Page 20 - 广西植物2024年1期

１ ６ 广 西 植 物 ４４ 卷
( １. Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｅｃｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎꎬ Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００８３ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ
２. Ｍｕｓｅｕｍ ｏｆ Ｂｅｉｊｉｎｇ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００８３ꎬ Ｃｈｉｎａ )

Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ ｓｕｔｃｈｕｅｎｓｉｓ ｉｓ ａ ｎａｔｉｏｎａｌ ｐｒｏｔｅｃｔｅｄ ｗｉｌｄ ｐｌａｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ ｗｉｔｈ ｎａｒｒｏｗ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｅｘｔｒｅｍｅｌｙ ｓｍａｌｌ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｉｎ ｓｏｕｔｈｗｅｓｔｅｒｎ Ｃｈｉｎａ. Ａｔ ｐｒｅｓｅｎｔꎬ ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｉｓ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｓ ｌａｃｋｉｎｇ ａｎｄ ｉｔｓ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ
ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ａｍｏｎｇ Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ ｒｅｍａｉｎ ｕｎｃｌｅａｒ. Ｉｎ ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙꎬ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｄ. ｓｕｔｃｈｕｅｎｓｉｓ ｗａｓ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｂｙ
Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｐｌａｔｆｏｒｍꎬ ａｓｓｅｍｂｌｅｄ ａｎｄ ａｎｎｏｔａｔｅｄ ｂｙ Ｇｅｔｏｒｇａｎｅｌｌｅ ｖ１.７.３.４ ａｎｄ ＰＧＡꎬ ａｎｄ ａｎａｌｙｚｅｄ ｂｙ ＤｎａＳＰ ６.１２.０３ ｆｏｒ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎꎬ ＲＥＰｕｔｅｒꎬ Ｔａｎｄｅｍ Ｒｅａｐｅａｔｓ Ｆｉｎｄｅｒꎬ ＭＩＳＡ ｆｏｒ ｒｅｐｅｔｉｔｉｖｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓꎬ ＣｏｄｏｎＷ１.４ ｆｏｒ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ
ｂｉａｓꎬ ａｎｄ ＥａｓｙＣｏｄｅｍＬ ｆｏｒ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｐｒｅｓｓｕｒｅ. Ｍｅａｎｗｈｉｌｅꎬ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｆｏｕｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａｓｅｔｓꎬ ｔｈｅ
ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｂｅｔｗｅｅｎ Ｄ. ｓｕｔｃｈｕｅｎｓｉｓ ａｎｄ １１ Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ ｓｐｅｃｉｅｓ ｗｅｒｅ ａｎａｌｙｚｅｄ ｕｓｉｎｇ ＩＱｔｒｅｅ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｗｅｒｅ ａｓ
ｆｏｌｌｏｗｓ: (１) Ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｄ. ｓｕｔｃｈｕｅｎｓｉｓ ｗａｓ １５７ ９１７ ｂｐ ｉｎ ｌｅｎｇｔｈꎬ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｔｗｏ ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔｓ (ＩＲｓ) ｏｆ
２６ １１１ ｂｐꎬ ｗｈｉｃｈ ｗａｓ ｓｅｐａｒａｔｅｄ ｂｙ ｌａｒｇｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙ (ＬＳＣ) ａｎｄ ｓｈｏｒｔ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙ (ＳＳＣ) ｏｆ ８７ ３０３ ｂｐ ａｎｄ １８ ３９２ ｂｐꎬ
ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ. Ｔｈｅ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｗａｓ ３７.４％. (２) Ｔｈｅ ｇｅｎｏｍｅ ｃｏｎｔａｉｎｅｄ １１３ ｇｅｎｅｓꎬ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ７９ ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓꎬ ３０
ｔＲＮＡ ｇｅｎｅｓꎬ ａｎｄ ４ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅｓ. Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ４９ ｌｏｎｇ ｒｅｐｅａｔｓꎬ ２７ ｔａｎｄｅｍ ｒｅｐｅａｔｓꎬ ａｎｄ ３４ ｓｉｍｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓ ｗｅｒｅ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ. Ｔｈｅｒｅ ｗｅｒｅ ３１ ｈｉｇｈ￣ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｃｏｄｏｎｓ ｉｎ ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓꎬ ｍｏｓｔ ｏｆ ｔｈｅｍ ｅｎｄｅｄ ｉｎ Ａ ｏｒ Ｕꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｕｓｅｄ
ｃｏｄｏｎｓ ｗｅｒｅ ｔｈｅ ｏｎｅｓ ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｌｅｕｃｉｎｅ. Ｔｈｅ ｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ｗｅｒｅ ｍｏｒｅ ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｔｈａｎ ｔｈｅ ｎｏｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｏｎｅｓꎬ ａｎｄ １０ ｒｅｇｉｏｎｓ
ｗｅｒｅ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ ａｓ ｍｏｓｔ ｄｉｖｅｒｇｅｎｔ ｈｏｔｓｐｏｔｓ ｆｏｒ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓ. Ｔｈｅｒｅ ｈａｄ ｂｅｅｎ ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｏｎ ｎｄｈＢꎬ
ｎｄｈＧꎬ ｎｄｈＩꎬ ｒｂｃＬꎬ ｒｐｏＢꎬ ｐｅｔＢꎬ ｐｅｔＤ ａｎｄ ｒｐｓ１２ ａｍｏｎｇ ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓ. (３) Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｅｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ
Ｄ. ｓｕｔｃｈｕｅｎｓｉｓ ｗａｓ ｃｌｏｓｅｌｙ ｒｅｌａｔｅｄ ｔｏ Ｄ. ｒｈｏｍｂｉｆｏｌｉａ ａｎｄ Ｄ. ｃａｔｈａｙｅｎｓｉｓ. Ｔｏｇｅｔｈｅｒ ｗｉｔｈ Ｄ. ｈａｉｎａｎｅｎｓｉｓꎬ ｔｈｅｓｅ ｆｏｕｒ ｓｐｅｃｉｅｓ
ｆｏｒｍｅｄ ａ ｍｏｎｏｐｈｙｌｅｔｉｃ ｇｒｏｕｐ. Ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｈａｄ ｔｈｅ ｈｉｇｈｅｓｔ ｓｕｐｐｏｒｔ
ｖａｌｕｅｓꎬ ｉｎｄｉｃａｔｉｎｇ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｗｉｔｈ ｍｏｓｔ ｖａｒｉａｂｌｅ ａｎｄ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｖｅ ｓｉｔｅｓ ａｒｅ ｍｏｒｅ ｓｕｉｔａｂｌｅ ｆｏｒ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ
ｓｔｕｄｉｅｓ ｏｆ Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｐｒｏｖｉｄｅ ｕｓｅｆｕｌ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｉｃ ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ ｆｏｒ ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎꎬ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ
ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎꎬ ｒｅｐｏｐｕｌａｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｄ. ｓｕｔｃｈｕｅｎｓｉｓ ａｓ ｗｅｌｌ ａｓ Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ ｓｕｔｃｈｕｅｎｓｉｓꎬ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅꎬ ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅꎬ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ ｐｒｅｓｓｕｒｅꎬ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ

柿科(Ｅｂｅｎａｃｅａｅ) 是一个主要分布于热带和亚 布极为狭窄ꎬ川柿( Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ ｓｕｔｃｈｕｅｎｓｉｓ ) 即为分布

热带的 木 本 植 物 科ꎬ 包 含 ３ ~ ４ 个 属 ( Ｗａｌｌｎöｆｅｒꎬ 范围狭窄的种类之一ꎮ
２００１ꎻ Ｄｕａｎｇｊａｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００６)ꎮ 柿属(Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ)是柿 川柿由森林植物学家杨衔晋于 １９４５ 年在« 华
科内种类最多、分布最广的属ꎬ也是柿科在中国唯 西边疆研究学会杂志» 上命名发表ꎬ 模式标本于
一的属ꎮ 同时ꎬ柿属很多种类也是重要的经济树 １９４１ 年采自四川盆地东部华蓥山海拔 １ ３００ ｍ 的杂
种ꎬ在食用、药用、木材、园艺等方面用途广泛(左大 木林中(Ｙａｎｇꎬ １９４５)ꎮ 但是ꎬ自川柿发表后ꎬ几十年
勋等ꎬ １９８４ꎻ Ｒａｕｆ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)ꎮ 柿属的系统分类 来一直未在野外见到ꎮ 研究人员曾去模式原产地
研究主要集中在形态学和孢粉学(Ｕｔｓｕｎｏｍｉｙａ ｅｔ ａｌ.ꎬ 调查ꎬ也未采到(方文培ꎬ １９８５)ꎮ ２０１７ 年ꎬ科研人
１９９８ꎻ Ｖｅｎｋａｔａｓａｍｙ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００６ꎻ Ａｋｉｎｓｕｌｉｒｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ 员在重庆市江津区四面山林区再次调查到川柿ꎬ目
２０１８ꎻ 胡超琼等ꎬ ２０１８ꎻ 邹璞等ꎬ ２０２２)ꎮ 近年来ꎬ 前共发现 ６ 株个体ꎬ分散在 ３ 个分布点(刘燕琴等ꎬ
有学者陆续对柿属不同类群开展了分子系统学和 ２０２１ａꎬｂ)ꎮ 川柿在野外分布范围狭窄ꎬ种群数量极
基因组学研究(Ｙｏｎｅｍｏｒｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００８ꎻ Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ 少ꎬ生 境 受 威 胁 严 重ꎬ 根 据 极 小 种 群 野 生 植 物
２０１３ꎻ 梁晋军ꎬ ２０１４ꎻ 傅建敏等ꎬ ２０１５ꎻ 傅建敏等ꎬ (ＰＳＥＳＰ) 的 定 义 ( 孙 卫 邦 等ꎬ ２０１５ꎻ 杨 文 忠 等ꎬ
２０１７)ꎮ 在国内ꎬ柿属包含的物种数量一直存有争 ２０１５)ꎬ该种应属于极小种群野生植物ꎮ 在 ２０２１ 年
议ꎬ很 多 种 类 的 系 统 地 位 也 不 明 确 ( 左 大 勋 等ꎬ 公布的« 国家重点保护野生植物名录» 中( ｈｔｔｐ:/ /
１９８４ꎻ 吴征镒和崔鸿宾ꎬ １９８７ꎻ Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９９６)ꎮ ｗｗｗ.ｇｏｖ.ｃｎ/ ｚｈｅｎｇｃｅ/ ｚｈｅｎｇｃｅｋｕ/ ２０２１－０９/ ０９/ ｃｏｎｔｅｎｔ＿
Ｔａｎｇ 等(２０１９) 通过资料分析、标本查阅和实地调 ５６３６４０９.ｈｔｍ)ꎬ柿科共有 ２ 种被列为国家二级保护
查ꎬ确认了 ４５ 种中国特有的柿属种类ꎬ其中 １８ 种分 植物ꎬ分别为川柿和小萼柿( Ｄ. ｍｉｎｕｔｉｓｅｐａｌａ)ꎮ 目