Page 153 - 《广西植物》2025年第3期
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３ 期 姚淑婷等: 六堡茶群体种叶绿体基因组捕获历史与遗传多样性研究 ５ ３ ３
体种近缘的 １２ 份栽培茶样品(简称 ＺＰＣ)、与六堡 围为 １５６ ４３０ ~ １５７ １３１ ｂｐꎬ 序 列 平 均 长 度 为
茶群体种 近 缘 的 其 余 ４ 个 茶 组 植 物 ( 简 称 ＮＯ￣ １５６ ９２８ ｂｐꎬＧＣ 含量均为 ３７.３％ꎮ 六堡茶群体种
ＺＰＣ)ꎬ与茶近缘的六堡茶群体种 １３ 份样品( 简称 的叶绿体基因组结构为典型的环状四分体ꎬ由一
ＬＰ)ꎻＰ２ 则分别用与突肋茶近缘的六堡茶群体种 个大单拷贝区( ｌａｒｇｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙꎬ ＬＳＣ)ꎬ２ 个反向
１４ 份样品(简称 ＬＰ￣ＴＬＣ)ꎬ与茶近缘的六堡茶群体 的重复区( ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔꎬ ＩＲ) 以及一个小单拷贝
种 １３ 份样品(简称 ＬＰ)ꎻＰ３ 分别用突肋茶 ５ 份样 区(ｓｍａｌｌ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙꎬ ＳＳＣ)组成(图 １)ꎮ ＬＳＣ 的长
品(简称 ＴＬＣ) 和与突肋茶近缘的 ２ 个物种( 简称 度为 ８５ ５３１ ~ ８６ ６６９ ｂｐꎬ平均长度为 ８６ ５１３ ｂｐꎻＩＲ
ＮＯ￣ＴＬＣ)ꎻＯ 为外类群ꎬ选择系统发育关系在茶、 的长度为 ２６ ０１８ ~ ２６ ０９０ ｂｐꎬ平均长度为 ２６ ０５１
突肋茶和茶组物种外且相对近缘的包含 ３ 个物种 ｂｐꎻＳＳＣ 的长度为 １８ ２５８ ~ １８ ２９４ ｂｐꎬ平均长度为
的一分支为外类群ꎮ １８ ２７６ ｂｐꎮ ２７ 份六堡茶群体种样品均包含 １３２ 个
１.３.５ 六堡茶群体种样品的叶绿体基因组分歧进 基因ꎬ其中 ８７ 个蛋白质编码基因ꎬ３７ 个 ｔＲＮＡ 基
化时间估算 根据叶绿体基因组构建的六堡茶群 因ꎬ８ 个 ｒＲＮＡ 基因(表 ３)ꎮ
体种系统发育关系ꎬ选择具有系统发育代表性的 ６ ２.２ 矩阵基本信息
份样品ꎬ即分散在不同支系、代表不同来源的两大 叶绿体基因组构成的矩阵比对后序列全长为
类叶绿体基因组序列( 见结果部分)ꎬ将 ６ 份样品 １６２ ７７４ ｂｐꎬ包含 １５２ ６２５ 个保守位点和 ５ ４５７ 个
的叶绿体基因组序列整合到已发表的山茶科分化 变异位点ꎻ变异位点中包含 １ ５７８ 个简约信息位
时间估算所用的叶绿体基因组数据中( Ｙｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ 点ꎮ １３５ 条 序 列 的 碱 基 含 量 平 均 值 分 别 为 Ａ ＝
２０１７)ꎬ共 ７７ 份样品ꎬ比对后矩阵长度为 １５６ ９５４ ３１.１％ꎬＴ ＝ ３１.６％ꎬＣ ＝ １９.０％ꎬＧ ＝ １８.３％ꎬ其中 Ａ＋
ｂｐꎮ 参照 Ｙｕ 等(２０１７) 的方法ꎬ用 ８ 个化石标定 Ｔ(６２.７％)的含量较高ꎮ
