Page 113 - 《广西植物》2025年第12期
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Ｇｕｉｈａｉａ Ｄｅｃ. ２０２５ꎬ ４５(１２): ２２５５－２２７０
ＤＯＩ: １０.１１９３１/ ｇｕｉｈａｉａ.ｇｘｚｗ２０２４０９０２６
张煜冰ꎬ 曾晓丽ꎬ 班启明ꎬ 等ꎬ ２０２５. 棱枝槲寄生叶绿体基因组结构特征及系统发育分析 [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４５(１２):
２２５５－２２７０.
ＺＨＡＮＧ ＹＢꎬ ＺＥＮＧ ＸＬꎬ ＢＡＮ ＱＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２５. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ
Ｖｉｓｃｕｍ ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４５(１２): ２２５５－２２７０.
棱枝槲寄生叶绿体基因组结构特征及系统发育分析
张煜冰 ꎬ 曾晓丽 ꎬ 班启明 ꎬ 郑红军 ꎬ 邱建生 １ꎬ５∗
４
３
１
１ꎬ２
( １. 贵州大学 林学院ꎬ 贵阳 ５５００２５ꎻ ２. 贵定县人民政府宝山街道办事处ꎬ 贵州 贵定 ５５１３００ꎻ ３. 望谟县林业局ꎬ
贵州 望谟 ５５２３００ꎻ ４. 毕节市林业局ꎬ 贵州 毕节 ５５１７００ꎻ ５. 贵州省林业科学研究院ꎬ 贵阳 ５５００１１ )
摘 要: 为了阐明棱枝槲寄生(Ｖｉｓｃｕｍ ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ)的叶绿体基因组特征并解析槲寄生属物种的亲缘关系ꎬ
该研究基于 Ｉｌｌｕｍｉｎａ 高通量测序平台完成其叶绿体基因组的测序ꎬ并采用生物信息学分析方法进行组装、注
释与比较基因组分析ꎮ 结果表明:(１) 棱枝槲寄生叶绿体基因组具有典型环状四分体结构ꎬ全长１２６ ３１５
ｂｐꎬ总 ＧＣ 含量为 ３６.４０％ꎬ注释得到 １１１ 个基因ꎬ其中包括 ６９ 个蛋白编码基因、３４ 个 ｔＲＮＡ 基因和 ８ 个 ｒＲＮＡ
基因ꎬ未检测到转录起始因子 ｉｎｆＡꎮ (２)比较基因组分析结果显示ꎬ５ 种槲寄生属物种叶绿体基因组 ＬＳＣ 区
变异率显著高于 ＩＲ 区ꎬ其中 ｙｃｆ１、ｙｃｆ２、ｙｃｆ３、ａｔｐＡ、ｒｐｏＣ２、ｒｐｏＣ１ 等基因的编码区存在特异性变异ꎬ为分子标记
开发提供潜在靶点ꎮ (３)密码子使用偏好性分析表明ꎬ密码子第 ３ 位碱基以 Ａ / Ｕ 结尾为主ꎬ密码子使用模
式主要受到自然选择的影响ꎮ (４)系统发育分析结果表明ꎬ主要分为桑寄生科和檀香科 ２ 个主要分支ꎬ棱枝
槲寄生与枫香槲寄生聚为一支ꎬ亲缘关系最近ꎮ 该研究首次解析了棱枝槲寄生叶绿体基因组特征ꎬ明晰了
槲寄生属系统发育关系ꎬ以及为槲寄生属植物分子鉴定和系统发育相关研究提供理论依据ꎮ
关键词: 棱枝槲寄生ꎬ 槲寄生属ꎬ 叶绿体基因组ꎬ 序列比对ꎬ 密码子偏好性ꎬ 系统发育分析
中图分类号: Ｑ９４３ 文献标识码: Ａ 文章编号: １０００￣３１４２(２０２５)１２￣２２５５￣１６
Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ
ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｖｉｓｃｕｍ ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ
１ １ꎬ２ ３ ４ １ꎬ５∗
ＺＨＡＮＧ Ｙｕｂｉｎｇ ꎬ ＺＥＮＧ Ｘｉａｏｌｉ ꎬ ＢＡＮ Ｑｉｍｉｎｇ ꎬ ＺＨＥＮＧ Ｈｏｎｇｊｕｎ ꎬ ＱＩＵ Ｊｉａｎｓｈｅｎｇ
( １. Ｃｏｌｌｅｇｅ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙꎬ Ｇｕｉｚｈｏｕ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｇｕｉｙａｎｇ ５５００２５ꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ２. Ｂａｏｓｈａｎ Ｓｕｂ￣Ｄｉｓｔｒｉｃｔ Ｏｆｆｉｃｅ ｏｆ Ｇｕｉｄｉｎｇ Ｃｏｕｎｔｙ Ｐｅｏｐｌｅ’ｓ Ｇｏｖｅｒｎｍｅｎｔꎬ
Ｇｕｉｄｉｎｇ ５５１３００ꎬ Ｇｕｉｚｈｏｕꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ３. Ｗａｎｇｍｏ Ｃｏｕｎｔｙ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｂｕｒｅａｕꎬ Ｗａｎｇｍｏ ５５２３００ꎬ Ｇｕｉｚｈｏｕꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ４. Ｂｉｊｉｅ Ｃｉｔｙ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｂｕｒｅａｕꎬ
Ｂｉｊｉｅ ５５１７００ꎬ Ｇｕｉｚｈｏｕꎬ Ｃｈｉｎａꎻ ５. Ｇｕｉｚｈｏｕ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ Ｇｕｉｙａｎｇ ５５００１１ꎬ Ｃｈｉｎａ )
Ａｂｓｔｒａｃｔ: Ｔｏ ｅｌｕｃｉｄａｔｅ ｔｈｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｖｉｓｃｕｍ ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ ａｎｄ ｒｅｓｏｌｖｅ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ
ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｗｉｔｈｉｎ ｔｈｅ Ｖｉｓｃｕｍ ｇｅｎｕｓ. Ｕｔｉｌｉｚｉｎｇ ｔｈｅ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ｈｉｇｈ￣ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｐｌａｔｆｏｒｍꎬ ｗｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ ｉｔｓ
ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎｄ ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ ａｎａｌｙｓｅｓꎬ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ａｓｓｅｍｂｌｙꎬ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃ
收稿日期: ２０２５－０２－２２ 接受日期: ２０２５－０４－０２
基金项目: 贵州省科技计划项目(黔科合服企 [２０２０]４０１０)ꎮ
第一作者: 张煜冰(２０００—)ꎬ硕士研究生ꎬ研究方向为森林保护ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｙｕａｃｅ９２＠ １６３.ｃｏｍꎮ
∗
通信作者: 邱建生ꎬ博士ꎬ研究员ꎬ研究方向为资源昆虫及外来入侵生物防控ꎬ(Ｅ￣ｍａｉｌ)ｑｉｕ１８０３＠ ｑｑ.ｃｏｍꎮ
