Page 15 - 广西植物2024年1期
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１ 期 高鑫祯等: 珍稀濒危飘带兜兰叶绿体全基因组种内变异研究 １ １
表 ４ 飘带兜兰 ６ 个个体叶绿体基因组插入缺失 ( >３ ｂｐ)统计
Ｔａｂｌｅ ４ Ｓｕｍｍａｒｙ ｏｆ ＩｎＤｅｌｓ ( >３ ｂｐ) ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ｐａｐｈｉｏｐｅｄｉｌｕｍ ｐａｒｉｓｈｉｉ ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ
插入缺失大小 Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿１ / Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿２ / Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿３ / 位置 区域
ＩｎＤｅｌｓ ｓｉｚｅ (ｂｐ) Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿４ / Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿５ / Ｐ. ｐａｒｉｓｈｉｉ＿６ Ｌｏｃａｔｉｏｎ Ｒｅｇｉｏｎ
１８ ０ / １ / ０ / １ / １ / １ ｔｒｎＳ￣ＧＣＵ－ｔｒｎＧ￣ＵＣＣ ＩＧＳ
５ ０ / ０ / ０ / １ / ０ / ０ ａｔｐＦ Ｉｎｔｒｏｎ
２７３ １ / １ / １ / ０ / １ / １ ａｔｐＨ－ａｔｐＩ ＩＧＳ
４ １ / １ / １ / ０ / １ / １ ｔｒｎＥ￣ＵＵＣ－ｔｒｎＴ￣ＧＧＵ ＩＧＳ
１９ １ / ０ / １ / １ / ０ / ０ ｐｓａＡ－ｙｃｆ３ ＩＧＳ
７ １ / ０ / １ / ０ / ０ / ０ ｔｒｎＴ￣ＵＧＵ－ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ ＩＧＳ
４ １ / １ / １ / ０ / １ / １ ｎｄｈＪ ＣＤＳ∗
４ ０ / ０ / ０ / １ / ０ / ０ ａｔｐＢ－ｒｂｃＬ ＩＧＳ
７ ０ / １ / ０ / ０ / １ / １ ａｔｐＢ－ｒｂｃＬ ＩＧＳ
１２ １ / １ / １ / ０ / １ / １ ａｃｃＤ ＣＤＳ
５４ １ / ０ / １ / ０ / ０ / ０ ａｃｃＤ Ｉｎｔｒｏｎ
８９ １ / １ / １ / ０ / １ / １ ａｃｃＤ－ｐｓａＩ ＩＧＳ
３１ １ / ０ / １ / ０ / １ / １ ｔｒｎＰ￣ＵＧＧ－ｐｓａＪ ＩＧＳ
６０ １ / ０ / １ / １ / ０ / ０ ｔｒｎＰ￣ＵＧＧ－ｐｓａＪ ＩＧＳ
４ ０ / ０ / ０ / １ / ０ / ０ ｐｓｂＢ－ｐｓｂＴ ＩＧＳ
５ １ / ０ / １ / ０ / ０ / ０ ｒｐｌ１４－ｒｐｌ１６ ＩＧＳ
６ １ / １ / １ / ０ / １ / １ ｙｃｆ１ ＣＤＳ
８ ０ / ０ / ０ / １ / ０ / ０ ｃｃｓＡ－ｔｒｎＬ￣ＵＡＧ ＩＧＳ
６ １ / １ / １ / ０ / １ / １ ｙｃｆ１ ＣＤＳ
注: １ 表示插入ꎻ ０ 表示缺失ꎻ ∗表示假基因ꎮ
Ｎｏｔｅ: １ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｉｎｓｅｒｓｉｏｎꎻ ０ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｄｅｌｅｔｉｏｎꎻ ∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｐｓｅｕｄｏｇｅｎｅ.
