~ ２ ４４６ ｂｐ 和
体的叶绿体基因组的基因数量和顺序一致ꎬ没有 ３２ ６９０ ~ ３２ ６９３ ｂｐꎮ ＩＲ 区较其他被子植物有显著
发生基因组的重排或倒位事件ꎮ ６ 个叶绿体基因 的扩张ꎬＳＳＣ 区则有较大程度的收缩ꎬ仅包含 ｒｐｌ３２
组均为叶绿体基因组的典型四分体式结构ꎬ由 ＩＲ 和 ｃｃｓＡ ２ 个基因ꎬ这些特点符合兜兰属叶绿体基因
区、ＬＳＣ 区、ＳＳＣ 区组成 ( Ｊａｎｓｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００５)ꎮ 飘 组特征 (Ｇｕｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１)ꎮ 与其他已报道的兰科