点ꎬ 使 用 ＢＥＡＳＴ ２. ６. ６ 软 件 ( Ｂｏｕｃｋａｅｒｔ ｅｔ ａｌ.ꎬ ６８９ 个单拷贝核基因串联矩阵全长为 ８４３ ７７１
２０１４)估算六堡茶群体种叶绿体基因组序列分歧 ｂｐꎬ包含 ７７２ ３９９ 个保守位点和 ７１ ３４５ 个变异位点ꎻ
进化暨关键演化事件发生的时间ꎬ具体设置:先验 变异位点中包含 ３１ ２５１ 个简约信息位点ꎻ７０ 条序列
树采用 ｂｉｒｔｈ￣ｄｅａｔｈ 模型提供物种或基因分化的先 的碱基含量平均值分别为 Ａ ＝ ２７.１％ꎬＴ ＝ ２６.５％ꎬＣ ＝
验信息ꎬ并结合松弛分子钟模型 ｌｏｇｎｏｒｍａｌ( ＵＣＬＮ) ２１.５％ꎬＧ ＝ ２４.９％ꎬ其中 Ａ＋Ｔ(５３.６％)的含量略高ꎮ
ｒｅｌａｘｅｄ ｃｌｏｃｋ 处理进化速率的变异ꎬ运行 ５ 亿代ꎬ每 ２.３ 系统发育关系和种间杂交
５ 万代取样一次ꎻ使用 Ｔｒａｃｅｒ １.７.２ 软件( Ｒａｍｂａｕｔ 叶绿体基因组最大似然树(图 ２)显示ꎬ２７ 份六
ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８) 检查收敛情况ꎬ以确保有效采样值 堡茶群体种可分为系统发育关系较远的 ２ 大组ꎮ 其
(ＥＳＳ)均大于 １００ꎻ使用 ＴｒｅｅＡｎｎｏｔａｔｏｒ ２.６.６ 软件 中ꎬ一组包含 １３ 份六堡茶群体种样品ꎬ它们分散嵌
(Ｂｏｕｃｋａｅｒｔ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４)舍弃掉初始的 ２０％样本ꎬ 入到主要由茶(Ｃ. ｓｉｎｅｎｓｉｓ) 组成的一支内部( ＢＳ ＝
利用剩余 ８０％ 生成最大可信度时间树( ｍａｘｉｍｕｍ １００％)ꎬ该分支还嵌入几个山茶属其他物种ꎻ另一
ｃｒｅｄｉｂｉｌｉｔｙ ｃｈｒｏｎｏｇｒａｍꎬ ＭＣＣ)ꎻ用 ＦｉｇＴｒｅｅ １. ３. １ 软 组包括了剩余的 １４ 份六堡茶群体种样品ꎬ它们自成
件(Ｒａｍｂａｕｔꎬ ２０１０)对时间树进行展示和美化ꎮ 单系 ( ＢＳ ＝ ９５％)ꎬ 与 突 肋 茶 ( Ｃ. ｃｏｓｔａｔａ) 最 近 缘
１.３.６ 遗 传 多 样 性 分 析 利 用 ＤｎａＳＰ ５. １０ 软 件 (ＢＳ ＝ ９８％)ꎬ并且嵌入突肋茶内部与其中一支突肋
(Ｌｉｂｒａｄｏ ＆ Ｒｏｚａｓꎬ ２００９) 对六堡茶群体种的叶绿 茶互为姐妹( ＢＳ ＝ ５１％)ꎮ 叶绿体基因组系统树表
体基因组序列矩阵和串联核基因序列矩阵进行遗 明ꎬ２７ 份六堡茶群体种的母本至少包括两种来源ꎬ
传多样性分析:分别计算单倍型数目、单倍型多样 其中一组来自茶ꎬ另一组来自突肋茶ꎮ
性、核苷酸多样性、平均核苷酸差异、单倍型多样 基于核基因串联矩阵构建的最大似然树( 图
性标准差以及单倍型多样性方差ꎮ ３)显示ꎬ２７ 份六堡茶群体种与栽培茶及其他几个
山茶属物种构成一个多歧( ｐｏｌｙｔｏｍｙ) 分支( ＢＳ ＝
２ 结果与分析 ６８％)ꎬ该分支与突肋茶系统发育关系较远ꎮ 由此
表明ꎬ部分六堡茶群体种样品在叶绿体基因组树
２.１ 叶绿体基因组的基本结构 上与突肋茶最近缘最可能是因为杂交ꎬ部分六堡
２７ 份六堡茶群体种的叶绿体基因组总长度范 茶群体种的祖先捕获了突肋茶的叶绿体基因组ꎮ