这些基因组的结构变异可广泛用于种间和种内关 ｒｅｖｅａｌｓ ｈｉｇｈ ｑｕａｌｉｔｙ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ ｆｏｒ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ
系以及遗传多样性研究ꎮ ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ [Ｊ]. Ｔｒｅｅ Ｇｅｎｅｔ Ｇｅｎｏｍｅｓꎬ １０: ８０３－８１２.
遗传多样性是评估物种对栖息地环境适应能 ＡＭＩＲＹＯＵＳＥＦＩ Ａꎬ ＨＹＶＯＮＥＮ Ｊꎬ ＰＯＣＺＡＩ Ｐꎬ ２０１８. ＩＲｓｃｏｐｅ:
力以及抗逆能力的重要指标ꎬ研究遗传多样性和 ａｎ ｏｎｌｉｎｅ ｐｒｏｇｒａｍ ｔｏ ｖｉｓｕａｌｉｚｅ ｔｈｅ ｊｕｎｃｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
ｇｅｎｏｍｅｓ [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ ３４(１７): ３０３０－３０３１.
遗传结构是制定物种保护措施的前提 (张亚红等ꎬ
ＢＥＩＥＲ Ｓꎬ ＴＨＩＥＬ Ｔꎬ ＭＵＮＣＨ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７. ＭＩＳＡ￣ｗｅｂ: ａ
２０１９)ꎮ 通过叶绿体全基因组的比较分析ꎬ本研究
ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ｆｏｒ ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ
筛选出了一些多态性叶绿体基因组分子标记ꎬ为
３３(１６): ２５８３－２５８５.
评估飘带兜兰的遗传多样性ꎬ探讨系统发生、进化 ＢＲＡＵＫＭＡＮＮ ＴＷꎬ ＫＵＺＭＩＮＡ Ｍꎬ ＳＴＥＦＡＮＯＶＩＣ Ｓꎬ
以及保护遗传学研究提供遗传学基础ꎮ ２００９. Ｌｏｓｓ ｏｆ ａｌｌ ｐｌａｓｔｉｄ ｎｄｈ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｇｎｅｔａｌｅｓ ａｎｄ ｃｏｎｉｆｅｒｓ:
致谢 中国科学院西双版纳热带植物园 Ｓｖｅｎ ｅｘｔｅｎｔ ａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｅｅｄ ｐｌａｎｔ
Ｌａｎｄｒｅｉｎ、杨国平协助野外调查ꎬ云南野兰堂生物 ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ [Ｊ]. Ｃｕｒｒ Ｇｅｎｅｔꎬ ５５(３): ３２３－３３７.
有限公司张泽提供照片ꎬ谨致谢意ꎮ ＣＨＥＮ ＬＪꎬ ＬＩＵ ＫＷꎬ ＸＩＡＯ ＸＪꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２. Ｔｈｅ ａｎｔｈｅｒ ｓｔｅｐｓ
ｏｎｔｏ ｔｈｅ ｓｔｉｇｍａ ｆｏｒ ｓｅｌｆ￣ｆｅｒｔｉｌｉｚａｔｉｏｎ ｉｎ ａ ｓｌｉｐｐｅｒ Ｏｒｃｈｉｄ
[Ｊ]. ＰＬｏＳ ＯＮＥꎬ ７(５): ｅ３７４７８.
参考文献: ＣＨＥＮ ＭＳꎬ ＹＡＮＧ ＺＹꎬ ２０２２. Ｇｅｎｅａｌｏｇｉｃａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｃａｒｐｉｎｕｓ ｔｉｅｎｔａｉｅｎｓｉｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ
ＡＬＥＸＡＮＤＥＲ ＬＷꎬ ＷＯＥＳＴＥ ＫＥꎬ ２０１４. Ｐｙｒｏｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｔｈｅ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ
ｎｏｒｔｈｅｒｎ ｒｅｄ ｏａｋ ( Ｑｕｅｒｃｕｓ ｒｕｂｒａ Ｌ.) ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４２(１０): １７０３－ １７１６. [陈模舜ꎬ 杨仲毅ꎬ
