Page 14 - 广西植物2024年1期
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１ ０ 广 西 植 物 ４４ 卷
Ａ. 不同类型重复序列的数量ꎻ Ｂ. 重复序列的类型在不同重复长度中的数量分布ꎮ
Ａ. Ｎｕｍｂｅｒｓ ｏｆ ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｔｙｐｅｓꎻ Ｂ. Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎｓ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｔｙｐｅｓ ｏｆ ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｓｉｚｅｓ
ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ.
图 ４ 飘带兜兰 ６ 个个体叶绿体基因组重复序列分析
Ｆｉｇ. ４ Ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ｐａｐｈｉｏｐｅｄｉｌｕｍ ｐａｒｉｓｈｉｉ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ
表 ３ 飘带兜兰 ６ 个个体叶绿体基因组插入缺失的统计
Ｔａｂｌｅ ３ Ｓｕｍｍａｒｙ ｏｆ ｖａｒｉａｎｔｓ ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ｐａｐｈｉｏｐｅｄｉｌｕｍ ｐａｒｉｓｈｉｉ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ
插入缺失 ＩｎＤｅｌｓ 单核苷酸多态性 ＳＮＰｓ
总数
Ｔｏｔａｌ 蛋白编码区 基因间隔区 内含子区 蛋白编码区 基因间隔区 内含子区
ＣＤＳ ＩＧＳ Ｉｎｔｒｏｎ ＣＤＳ ＩＧＳ Ｉｎｔｒｏｎ
７０ ４ ４３ １３ ５ ４ １
注: ＣＤＳ. 蛋白编码区ꎻ ＩＧＳ. 基因间隔区ꎻ ＩｎＤｅｌｓ. 插入缺失ꎻ ＳＮＰ. 单核苷酸多态性ꎮ
Ｎｏｔｅ: ＣＤＳ. Ｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｄｉｎｇ ｓｐａｃｅｒꎻ ＩＧＳ. Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｓｐａｃｅｒꎻ ＩｎＤｅｌｓ. Ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ ｏｒ ｄｅｌｅｔｉｏｎꎻ ＳＮＰ. Ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ.
插入缺失和突变引起基因结构的差异是遗传 ｃｏｍｍｕｎｉｓ) １２ 个个体的叶绿体基因组中共鉴定到
变异的重要来源ꎬ 代表生物个体适应环境变化的 １６２ 个 ＳＮＰｓ 和 ９２ 个 ＩｎＤｅｌｓꎻＺｈａｎｇ 等 (２０２０ｂ) 在
能力(Ｈａｎ ＆ Ｘｕｅꎬ ２００３)ꎮ 种间或种内的叶绿体 麻栎 (Ｑｕｅｒｃｕｓ ａｃｕｔｉｓｓｉｍａ) ３ 个个体中共检测到 ７７
基因结构差异可用于近缘种间和种内的系统发育 个 ＳＮＰｓ 和 ２５５ 个 ＩｎＤｅｌｓꎮ Ａｌｅｘａｎｄｅｒ 等 (２０１４) 在
关系及群体遗传学研究 (ＭｃＣａｕｌｅｙꎬ １９９５ꎻ Ｋｅｒｓｔｅｎ 红槲栎 ( Ｑｕｅｒｃｕｓ ｒｕｂｒａ) ４ 个 个 体 中 鉴 定 到 ８ 个
ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６)ꎮ 本研究在飘带兜兰的 ６ 个个体的叶 ＳＮＰｓ 和 ４５ 个 ＩｎＤｅｌｓꎮ 本研究共发现 １９ 个位点呈
绿体基因组中鉴定到 ６０ 个 ＩｎＤｅｌｓ 和 １０ 个 ＳＮＰｓꎬ 现种内多态性ꎬ通过 ｍＶＩＳＴＡ 基因组比对和核苷酸
主要分布在基因间隔区ꎮ 与其他种内叶绿体基因 多样性 (Ｐ ) 值的计算ꎬ发现非编码区的核苷酸多
ｉ
组比较分析相比ꎬ飘带兜兰的 ＩｎＤｅｌｓ 和 ＳＮＰｓ 数量 样性远高于编码区ꎬ其中 ｒｐｓ３ －ｒｐｌ２２ 的 Ｐ 值最高
ｉ
并 不 多ꎮ Ｍｕｒａｇｕｒｉ 等 ( ２０２０ ) 在 蓖 麻 ( Ｒｉｃｉｎｕｓ (０.００６ ３２)ꎮ 在飘带兜兰叶绿体基因组中存在的
