Page 17 - 广西植物2024年1期

１ 期 高鑫祯等: 珍稀濒危飘带兜兰叶绿体全基因组种内变异研究 １ ３

ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ [Ｍ] / / ＺＩＭＭＥＲ ＥＡꎬ ＲＯＡＬＳＯＮ ＥＨꎬ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４２(１): ２５－３８.]
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ＪＩＮ Ｊꎬ ＹＵ ＷＢꎬ ＹＡＮＧ ＪＢꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ: ａ ｑｕａｌｉｔｙ ｃｕｓｔｏｍ ｇｒａｐｈｉｃａｌ ｍａｐｓ ｏｆ ｐｌａｓｔｉｄ ａｎｄ ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ
ｓｉｍｐｌｅ ａｎｄ ｆａｓｔ ｐｉｐｅｌｉｎｅ ｆｏｒ ｄｅ ｎｏｖｏ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｏｆ ａ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｇｅｎｏｍｅｓ [Ｊ]. Ｃｕｒｒ Ｇｅｎｅｔꎬ ５２(５/ ６): ２６７－２７４.
ｃｉｒｃｕｌａｒ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｕｓｉｎｇ ｇｅｎｏｍｅ ｓｋｉｍｍｉｎｇ ｄａｔａ ＬＯＷＥ ＴＭꎬ ＣＨＡＮ ＰＰꎬ ２０１６. ｔＲＮＡｓｃａｎ￣ＳＥ Ｏｎ￣ｌｉｎｅ:
[Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌꎬ ２１(１): ２４１. ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ ｓｅａｒｃｈ ａｎｄ ｃｏｎｔｅｘｔ ｆｏｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｒａｎｓｆｅｒ ＲＮＡ
ＫＡＯ Ｈꎬ ＺＨＡＯ Ｙꎬ ＹＡＮＧ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１. Ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｇｅｎｅｓ [Ｊ]. Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄ Ｒｅｓꎬ ４４(１): Ｗ５４－Ｗ５７.
ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ａｎ ｅｎｄａｎｇｅｒｅｄ ｏｒｃｈｉｄ ＬＵＯ ＹＢꎬ ＪＩＡ ＪＳꎬ ＷＡＮＧ ＣＬꎬ ２００３. Ａ ｇｅｎｅｒａｌ ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｔｈｅ
ｓｐｅｃｉｅｓ Ｐａｐｈｉｏｐｅｄｉｌｕｍ ｐａｒｉｓｈｉｉ ( Ｏｒｃｈｉｄａｃｅａｅ ) [ Ｊ ]. ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ ｓｔａｔｕｓ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｏｒｃｈｉｄｓ [Ｊ]. Ｂｉｏｄｉｖｅｒｓ Ｓｃｉꎬ １１
Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ＤＮＡ Ｂꎬ ６(９): ２５２１－２５２２. (１): ７０－７７. [罗毅波ꎬ 贾建生ꎬ 王春玲ꎬ ２００３. 中国兰科植
ＫＥＲＳＴＥＮ Ｂꎬ ＲＡＭＰＡＮＴ ＰＦꎬ ＭＡＤＥＲ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６. 物保育的现状和展望 [Ｊ]. 生物多样性ꎬ １１(１): ７０ －７７.]
Ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｏｐｕｌｕｓ ｔｒｅｍｕｌａ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ａｎｄ ＭＣＣＡＵＬＥＹ ＤＥꎬ １９９５. Ｔｈｅ ｕｓｅ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ＤＮＡ
ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉｏｎ: Ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｈｏｌｉｓｔｉｃ ｐｏｐｌａｒ ｂｒｅｅｄｉｎｇ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ ｉｎ ｓｔｕｄｉｅｓ ｏｆ ｇｅｎｅ ｆｌｏｗ ｉｎ ｐｌａｎｔｓ [ Ｊ]. Ｔｒｅｎｄ
[Ｊ]. ＰＬｏＳ ＯＮＥꎬ １１(１): ｅ０１４７２０９. Ｅｃｏｌ Ｅｖｏｌꎬ １０(５): １９８－２０２.
ＫＩＭ ＨＴꎬ ＫＩＭ ＪＳꎬ ＭＯＯＲＥ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５. Ｓｅｖｅｎ ｎｅｗ ＭＵＲＡＧＵＲＩ Ｓꎬ ＸＵ Ｗꎬ ＣＨＡＰＭＡＮ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０.
ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｐｌａｓｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｒｅｖｅａｌ ｒａｍｐａｎｔ ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ ｌｏｓｓ Ｉｎｔｒａｓｐｅｃｉｆｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｗｉｔｈｉｎ Ｃａｓｔｏｒ ｂｅａｎ (Ｒｉｃｉｎｕｓ ｃｏｍｍｕｎｉｓ
ｏｆ ｔｈｅ ｎｄｈ ｇｅｎｅ ｆａｍｉｌｙ ａｃｒｏｓｓ ｏｒｃｈｉｄｓ ａｎｄ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ Ｌ.) ｂａｓｅｄ ｏｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ [ Ｊ]. Ｉｎｄ Ｃｒｏｐｓ Ｐｒｏｄꎬ
ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ/ ｓｍａｌｌ ｓｉｎｇｌｅ￣ｃｏｐｙ ｒｅｇｉｏｎ １５５: １１２７７９.
ｂｏｕｎｄａｒｉｅｓ [Ｊ]. ＰＬｏＳ ＯＮＥꎬ １０(１１): ｅ０１４２２１５. ＮＩＵ ＺＴꎬ ＸＵＥ ＱＹꎬ ＺＨＵ ＳＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７. Ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ
ＫＩＭ ＪＳꎬ ＫＩＭ ＨＴꎬ ＫＩＭ ＪＨꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４. Ｔｈｅ ｌａｒｇｅｓｔ ｐｌａｓｔｉｄ ｐｌａｓｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｆｏｕｒ ｏｒｃｈｉｄ ｓｐｅｃｉｅｓ: Ｉｎｓｉｇｈｔｓ ｉｎｔｏ ｔｈｅ
ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ ｍｏｎｏｃｏｔｓ: ａ ｎｏｖｅｌ ｇｅｎｏｍｅ ｔｙｐｅ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ＡＴ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ｏｒｃｈｉｄａｃｅａｅ ａｎｄ ｔｈｅ ｕｔｉｌｉｔｙ ｏｆ ｐｌａｓｔｏｍｉｃ
ｒｅｓｉｄｕｅ ｒｅｐｅａｔｓ ｉｎ ｔｈｅ ｓｌｉｐｐｅｒ ｏｒｃｈｉｄ Ｃｙｐｒｉｐｅｄｉｕｍ ｊａｐｏｎｉｃｕｍ ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ ｈｏｔｓｐｏｔｓ [Ｊ]. Ｆｒｏｎｔ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉꎬ ８: ７１５.
[Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ Ｒｅｐꎬ ３３(５): １－１１. ＮＩＵ ＺＴꎬ ２０１７. Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｐｌａｓｔｏｍｉｃ ｓｔｕｄｉｅｓ ｏｆ Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍ
ＫＩＭ ＹＫꎬ ＪＯ ＳＪꎬ ＳＥ￣ＨＷＡＮ Ｃꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０. Ｐｌａｓｔｏｍｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ａｎｄ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｈｙｓｉｏｇｉｃａｌ ｅｆｆｅｃｔｓ ａｎｄ
ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｏｆ Ｏｒｃｈｉｄａｃｅａｅꎬ ｗｉｔｈ ２４ ｎｅｗ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ ｏｆ Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍ ｏｆｆｉｃｉｎａｌｅ ｕｎｄｅｒ
ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ [Ｊ]. Ｆｒｏｎｔ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉꎬ １１: ２２. ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ａｂｉｏｔｉｃ ｓｔｒｅｓｓｅｓ [ Ｄ ]. Ｎａｎｊｉｎｇ: Ｎａｎｊｉｎｇ Ｎｏｒｍａｌ
ＫＵＲＴＺ Ｓꎬ ＣＨＯＵＤＨＵＲＩ ＪＶꎬ ＯＨＬＥＢＵＳＣＨ Ｅꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００１. Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ: ２５－２６. [牛志韬ꎬ ２０１７. 石斛属植物叶绿体基
ＲＥＰｕｔｅｒ: ｔｈｅ ｍａｎｉｆｏｌｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｒｅｐｅａｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ ａ 因组研究及其代表种逆境下光合作用途径探讨 [Ｄ]. 南
ｇｅｎｏｍｉｃ ｓｃａｌｅ [Ｊ]. Ｎｕｃｌ Ａｃｉｄ Ｒｅｓꎬ ２９(２２): ４６３３－４６４２. 京: 南京师范大学: ２５－２６.]
ＬＩＡＮＧ ＣＬꎬ ＷＡＮＧ Ｌꎬ ＬＥＩ Ｊꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９. Ａ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ＰＡＬＭＥＲ ＪＤꎬ ＴＨＯＭＰＳＯＮ ＷＦꎬ １９８２. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ＤＮＡ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｆｏｕｒ Ｓａｌｖｉａ ｍｅｄｉｃｉｎａｌ ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔｓ ａｒｅ ｍｏｒｅ ｆｒｅｑｕｅｎｔ ｗｈｅｎ ａ ｌａｒｇｅ ｉｎｖｅｒｔｅｄ
ｐｌａｎｔｓ [Ｊ]. Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇꎬ ５(５): ９０７－９１５. ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉｓ ｌｏｓｔ [Ｊ]. Ｃｅｌｌꎬ ２９(２): ５３７－５５０.
