Page 43 - 广西植物2024年1期

１ 期 邓永彪等: 珍稀濒危植物越南小花金花茶的叶绿体基因组特征分析 ３ ９

图 ５ 来自 ７ 种金花茶组植物的叶绿体基因组 ＩＲ 区域的边界分析
Ｆｉｇ. ５ Ｂｏｕｎｄａｒｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＩＲ ｒｅｇｉｏｎｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｆｒｏｍ ｓｅｖｅｎ ｙｅｌｌｏｗ Ｃａｍｅｌｌｉａ ｓｐｅｃｉｅｓ

近缘金花茶组植物的叶绿体基因组边界相对保守ꎬ 综上所述ꎬ本文首次完成了越南小花金花茶叶
表明其亲缘关系较近ꎬ之后的系统发育研究也支持 绿体基因组的序列测序、组装注释和基础信息分

这一推论ꎮ 析ꎬ揭示了越南小花金花茶叶绿体基因组基本特
迄今为止ꎬ许多学者已经采用诸如随机扩增多 征ꎮ 在此基础上ꎬ通过剖析密码子使用模式以及影

态 性 ＤＮＡ ( ｒａｎｄｏｍ ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ ＤＮＡꎬ 响密码子偏好的各类因素ꎬ确定了越南小花金花茶
ＲＡＰＤ )、叶绿体 ＤＮＡ ｔｒｎＬ￣ｔｒｎＦ、扩增片段长度多态 叶绿体基因组的高频密码子ꎬ为后续山茶属金花茶

性(ａｍｐｌｉｆｉｅｄ ｆｒａｇｍｅｎｔ ｌｅｎｇｔｈ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍꎬ ＡＦＬＰ)、 组植物的转基因研究提供了理论支持ꎮ 此外ꎬ基于
ＩＳＳＲ 以及核糖体内转录间隔区 ( ｎｕｃｌｅａｒ ｒｉｂｓｏｍａｌ 全叶绿体基因组构建的系统发育树明确了越南小
ｉｎｔｅｒｎａｌ ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅ ｓｐａｃｅｒꎬ ｎｒＩＴＳ )等多样化的分子标 花金花茶在金花茶组植物中的系统位置ꎮ 本研究

记ꎬ以 阐 明 山 茶 属 之 间 的 亲 缘 关 系 ( Ｊｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ 为后续越南小花金花茶和其他金花茶组植物的保
２０２１)ꎮ Ｗｅｉ 等(２０２２)整合了 ｄｄＲＡＤ、转录组、ｎｒＩＴＳ 护和合理开发利用研究提供了理论基础ꎮ
和 ＳＳＣ 等分子标记研究金花茶组系统发育关系ꎬ但
基于叶绿体基因组 ＳＳＣ 区的系统发育树支持率极
低ꎮ 本研究基于叶绿体全基因组序列ꎬ对越南小花 参考文献:
金花茶和其余 ２３ 种金花茶组植物的系统发育关系
ＡＩＩ Ｊꎬ ＫＩＳＨＩＭＡ Ｙꎬ ＭＩＫＡＭＩ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９９７. Ｅｘｐａｎｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ
进行了分析ꎮ 结果表明ꎬ依据系统发育的结果可将
ＩＲ ｉｎ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｂｕｃｋｗｈｅａｔ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｓ ｄｕｅ ｔｏ
系统发育树分为两个大的分支ꎬ其中越南小花金花
ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ＳＳＣ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｔｈａｔ ｃｏｕｌｄ ｂｅ ｍｅｄｉａｔｅｄ ｂｙ
茶与小花金花茶聚为高支持率的分支ꎬ亲缘关系最
ａｎ ｉｎｖｅｒｓｉｏｎ [Ｊ]. Ｃｕｒｒ Ｇｅｎｅｔꎬ ３１: ２７６－２７９.
近ꎮ 各分支支持率较高ꎬ表明完整的叶绿体基因组 ＡＭＩＲＹＯＵＳＥＦＩ Ａꎬ ＨＹＶÖＮＥＮ Ｊꎬ ＰＯＣＺＡＩ Ｐꎬ ２０１８. ＩＲｓｃｏｐｅ:
数据可为重建金花茶组系统发育关系提供重要的 ａｎ ｏｎｌｉｎｅ ｐｒｏｇｒａｍ ｔｏ ｖｉｓｕａｌｉｚｅ ｔｈｅ ｊｕｎｃｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
数据支持ꎮ ｇｅｎｏｍｅｓ [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ ３４(１７): ３０３０－３０３１.