Page 118 - 《广西植物》2025年第12期
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２ ２ ６ ０ 广 西 植 物 ４５ 卷
表 ２ 棱枝槲寄生叶绿体基因组注释信息
Ｔａｂｌｅ ２ Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ Ｖｉｓｃｕｍ ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ
基因类群 基因名称
Ｇｅｎｅ ｇｒｏｕｐ Ｇｅｎｅ ｎａｍｅ
光系统 Ｉ ｐｓａＡꎬ ｐｓａＢꎬ ｐｓａＣꎬ ｐｓａＩꎬ ｐｓａＪ
Ｐｈｏｔｏｓｙｓｔｅｍ Ｉ
光系统Ⅱ ｐｓｂＡꎬ ｐｓｂＢꎬ ｐｓｂＣꎬ ｐｓｂＤꎬ ｐｓｂＥꎬ ｐｓｂＦꎬ ｐｓｂＨꎬ ｐｓｂＩꎬ ｐｓｂＪꎬ ｐｓｂＫꎬ ｐｓｂＭꎬ ｐｓｂＮꎬ ｐｓｂＴꎬ ｐｓｂＺ
Ｐｈｏｔｏｓｙｓｔｅｍ Ⅱ
细胞色素复合物 ｂ / ｆ 亚基 ｐｅｔＡꎬ ｐｅｔＢ∗ꎬ ｐｅｔＤ∗ꎬ ｐｅｔＧꎬ ｐｅｔＬꎬ ｐｅｔＮ
Ｓｕｂｕｎｉｔｓ ｏｆ ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｂ / ｆ ｃｏｍｐｌｅｘ
ＡＴＰ 合成酶亚基 ａｔｐＡꎬ ａｔｐＢꎬ ａｔｐＥꎬ ａｔｐＦ∗ꎬ ａｔｐＨꎬ ａｔｐＩ
Ｓｕｂｕｎｉｔｓ ｏｆ ＡＴＰ ｓｙｎｔｈａｓｅ
二磷酸核酮糖羧化酶大亚基 ｒｂｃＬ
Ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ｏｆ ＲｕｂｉｓＣＯ
转运 ＲＮＡ ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ∗ ( × ２)ꎬ ｔｒｎＣ￣ＧＣＡꎬ ｔｒｎＤ￣ＧＵＣꎬ ｔｒｎＥ￣ＵＵＣꎬ ｔｒｎＦ￣ＧＡＡꎬ ｔｒｎＧ￣ＧＣＣꎬ ｔｒｎＨ￣ＧＵＧꎬ
Ｔｒａｎｓｆｅｒ ＲＮＡｓ ｔｒｎＩ￣ＣＡＵ( ×２)ꎬ ｔｒｎＩ￣ＧＡＵ∗( ×２)ꎬ ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ∗ꎬ ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ( × ２)ꎬ ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ∗ꎬ ｔｒｎＬ￣ＵＡＧꎬ
ｔｒｎＭ￣ＣＡＵꎬ ｔｒｎＮ￣ＧＵＵ( ×２)ꎬ ｔｒｎＰ￣ＵＧＧꎬ ｔｒｎＲ￣ＡＣＧ( ×２)ꎬ ｔｒｎＲ￣ＵＣＵꎬ ｔｒｎＳ￣ＧＣＵꎬ ｔｒｎＳ￣ＧＧＡꎬ
ｔｒｎＳ￣ＵＧＡꎬ ｔｒｎＴ￣ＧＧＵꎬ ｔｒｎＴ￣ＵＧＵꎬ ｔｒｎＶ￣ＧＡＣ( ×２)ꎬ ｔｒｎＷ￣ＣＣＡꎬ ｔｒｎＹ￣ＧＵＡꎬ ｔｒｎｆＭ￣ＣＡＵ
核糖体蛋白大亚基 ｒｐｌ１４ꎬ ｒｐｌ１６∗ꎬ ｒｐｌ２∗( ×２)ꎬ ｒｐｌ２０ꎬ ｒｐｌ２２( ×２)ꎬ ｒｐｌ２３( ×２)ꎬ ｒｐｌ３６
Ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ｏｆ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ
核糖体蛋白小亚基 ｒｐｓ１１ꎬ ｒｐｓ１２∗∗( ×２)ꎬ ｒｐｓ１４ꎬ ｒｐｓ１５ꎬ ｒｐｓ１６∗ꎬ ｒｐｓ１８ꎬ ｒｐｓ１９( ×２)ꎬ ｒｐｓ２ꎬ ｒｐｓ３ꎬ ｒｐｓ４ꎬ
Ｓｍａｌｌ ｓｕｂｕｎｉｔ ｏｆ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ ｒｐｓ７( ×２)ꎬ ｒｐｓ８
ＲＮＡ 聚合酶 ｒｐｏＡꎬ ｒｐｏＢꎬ ｒｐｏＣ１∗ꎬ ｒｐｏＣ２
ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ
核糖体 ＲＮＡ ｒｒｎ１６Ｓ( ×２)ꎬ ｒｒｎ２３Ｓ( ×２)ꎬ ｒｒｎ４.５Ｓ( ×２)ꎬ ｒｒｎ５Ｓ( ×２)
Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡｓ
蛋白酶 ｃｌｐＰ∗∗
Ｐｒｏｔｅａｓｅ
包膜蛋白 ｃｅｍＡ
Ｅｎｖｅｌｏｐｅ ｐｒｏｔｅｉｎ
乙酰辅酶 Ａ 羧化酶 ａｃｃＤ
Ａｃｅｔｙｌ￣ＣｏＡ ｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ
保守的假定叶绿体开放阅读框 ｙｃｆ１∗ꎬ ｙｃｆ２( ×２)ꎬ ｙｃｆ３∗∗ꎬ ｙｃｆ４
Ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｏｐｅｎ
ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅ
注: ∗表示基因含有 １ 个内含子ꎻ ∗∗表示基因含有 ２ 个内含子ꎻ ＃表示假基因ꎻ ×２ 表示拷贝数为 ２ꎮ
Ｎｏｔｅ: ∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｏｎｅ ｉｎｔｒｏｎꎻ ∗∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｗｏ ｉｎｔｒｏｎｓꎻ ＃ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｐｓｅｕｄｏｇｅｎｅꎻ ×２ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈｅ
ｃｏｐｙ ｎｕｍｂｅｒ ｉｓ ｔｗｏ.
(图 ４)ꎬ在非编码区有不同程度的变异ꎮ 其中ꎬ变 ２.４ 密码子偏好性分析
异程度最高的区域为 ＬＳＣ 区ꎻ在 ＩＲ 区变异程度最 ２.４.１ 密码子组成成分分析 由表 ５ 可知ꎬ５ 种槲寄
低ꎬ具有较高的保守性ꎮ 叶绿体基因组中在 ｙｃｆ１、 生属植物密码子 ３ 个位点的 ＧＣ 、ＧＣ 、ＧＣ 和 ＧＣ
１ ２ ３ ａｌｌ
ｙｃｆ２、ｙｃｆ３、ａｔｐＡ、ｒｐｏＣ２、ｒｐｏＣ１ 等基因编码区存在显 含量 范 围 分 别 为 ４５. ２３％ ~ ４６. ６８％、 ３７. ０４％ ~
著差 异ꎻ ａｔｐＡ － ｐｓｂＡ、 ａｔｐＥ － ｙｃｆ３、 ｒｐｓ１８ － ｃｌｐＰ、 ｐｓｂＨ － ３８.３０％、２８.１６％ ~ ３０.５４％和 ３６.８５％ ~ ３８.５１％ꎮ 不
ｒｐｌ２２、 ｔｒｎＶ￣ＧＡＣ － ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ、 ｔｒｎＬ￣ＵＡＧ － ｔｒｎＲ￣ＡＣＧ、 同位置的 ＧＣ 含量存在差异ꎬ均呈现出 ＧＣ >ＧＣ >
１ ２
ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ－ｔｒｎＶ￣ＧＡＣ 等区间存在较大差异ꎮ ＧＣ 的趋势ꎬＧＣ 含量均在 ５０％以下ꎬ说明 ５ 种槲寄
３
通过多重基因组比对法检测(图 ５) 发现ꎬ５ 个 生属植物的叶绿体密码子第 ３ 位偏好于 Ａ 或 Ｔ 结
物种的叶绿体基因组之间有 ２ 个局部共线块ꎬ表明 尾ꎮ 有效密码子数 ( ＥＮＣ) 的取值范围为 ４６. ９５ ~
槲寄生属 ５ 个物种之间的叶绿体基因组整体保守具 ４８.４６ꎬ均大于 ３５ꎬ表明密码子使用偏好性较弱ꎮ
有高度的相似性ꎬ未鉴定到大片段基因重排或倒 ２.４. ２ ＲＳＣＵ 分 析 对 槲 寄 生 属 ５ 个 物 种 进 行
置ꎬＬＳＣ 区的变异程度最高ꎬＩＲ 区的变异程度最低ꎮ ＲＳＣＵ 分析(图 ６)ꎬ 共筛选出 ２９５ 条符合条件的蛋
