Page 22 - 《广西植物》2024年第2期
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图 ５ ＰｍＨＤＲ 编码蛋白二级结构预测
Ｆｉｇ. ５ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｎｃｏｄｅｄ ｂｙ ＰｍＨＤＲ
应系数ꎬＦＯＰ 为最优密码子和其同义密码子的比
值ꎬ二者值介于 ０ ~ １ꎬ其值越高ꎬ表示密码子偏好
性越强ꎬ基因表达水平越高ꎮ ＰｍＨＤＲ 基因的 ＣＡＩ
为 ０.２１５ꎬＦＯＰ 为 ０.３６３ꎬ均更趋近于 ０ꎬ进一步说明
ＰｍＨＤＲ 基因对密码子的选择偏好性弱ꎬ表达水平
较低ꎮ 此外ꎬ使用 ＥＭＢＯＳＳ 中的 ＣＵＳＰ 在线软件计
算总 ＧＣ 含量和 ＧＣ３ｓꎬ结果显示 ＰｍＨＤＲ 编码氨基
酸时密码子 ＧＣ 含量和 ＧＣ３ｓ 值分别为 ３９.９２％和
３４.７７％ꎬ说明密码子偏好以 Ａ / Ｕ 结尾ꎮ
２.３.２ 相对同义密码子使用度分析 在 ＰｍＨＤＲ 基
因选择的密码子中ꎬ有 ２８ 个密码子的 ＲＳＣＵ 值大
于 １.０ꎬ为 ＰｍＨＤＲ 偏好密码子( 表 ２)ꎬＣＣＡ、ＡＧＡ、
ＧＧＡ、ＡＣＵ 和 ＣＵＵ ５ 个密码子 ＲＳＣＵ 值大于 ２.０ꎬ
偏好性较强ꎬ其中编码精氨酸( Ａｒｇ) 的 ＡＧＡ 密码
图 ６ ＰｍＨＤＲ 编码蛋白三级结构预测 子 ＲＳＣＵ 值 为 ２. ７０ꎬ 偏 好 性 极 强ꎮ 编 码 脯 氨 酸
Ｆｉｇ. ６ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｅｒｔｉａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ (Ｐｒｏ)的 ＣＣＣ、ＣＣＧ 和编码 Ａｒｇ 的 ＣＧＧ 密码子的
ｅｎｃｏｄｅｄ ｂｙ ＰｍＨＤＲ ＲＳＣＵ 值为 ０ꎬ说明它们可能不参与 ＰｍＨＤＲ 基因
的翻译过程ꎮ ＰｍＨＤＲ 基因偏好密码子中绝大多
０.４６８、０. ２７２、０. １５５、４７. ７７、０. ２１５、０. ３６３ꎮ 其 中ꎬ 数 Ｇ / Ｃ 结尾的密码子 ＲＳＣＵ 值较低ꎬ也进一步表
ＥＮＣ 常用于分析基因的密码子使用偏好ꎬ其值范 明 ＰｍＨＤＲ 基因的密码子偏好以 Ａ / Ｕ 结尾ꎬ表达
围为 ２０ ~ ６１ꎬＥＮＣ 值越小表示基因密码子偏好性 水平较低ꎮ
越强ꎬ一般认为 ＥＮＣ 值小于 ３５ 表示基因密码子使 ２.３.３ ＰｍＨＤＲ 外源宿主的选择 将 ＰｍＨＤＲ 基因
用偏好性显著( Ｍｅｎｓａｈ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９)ꎮ ＰｍＨＤＲ 基 的密码子使用频率分别与拟南芥、烟草、酿酒酵母
因的 ＥＮＣ 值为 ４７.７７ꎬ说明 ＰｍＨＤＲ 基因的密码子 和大肠杆菌等模式物种的基因组进行比较分析
选择偏好性较弱ꎮ ＣＡＩ 为编码该蛋白的所有密码 (表 ３)ꎬ将比值大于等于 ２.０ 和小于等于 ０.５ 作为
子相对于这条基因都使用最优密码子情况下的适 筛选密码子偏好性差异较大的标准ꎬ 以此统计差
