Page 26 - 广西植物2024年1期
P. 26
２ ２ 广 西 植 物 ４４ 卷
图 ２ １２ 个柿属物种叶绿体基因组核苷酸多样性(Ｐ )的滑动窗口分析
ｉ
Ｆｉｇ. ２ Ｓｌｉｄｉｎｇ ｗｉｎｄｏｗ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｖａｒｉａｂｉｌｉｔｙ (Ｐ ) ｉｎ １２ Ｄｉｏｓｐｙｒｏｓ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ
ｉ
Ｐ 值区间为 ０ ~ ０.０５３ ５９ꎬ平均值为 ０.００６ ９９ꎮ 各 序列 １１８ 条ꎬ不同序列变异位点从高到低占比为
ｉ
分区中ꎬＬＳＣ 区 Ｐ 值为 ０ ~ ０.０５３ ５９ꎬＳＳＣ 区 Ｐ 值 ４９.３０％ ~ ０.１８％ꎮ 其中ꎬｒｐｓ１２￣２￣ｒｐｓ１２￣１ 变异位点
ｉ ｉ
０ ~ ０.０３８ ６３ꎬＩＲ 区 Ｐ 值为 ０ ~ ０.０１５ ７ꎮ ＬＳＣ 区的 百分比最高ꎬ为 ４９.３０％ꎮ 非编码区变异位点百分
ｉ
高变 区 域 ( Ｐ > ０. ０３ ) 包 括 ｔｒｎＨ￣ＧＵＧ￣ｐｓｂＡ、 ｔｒｎＴ￣ 比最高的 ２０ 个基因序列如表 ４ 所示ꎮ
ｉ
ＵＧＵ￣ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ、ｐｅｔＡ￣ｐｓｂＪ、 ｐｓｂＥ￣ｐｅｔＬ、 ｙｃｆ２ꎬ ＳＳＣ 区 的 ２.４ 密码子偏好性分析
高变区域(Ｐ >０.０２)为 ｎｄｈＦ￣ｒｐｌ３２、ｒｐｌ３２￣ｔｒｎＬ￣ＵＡＧ、 川柿叶绿体全基因组序列中的蛋白编码基因
ｉ
ｃｃｓＡ￣ｎｄｈＤ、ｙｃｆ１ꎬ ＩＲ 区 的 高 变 区 域 ( Ｐ > ０. ０１ ) 共包含 ５２ ６３９ 个密码子ꎬ高频密码子( ＲＳＣＵ>１)
ｉ
为 ｒｐｌ２ꎮ 共有 ３１ 个ꎮ 其中ꎬ以 Ａ 结尾的 １３ 个、以 Ｕ 结尾的
此外ꎬ还分别统计了 １２ 个柿属物种叶绿体全 １２ 个、以 Ｃ 结尾的 ３ 个、以 Ｇ 结尾的 ３ 个( 图 ３)ꎮ
基因组、编码区、非编码区ꎬ以及 ＬＳＣ 区、ＳＳＣ 区、 密码子 Ａｕｇ、Ｔｒｐ 的 ＲＳＣＵ 值为 １ꎬ表 示 其 无 偏 好
ＩＲ 区变异位点的数量和百分比ꎮ 叶绿体全基因组 性ꎮ 在这 些 密 码 子 所 编 码 的 蛋 白 质 中ꎬ 亮 氨 酸
共发现 ３ ９８０ 个变异位点ꎬ占比 ２.４３％ꎻ编码区变 (Ｌｅｕ) 所 占 数 量 最 多ꎬ 含 ５ ０９６ 个 密 码 子ꎬ 占 比
异位点 １ １４１ 个ꎬ占比 １.２３％ꎻ非编码区变异位点 ９.６８％ꎻ色氨酸(Ｔｒｐ)所占数量最少ꎬ含 ６８９ 个密码
２ ４４４个ꎬ占比 ３.０９％ꎮ 在 ４ 个分区中ꎬＬＳＣ 区变异 子ꎬ占比 １.３１％ꎮ
位点数量最多ꎬ为 １ ５８８ 个ꎬ占比 １.７８％ꎻ其次是 ２.５ 选择压力分析
ＳＳＣ 区ꎬ为 ８６３ 个ꎬ占比 ４.６０％ꎻＩＲ 区变异位点最 对川柿、老鸦柿、乌柿、海南柿叶绿体基因组
少ꎬ仅有 １１９ 个ꎬ占比 ０.４５％ꎮ 的 ７８ 个共有蛋白编码基因进行选择压力检测( 图
在 １２ 种柿属植物叶绿体基因组中ꎬ编码区共 ４)ꎮ 图 ４ 结果表明ꎬ在两两物种的比较中ꎬ各基因
发现含有变异位点的基因 ２１ 个ꎬ不同基因变异位 的 ｄＮ 平均值为 ０.４７０ ０ꎬｄＳ 平均值为 ０.６５２ １ꎬｄＮ
点从高到低占比为 ２５.９４％ ~ １.１５％( 附表 ２)ꎮ 其 最高的基因为 ｐｅｔＤ( ２. ０５４ ９)ꎬｄＳ 最高的基因为
中ꎬｐｓｂＫ 变异位点百分比最高ꎬ为 ２５.９４％ꎮ 在 ２１ ｒｐｏＣ１(３.３５２ ４)ꎬω( ｄＮ / ｄＳ) 平均值为 ０.７２０ ８ꎮ 共
个基因中ꎬ１６ 个位于 ＬＳＣ 区、３ 个位于 ＩＲ 区、２ 个 有 ８ 个 基 因 ( ｎｄｈＢ、 ｎｄｈＧ、 ｎｄｈＩ、 ｒｂｃＬ、 ｒｐｏＢ、 ｐｅｔＢ、
位于 ＳＳＣ 区ꎮ 非编码区共发现含变异位点的基因 ｐｅｔＤ、ｒｐｓ１２)的 ω 平均值大于 １ꎬ４１ 个基因的 ω 等
