Page 114 - 《广西植物》2025年第12期

２ ２ ５ ６ 广 西 植 物 ４５ 卷
ａｎａｌｙｓｉｓ. Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔｓ ｗｅｒｅ ａｓ ｆｏｌｌｏｗｓ: (１) Ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｖ. ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ ｅｘｈｉｂｉｔｅｄ ａ ｔｙｐｉｃａｌ ｃｉｒｃｕｌａｒ
ｑｕａｄｒｉｐａｒｔｉｔｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎬ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｔｏｔａｌ ｌｅｎｇｔｈ ｏｆ １２６ ３１５ ｂｐ ａｎｄ ｔｈｅ ｔｏｔａｌ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ ｏｆ ３６.４０％. Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ １１１ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ
ａｎｎｏｔａｔｅｄꎬ ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ６９ ｐｒｏｔｅｉｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓꎬ ３４ ｔＲＮＡ ｇｅｎｅｓꎬ ａｎｄ ８ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅｓꎬ ｗｉｔｈ ｎｏ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ
ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ ｉｎｆＡ. (２) Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｒａｔｅ ｉｎ ｔｈｅ ＬＳＣ ｒｅｇｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ
ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｗａｓ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ ｈｉｇｈｅｒ ｔｈａｎ ｔｈａｔ ｉｎ ｔｈｅ ＩＲ ｒｅｇｉｏｎ ａｍｏｎｇ ｆｉｖｅ Ｖｉｓｃｕｍ ｓｐｅｃｉｅｓ. Ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ｗｅｒｅ
ｆｏｕｎｄ ｉｎ ｔｈｅ ｃｏｄｉｎｇ ｒｅｇｉｏｎｓ ｏｆ ｇｅｎｅｓ ｓｕｃｈ ａｓ ｙｃｆ１ꎬ ｙｃｆ２ꎬ ｙｃｆ３ꎬ ａｔｐＡꎬ ｒｐｏＣ２ꎬ ａｎｄ ｒｐｏＣ１ꎬ ｐｒｏｖｉｄｉｎｇ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｔａｒｇｅｔｓ ｆｏｒ
ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ. (３) Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｔｈｉｒｄ ｂａｓｅ ｏｆ ｃｏｄｏｎｓ ｐｒｅｄｏｍｉｎａｎｔｌｙ ｅｎｄｅｄ
ｗｉｔｈ Ａ/ Ｕꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｐａｔｔｅｒｎ ｗａｓ ｍａｉｎｌｙ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅｄ ｂｙ ｎａｔｕｒａｌ ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ. (４) Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｒｅｓｕｌｔｓ
ｉｎｄｉｃａｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｗｅｒｅ ｄｉｖｉｄｅｄ ｉｎｔｏ ｔｗｏ ｍａｉｎ ｂｒａｎｃｈｅｓꎬ Ｌｏｒａｎｔｈａｃｅａｅ ａｎｄ Ｓａｎｔａｌａｃｅａｅꎬ ｗｉｔｈ Ｖ. ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ

ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ ｗｉｔｈ Ｖ. ｌｉｑｕｉｄａｍｂａｒｉｃｏｌａꎬ ｉｎｄｉｃａｔｉｎｇ ｔｈｅ ｃｌｏｓｅｓｔ ｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ. Ｔｈｉｓ ｓｔｕｄｙ ｉｓ ｔｈｅ ｆｉｒｓｔ ｔｏ ｅｌｕｃｉｄａｔｅ ｔｈｅ
ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｖ. ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ ａｎｄ ｔｏ ｃｌａｒｉｆｙ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｗｉｔｈｉｎ ｔｈｅ
Ｖｉｓｃｕｍꎬ ｐｒｏｖｉｄｉｎｇ ａ ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｆ Ｖｉｓｃｕｍ ｓｐｅｃｉｅｓ.
Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ: Ｖｉｓｃｕｍ ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａꎬ Ｖｉｓｃｕｍꎬ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅꎬ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔꎬ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓꎬ
ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ

