Page 24 - 《广西植物》2024年第2期
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表 2 PmHDR 基因相对同义密码子使用度
Table 2 RSCU of PmHDR gene
氨基酸 密码子 个数 频率 比例 氨基酸 密码子 个数 频率 比例
RSCU RSCU
Amino acid Codon Number Frequency Fraction Amino acid Codon Number Frequency Fraction
丙氨酸 Ala GCA 1.87 14 28.807 0.467 脯氨酸 Pro CCA 2.25 9 18.519 0.562
GCC 0.53 4 8.230 0.133 CCC 0.00 0 0.000 0.000
GCG 0.27 2 4.115 0.067 CCG 0.00 0 0.000 0.000
GCU 1.33 10 20.576 0.333 CCU 1.75 7 14.403 0.438
半胱氨酸 Cys UGC 0.86 3 6.173 0.429 谷氨酰胺 Gln CAA 0.93 7 14.403 0.467
UGU 1.14 4 8.230 0.571 CAG 1.07 8 16.461 0.533
天冬氨酸 Asp GAC 0.37 5 10.288 0.185 精氨酸 Arg AGA 2.70 9 18.519 0.450
GAU 1.63 22 45.267 0.815 AGG 1.80 6 12.346 0.300
谷氨酸 Glu GAA 1.27 28 57.613 0.636 CGA 0.30 1 2.058 0.050
GAG 0.73 16 32.922 0.364 CGC 0.60 2 4.115 0.100
苯丙氨酸 Phe UUC 0.44 4 8.230 0.222 CGG 0.00 0 0.000 0.000
UUU 1.56 14 28.807 0.778 CGU 0.60 2 4.115 0.100
甘氨酸 Gly GGA 2.06 16 32.922 0.516 丝氨酸 Ser AGC 1.16 6 12.346 0.194
GGC 0.13 1 2.058 0.032 AGU 1.74 9 18.519 0.290
GGG 0.65 5 10.288 0.161 UCA 1.94 10 20.576 0.323
GGU 1.16 9 18.519 0.290 UCC 0.39 2 4.115 0.065
组氨酸 His CAC 0.67 3 6.173 0.333 UCG 0.19 1 2.058 0.032
CAU 1.33 6 12.346 0.667 UCU 0.58 3 6.173 0.097
异亮氨酸 Ile AUA 0.75 8 16.461 0.250 苏氨酸 Thr ACA 1.11 10 20.576 0.278
AUC 0.56 6 12.346 0.188 ACC 0.22 2 4.115 0.056
AUU 1.69 18 37.037 0.562 ACG 0.56 5 10.288 0.139
甲硫氨酸 Met AUG 1.00 12 24.691 1.000 ACU 2.11 19 39.095 0.528
赖氨酸 Lys AAA 1.02 23 47.325 0.511 色氨酸 Trp UGG 1.00 8 16.461 1.000
AAG 0.98 22 45.267 0.489 缬氨酸 Val GUA 1.03 9 18.519 0.257
亮氨酸 Leu CUA 0.34 2 4.115 0.057 GUC 0.23 2 4.115 0.057
CUC 0.51 3 6.173 0.086 GUG 1.26 11 22.634 0.314
CUG 0.86 5 10.288 0.143 GUU 1.49 13 26.749 0.371
CUU 2.06 12 24.691 0.343 酪氨酸 Tyr UAC 0.55 3 6.173 0.273
UUA 0.34 2 4.115 0.057 UAU 1.45 8 16.461 0.727
UUG 1.89 11 22.634 0.314 ∗ UAA 0.00 0 0.000 0.000
天冬酰胺 Asn AAC 0.87 10 20.576 0.435 UAG 1.00 1 2.058 1.000
AAU 1.13 13 26.749 0.565 UGA 0.00 0 0.000 0.000
注: 下划线表示该密码子 RSCU>1ꎻ ∗表示终止密码子ꎮ
Note: The underline indicates that the RSCU of the condon>1ꎻ ∗ indicates the stop codon.
2.5 胁迫处理下拟南芥生长观测 集这 6 株拟南芥的种子ꎬ开展后续实验ꎮ
将转基因拟南芥种子播种在含 Kana 抗生素 利用 D ̄mannitol 和 NaCl 分别对拟南芥进行干
的 MS 固体培养基上进行筛选ꎬ并选取其中正常生 旱胁迫和盐胁迫处理ꎬ将野生型和 PmHDR 转基因
长发育的植株幼苗转移至营养土中继续培养 2 ~ 3 拟南芥种子分别点播在含有不同浓度 D ̄mannitol
周后进行分子鉴定(图 9)ꎬ结果显示被选择的 8 株 和 NaCl 的 MS 固体培养基上培养 10 dꎬ观察并记
转基因拟南芥中有 6 株检测结果为阳性ꎬ因此采 录各个培养基中拟南芥的生长发育情况(图 10)ꎮ