Page 20 - 《广西植物》2024年第2期
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２ ２ ２ 广 西 植 物 ４４ 卷
Ａ. ＰｍＨＤＲ 编码蛋白的氨基酸组成ꎻ Ｂ. ＰｍＨＤＲ 编码蛋白的亲疏水性预测ꎮ
Ａ. Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｎｃｏｄｅｄ ｂｙ ＰｍＨＤＲꎻ Ｂ. Ｈｙｄｒｏｐｈｉｌｉｃｉｔｙ ａｎｄ ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｎｃｏｄｅｄ ｂｙ ＰｍＨＤＲ.
图 ３ ＰｍＨＤＲ 编码蛋白的理化性质分析
Ｆｉｇ. ３ Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎｓ ｏｆ ｐｒｏｔｅｉｎ ｅｎｃｏｄｅｄ ｂｙ ＰｍＨＤＲ
肪系数为 ８０.９９ꎬ总平均亲水性为－ ０.４４７ꎬ说明该 个磷酸化位点ꎬ包括 ２３ 个丝氨酸( Ｓ)、２０ 个苏氨
蛋白 是 亲 水 性 蛋 白 ( 图 ３: Ｂ)ꎻ 不 稳 定 系 数 为 酸(Ｔ)、４ 个酪氨酸(Ｙ)(图 ４:Ｄ)ꎮ
２８.９８ꎬ说明该蛋白为稳定蛋白ꎮ 分别使用 ＹｉｎＯＹａｎｇ １.２ 和 ＮｅｔＮＧｌｙｃ １.０ Ｓｅｒｖｅｒ
２.２.２ 保守结构域的预测与分析 ＰｍＨＤＲ 的氨基 在线软件进行 Ｏ￣糖基化和 Ｎ￣糖基化进行预测分析ꎬ
酸序列保守结构域预测结果显示ꎬＰｍＨＤＲ 编码蛋 结果显示 ＰｍＨＤＲ 编码蛋白中共有 ３ 个 Ｎ￣糖基化位
白 在 第 ６０ 至 第 ４８３ 个 氨 基 酸 残 基 处 具 有 点ꎬ分别为第 １２９ 个、第 １７２ 个、第 ３９７ 个氨基酸(图
ＰＬＮ０２８２１ 多功能结构域ꎬ该结构域属于 ＬｙｔＢ / ＩｓｐＨ ４:Ｅ)ꎻ共有 ４ 个 Ｏ￣糖基化位点ꎬ分别为第 ４(Ｓ) 个、
基因超家族(Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ:ｃｌ１９１２３)ꎬ该家族成员可将 ３４(Ｓ)个、５８(Ｔ)个、２３６(Ｓ)个氨基酸(图 ４:Ｆ)ꎮ
１￣羟基￣２￣甲基￣２￣( Ｅ)￣丁烯基￣４￣焦磷酸( ＨＭＢＰＰ) ２.２.６ 蛋白二级结构分析 ＰｍＨＤＲ 编码蛋白的二
转化 为 异 戊 烯 焦 磷 酸 ( ＩＰＰ ) 和 二 甲 烯 焦 磷 酸 级结构预测结果显示:该蛋白中含有 α 螺旋 ２１１
(ＤＭＡＰＰ)ꎬ由此可预测 ＰｍＨＤＲ 编码蛋白具有还 个ꎬ占比 ４３. ５１％ꎻ含 有 无 规 则 卷 曲 １６４ 个ꎬ 占 比
原 ＨＭＢＰＰ 的功能(图 ４:Ａ)ꎮ ３３.８１％ꎻ含有延伸链 ７８ 个ꎬ占比 １６.０８％ꎻ含有 β
２.２.３ 亚细胞定位预测 使用在线软件 Ｃｅｌｌ￣ＰＬｏｃ 转角 ３２ 个ꎬ占比 ６.６０％(图 ５)ꎮ
２.０ 和 ＩｎｃＬｏｃａｔｏｒ 对 ＰｍＨＤＲ 的亚细胞定位进行预 ２.２.７ 蛋白三级结构预测 采用同源建模法进行
测ꎬ结果均显示 ＰｍＨＤＲ 编码蛋白位于叶绿体中的 ＰｍＨＤＲ 编 码 蛋 白 的 三 级 结 构 预 测ꎬ 结 果 显 示
可靠性较高ꎮ ＰｍＨＤＲ 编码蛋白与同源模板 ｃ３ｄｎｆＢ [１￣羟基￣２￣甲
２.２.４ 蛋白质跨膜结构及信号肽分析 利用在线 基￣２￣(Ｅ)￣丁烯基￣４￣焦磷酸还原酶] 的序列相似度
软件 ＴＭＨＭＭ Ｓｅｒｖｅｒ ｖ.２.０ 对 ＰｍＨＤＲ 编码蛋白的 为 ３３％ꎬ置信度为 １００％(图 ６)ꎮ
跨膜结构及跨膜方向进行预测分析ꎬ结果显示该 ２.２.８ 系统进化树的构建 通过邻接法( ｎｅｉｇｈｂｏｒ￣
蛋白不存在跨膜结构ꎬ全部位于膜外(图 ４:Ｂ)ꎮ ｊｏｉｎｉｎｇ)将 ＰｍＨＤＲ 氨基酸序列与其他物种进行比
使用在线工具 ＳｉｇｎａｌＰ ５.０ Ｓｅｒｖｅｒ 对 ＰｍＨＤＲ 编 对并构建进化树ꎬＰｍＨＤＲ 与裸子植物聚在一支ꎬ
码蛋白进行信号肽预测分析ꎬ结果显示其不含有 与赤松、火炬松同源性更高(图 ７)ꎮ
信号肽ꎬ表明其为非分泌蛋白(图 ４:Ｃ)ꎮ ２.３ ＰｍＨＤＲ 密码子偏好性分析
２.２.５ 蛋白质磷酸化位点和糖基化位点分析 使 ２.３. １ ＧＣ、 ＧＣ３ｓ、 ＥＮＣ、 ＣＡＩ 和 ＦＯＰ 分 析 使 用
用 ＮｅｔＰｈｏｓ ３.１ Ｓｅｒｖｅｒ 在线软件进行磷酸化位点的 ＣｏｄｏｎＷ １. ４. ２ 对 ＰｍＨＤＲ 的 Ａ３ｓ、 Ｕ３ｓ、 Ｃ３ｓ、 Ｇ３ｓ、
预测分析ꎬ结果显示 ＰｍＨＤＲ 编码蛋白中共有 ４７ ＥＮＣ、ＣＡＩ、ＦＯＰ 等参数进行分析ꎬ结果分别为０.４００、