寄生植物是植物中的一类特殊类群ꎬ通过吸 裸子植物在形态、结构和生长环境上存在差异ꎬ但

器从寄主植物中获取水分和养分( Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ 是它们的叶绿体基因组却表现出显著的保守性和
２０１５) ꎬ根据寄生植物是否具有光合作用的能力ꎬ 遗传稳定性ꎮ 然而ꎬ这种保守性在寄生植物中发
被分为全寄生植物和半寄生植物两种ꎬ其中半寄 生了显著偏离ꎬ其寄生生活方式的演化导致光合
生植物既可以从其宿主物种获取营养和水分ꎬ又 作用能力逐步丧失ꎬ叶绿体基因结构和内容会发
能通过进行光合作用生成有机物质ꎬ以满足自身 生一系列的变化ꎬ从而出现基因的重排、蛋白编码
养分需求( Ｂｒａｕｋｍａｎｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０１３) ꎮ 檀香目是半 基因假基因化或缺失的情况( Ｂｕｎｇａｒｄꎬ２００４)ꎮ 槲
寄生植物的典型代表ꎬ现存 ２ ３００ 余种ꎬ占所有已 寄生属植物的叶绿体基因组在进化过程中存在基
知寄生植物的一半( Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０１５) ꎮ 棱枝 因丢失ꎬ进而导致叶绿体基因组缩小( Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ
槲寄生( Ｖｉｓｃｕｍ ｄｉｏｓｐｙｒｏｓｉｃｏｌａ) 为檀香目檀香科槲 ａｌ.ꎬ２０１５)ꎻ松下兰( Ｈｙｐｏｐｉｔｙｓ ｍｏｎｏｔｒｏｐａ) 叶绿体基
寄生属亚灌木ꎬ分布于西藏、云南、贵州、四川、湖 因组缺失了所有编码光合功能的基因及 ＲＮＡ 聚
北、广东、台湾等省区ꎬ主要宿主包括柿树、樟树、 合酶亚基基因ꎬ但保留了大多数核糖体蛋白基因
梨树、油桐或壳斗科等多种植物( 中国科学院中 及 ｉｎｆＡ 和 ｍａｔＫ 基因( Ｇｒｕｚｄｅｖ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０１６)ꎮ 叶绿
国植物志编辑委员会ꎬ１９７８) ꎬ具有一定的药用价 体重复序列是群体遗传学和生物地理学领域重要
值ꎬ如清热、止咳、消炎、强筋骨、降血压、祛风湿 的潜在遗传资源ꎬ包含大量的遗传信息且其序列
等功效ꎬ可用于治疗肺病、腹痛、风湿性关节炎等 变异在物种的进化中发挥重要作用( Ａｓａｆ ｅｔ ａｌ.ꎬ
( 广西壮族自治区中医药研究所ꎬ１９８６) ꎮ 随着高 ２０１７ꎻ胡康等ꎬ２０２４)ꎮ 寄生植物的叶绿体基因组
通量测序技术与分子生物学方法的不断发展ꎬ有 中存在许多变异ꎬ因此近年来有越来越多的学者
学者对寄生植物不同科或属的部分寄生物种的 对檀香目和其他类群中的少量半寄生植物展开研
变异特征或系统发育以及多种桑寄生植物的叶 究(Ａｌ￣Ｊｕｈａｎｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０２２ꎻ蒋明等ꎬ２０２３)ꎮ 密码子
绿体基因组序列展开深入探索( 周建国ꎬ２０１９ꎻ王 是核 酸 和 蛋 白 之 间 遗 传 信 息 传 递 的 重 要 桥 梁

马寅等ꎬ２０２３ꎻＷｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０２３ꎻＹｕｅ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０２３) ꎬ (Ｔａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０２１)ꎬ密码子使用模式对基因的功
然而针对槲寄生属植物叶绿体基因组变化的分 能和表达有一定影响ꎬ密码子偏好性越强ꎬ其表达
子机制的研究还存在一定程度的不足ꎬ并且研究 水平越高(陆奇丰等ꎬ２０２０)ꎮ 杨秀瑶等(２０２３) 对

深度也亟待提高ꎮ 蒲桃属叶绿体基因组的研究表明ꎬ其密码子偏好
叶绿体是植物光合作用的关键细胞器ꎬ通过 性主要受自然选择的影响ꎬ编码区中只有 ｙｃｆ１ 基
生成有机物质并储存能量在光合作用中发挥着至 因有显著变异性ꎮ 因此ꎬ通过研究植物的密码子
关重要的作用( Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ２０１３)ꎮ 尽管被子植物和 偏好性并确定最优密码子可为物种的遗传变异和