Page 152 - 《广西植物》2025年第3期
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5 3 2 广 西 植 物 45 卷
续表 2
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物种名 物种名 物种名
Accession Accession Accession
Species name Species name Species name
number number number
大苞山茶 MG782842 皱叶瘤果茶 MT663343 半宿萼茶 KY406778
C. granthamiana C. rhytidophylla C. szechuanensis
珍珠茶(长瓣短柱茶) MT916932 喙果金花茶 NC_058254 兴义 6 号(大厂茶) NC_056149
C. grijsii ‘Zhenzhucha’ C. rostrata C. tachangensis ‘Xingyi6’
秃房茶 MH394403 茶梅 MH782189 大理茶 JQ975032
C. gymnogyna C. sasanqua C. taliensis
贵州金花茶 KY626040 南山茶 MT317096 四球茶 OK405020
C. huana C. semiserrata C. tetracocca
夏日七心茶 MZ004951 槠叶齐 OL450428 毛籽红山茶 OK181904
Camellia ‘Xiari Qixin’ C. sinensis ‘Chuyeqi’ C. trichosperma
凹脉金花茶 KF156835 茶 KC143082 越南油茶 MN078085
C. impressinervis C. sinensis C. vietnamensis
东兴金花茶 OK135162 茶 MZ153237 威宁短柱油茶 MK820035
C. indochinensis var. C. sinensis C. weiningensis
tunghinensis
山茶 MW602996 安华 MH042531 夏石金花茶 NC_061602
C. japonica C. sinensis ‘Anhua’ C. xiashiensis
落瓣油茶 NC_053915 茶 MH460639 攸县油茶 NC_053622
C. kissii C. sinensis C. yuhsienensis
膜叶茶 KJ806275 白鸡冠 MT773373 五柱滇山茶 KF156838
C. leptophylla C. sinensis ‘Baijiguan’ C. yunnanensis
乐业瘤果茶 OK046127 白叶 1 号 MN086819 红花长柄茶 NC_058253
C. leyeensis C. sinensis ‘Baiye1’ C. zhaiana
离蕊金花茶 NC_061603 半天腰 MW046255 圆籽荷 KY406751
C. liberofilamenta C. sinensis ‘Bantianyao’ Apterosperma oblata
柠檬金花茶 OM238071
C. limonia
包 alignmentFilter(Zhang et al.ꎬ 2023)过滤比对不可 析 32 份样品的种群结构和遗传混合程度ꎬ分别假
靠区段ꎬ删除缺失(gap)超过 90%的位点ꎬ并去掉矩 设样品的分群数( K 值) 为 1 ~ 10 进行聚类ꎬ根据
阵中序列长度低于 100 bp 的序列及矩阵长度低于 CV 误差( cross validation error) 得到最佳 K 值( CV
500 bp 的基因ꎬ最终获得 689 个基因用于后续分析ꎮ 误差最小)ꎮ D 检验:使用 Dsuite 0.4 r42 软件进行
通过 PhyloSuite 1.2.2 软件( Zhang et al.ꎬ 2020) 将 了 ABBA ̄BABA 统计检验(Malinsky et al.ꎬ 2021)ꎮ
689 个核基因进行串联ꎬ计算串联矩阵的长度、变异 该检验利用四个分类单元 P1、P2、P3 和 Oꎬ以 O 为
位点以及碱基组成频率ꎬ并以山茶科四川大头茶 外群ꎬ将 P1 和 P2 作为一对姐妹种ꎬ将 P3 作为与
(Polyspora speciosa)为外类群(Wu et al.ꎬ 2022)构建 P1 或 P2 具 有 潜 在 基 因 流 的 物 种ꎮ 统 计 具 有
系统发育树ꎬ方法和参数设置与上述相同ꎮ ABBA 和 BABA 等位基因模式的位点数量ꎮ D 统
1.3.4 基于核基因的基因流分析 为检验六堡茶 计量来自 计 算 D = ( nABBA - nBABA) / ( nABBA +
群体种与突肋茶核基因组之间是否存在基因流ꎬ nBABA)ꎬ 其 中 nABBA 和 nBABA 分 别 为 具 有
分别开展了 STRUCTURE 分析和 D 检验( ABBA ̄ ABBA 和 BABA 模式的位点总数ꎮ 如果 D≠0ꎬZ-
BABA 统 计 检 验 )ꎮ STRUCTURE 分 析: 利 用 score >3 和 P 值< 0.05ꎬ则存在基因流ꎮ 根据叶绿
PGDSpider 2. 1. 1. 5 软 件 ( Lischer & Excoffierꎬ 体系统树结果推测ꎬ与突肋茶近缘的六堡茶群体
2012)将 32 份六堡茶群体种和突肋茶样品的核基 种样品可能与突肋茶有基因流ꎮ 鉴于此ꎬ我们进
因串联矩阵从 FASTA 格式转换为 VCF 格式ꎮ 通 一步根据核基因系统发育关系选择样品分别作为
过 Admixture 1.3.0 软件(Alexander et al.ꎬ 2009)分 P1、P2、P3、O 进行 D 检验:P1 分别用与六堡茶群