ＬＩＮ ＣＳꎬ ＣＨＥＮ ＪＪꎬ ＨＵＡＮＧ ＹＴꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５. Ｔｈｅ ｌｏｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ＱＩＮ Ｚꎬ ＷＡＮＧ ＹＰꎬ ＷＡＮＧ ＱＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５. Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ
ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｎｄｈ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｏｒｉｇｉｎ ｉｎ ｔｈｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓ ｉｎ ｐｌａｎｔ ｇｅｎｏｍｅ [ Ｊ].
Ｏｒｃｈｉｄａｃｅａｅ ｆａｍｉｌｙ [Ｊ]. Ｓｃｉ Ｒｅｐꎬ ５(１): ９０４０. ＰＬｏＳ ＯＮＥꎬ １０(１２): ｅ０１４４１０８.
ＬＩＮ ＣＳꎬ ＣＨＥＮ ＪＪＷꎬ ＣＨＩＵ ＣＣꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７. Ｃｏｎｃｏｍｉｔａｎｔ ｌｏｓｓ ＲＡＮＫＯＵ Ｈꎬ ＡＶＥＲＹＡＮＯＶ Ｌꎬ ２０１５. Ｐａｐｈｉｏｐｅｄｉｌｕｍ
ｏｆ ＮＤＨ ｃｏｍｐｌｅｘ￣ｒｅｌａｔｅｄ ｇｅｎｅｓ ｗｉｔｈｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ａｎｄ ｎｕｃｌｅａｒ ｐａｒｉｓｈｉｉ. Ｔｈｅ ＩＵＣＮ ｒｅｄ ｌｉｓｔ ｏｆ ｔｈｒｅａｔｅｎｅｄ ｓｐｅｃｉｅｓꎬ ２０１５:
ｇｅｎｏｍｅｓ ｉｎ ｓｏｍｅ ｏｒｃｈｉｄｓ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｊꎬ ９０(５): ９９４－１００６. ｅ. Ｔ１９３５１２Ａ２２４０５８０.
ＬＩＵ ＺＪꎬ ＣＨＥＮ ＸＱꎬ ＣＨＥＮ ＬＪꎬ ２００９. Ｔｈｅ ｇｅｎｕｓ Ｐａｐｈｉｏｐｅｄｉｌｕｍ ＳＨＡＯ ＳＣꎬ ＴＡＮＧ Ｌꎬ ＬＵＯ Ｙꎬ ２０２０. Ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
ｉｎ Ｃｈｉｎａ [Ｍ]. Ｂｅｉｊｉｎｇ : Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｐｒｅｓｓ: ８－１０. [刘仲健ꎬ 陈 ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ Ｄｅｎｄｒｏｂｉｕｍ ｗａｎｇｌｉａｎｇｉｉ (Ｏｒｃｈｉｄａｃｅａｅ)
心启ꎬ 陈利君ꎬ ２００９. 中国兜兰属植物 [Ｍ]. 北京: 科学 [Ｊ]. Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ＤＮＡ Ｂꎬ ５(３): ３５１３－３５１５.
出版社: ８－１０.] ＳＨＡＷ Ｊꎬ ＬＩＣＫＥＹ ＥＢꎬ ＳＣＨＩＬＬＩＮＧ ＥＥꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００７.
ＬＩ ＲＺꎬ ＣＡＩ Ｊꎬ ＹＡＮＧ ＪＢꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ｐｌａｓｔｉｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｗｈｏｌｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｔｏ ｃｈｏｏｓｅ
ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｐｌａｃｅｍｅｎｔ ａｎｄ ｇｅｎｅｒａ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｏｆ ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ｆｏｒ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｓｔｕｄｉｅｓ ｉｎ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ: Ｔｈｅ
Ｓｔｅｒｃｕｌｉｏｉｄｅａｅ (Ｍａｌｖａｃｅａｅ ｓ.ｌ.) [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４２(１): ２５－ ｔｏｒｔｏｉｓｅ ａｎｄ ｔｈｅ ｈａｒｅ ＩＩＩ [Ｊ]. Ａｍ Ｊ Ｂｏｔꎬ ９４(３): ２７５－２８８.
３８. [黎若竹ꎬ 蔡杰ꎬ 杨俊波ꎬ 等ꎬ ２０２２. 利用叶绿体基因 ＳＨＩ ＬＣꎬ ＣＨＥＮ ＨＭꎬ ＪＩＡＮＧ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９. ＣＰＧＡＶＡＳ２ꎬ ａｎ
组数据解析锦葵科梧桐亚科的系统位置和属间关系 ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｐｌａｓｔｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｎｏｔａｔｏｒ ａｎｄ ａｎａｌｙｚｅｒ [ Ｊ].