Page 152 - 《广西植物》2025年第3期
P. 152

5 3 2                                  广  西  植  物                                         45 卷
                                                          续表 2
                                   登录号                             登录号                               登录号
                   物种名                              物种名                             物种名
                                  Accession                       Accession                          Accession
                 Species name                     Species name                    Species name
                                   number                          number                             number
                  大苞山茶            MG782842        皱叶瘤果茶           MT663343         半宿萼茶             KY406778
                C. granthamiana                  C. rhytidophylla                C. szechuanensis
              珍珠茶(长瓣短柱茶)          MT916932        喙果金花茶          NC_058254      兴义 6 号(大厂茶)         NC_056149
              C. grijsii ‘Zhenzhucha’              C. rostrata                C. tachangensis ‘Xingyi6’
                   秃房茶            MH394403          茶梅           MH782189           大理茶              JQ975032
                 C. gymnogyna                     C. sasanqua                      C. taliensis
                  贵州金花茶           KY626040          南山茶           MT317096          四球茶             OK405020
                   C. huana                       C. semiserrata                   C. tetracocca
                  夏日七心茶           MZ004951          槠叶齐           OL450428         毛籽红山茶            OK181904
              Camellia ‘Xiari Qixin’           C. sinensis ‘Chuyeqi’              C. trichosperma
                  凹脉金花茶           KF156835           茶            KC143082         越南油茶             MN078085
                 C. impressinervis                 C. sinensis                    C. vietnamensis
                  东兴金花茶           OK135162           茶            MZ153237        威宁短柱油茶            MK820035
               C. indochinensis var.               C. sinensis                    C. weiningensis
                  tunghinensis
                    山茶            MW602996          安华           MH042531          夏石金花茶            NC_061602
                  C. japonica                  C. sinensis ‘Anhua’                C. xiashiensis
                  落瓣油茶            NC_053915          茶           MH460639          攸县油茶             NC_053622
                   C. kissii                       C. sinensis                    C. yuhsienensis
                   膜叶茶            KJ806275          白鸡冠           MT773373         五柱滇山茶            KF156838
                 C. leptophylla               C. sinensis ‘Baijiguan’             C. yunnanensis
                  乐业瘤果茶           OK046127         白叶 1 号        MN086819          红花长柄茶            NC_058253
                  C. leyeensis                 C. sinensis ‘Baiye1’                C. zhaiana
                  离蕊金花茶           NC_061603         半天腰          MW046255           圆籽荷             KY406751
                C. liberofilamenta            C. sinensis ‘Bantianyao’          Apterosperma oblata
                  柠檬金花茶           OM238071
                  C. limonia



            包 alignmentFilter(Zhang et al.ꎬ 2023)过滤比对不可        析 32 份样品的种群结构和遗传混合程度ꎬ分别假
            靠区段ꎬ删除缺失(gap)超过 90%的位点ꎬ并去掉矩                        设样品的分群数( K 值) 为 1 ~ 10 进行聚类ꎬ根据
            阵中序列长度低于 100 bp 的序列及矩阵长度低于                         CV 误差( cross validation error) 得到最佳 K 值( CV
            500 bp 的基因ꎬ最终获得 689 个基因用于后续分析ꎮ                     误差最小)ꎮ D 检验:使用 Dsuite 0.4 r42 软件进行
            通过 PhyloSuite 1.2.2 软件( Zhang et al.ꎬ 2020) 将      了 ABBA ̄BABA 统计检验(Malinsky et al.ꎬ 2021)ꎮ
            689 个核基因进行串联ꎬ计算串联矩阵的长度、变异                          该检验利用四个分类单元 P1、P2、P3 和 Oꎬ以 O 为
            位点以及碱基组成频率ꎬ并以山茶科四川大头茶                              外群ꎬ将 P1 和 P2 作为一对姐妹种ꎬ将 P3 作为与
            (Polyspora speciosa)为外类群(Wu et al.ꎬ 2022)构建        P1 或 P2 具 有 潜 在 基 因 流 的 物 种ꎮ 统 计 具 有
            系统发育树ꎬ方法和参数设置与上述相同ꎮ                                ABBA 和 BABA 等位基因模式的位点数量ꎮ D 统
            1.3.4 基于核基因的基因流分析  为检验六堡茶                          计量来自 计 算 D = ( nABBA - nBABA) / ( nABBA +
            群体种与突肋茶核基因组之间是否存在基因流ꎬ                              nBABA)ꎬ 其 中 nABBA 和 nBABA 分 别 为 具 有
            分别开展了 STRUCTURE 分析和 D 检验( ABBA ̄                    ABBA 和 BABA 模式的位点总数ꎮ 如果 D≠0ꎬZ-
            BABA 统 计 检 验 )ꎮ STRUCTURE 分 析: 利 用                 score >3 和 P 值< 0.05ꎬ则存在基因流ꎮ 根据叶绿
            PGDSpider 2. 1. 1. 5 软 件 ( Lischer & Excoffierꎬ    体系统树结果推测ꎬ与突肋茶近缘的六堡茶群体
            2012)将 32 份六堡茶群体种和突肋茶样品的核基                         种样品可能与突肋茶有基因流ꎮ 鉴于此ꎬ我们进
            因串联矩阵从 FASTA 格式转换为 VCF 格式ꎮ 通                       一步根据核基因系统发育关系选择样品分别作为
            过 Admixture 1.3.0 软件(Alexander et al.ꎬ 2009)分      P1、P2、P3、O 进行 D 检验:P1 分别用与六堡茶群
   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157