Page 93 - 《广西植物》2025年第3期

３ 期 陈丽琼等: 维管植物质体基因组多样性及其获取与应用研究进展 ４ ７ ３

图 ４ 寄生植物质体基因组退化模式
Ｆｉｇ. ４ Ａ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｐｌａｓｔｏｍｅ ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ ｉｎ ｐａｒａｓｉｔｉｃ ｐｌａｎｔｓ

ａｌ.ꎬ ２０１７ꎻ Ｗｉｃｋｅ ＆ Ｎａｕｍａｎｎꎬ ２０１８ꎻ Ｂａｒｒｅｔｔ ｅｔ ａｌ.ꎬ 物ꎮ 比如ꎬ一个基因注释为假基因还是基因丢失
２０１９)(图 ４)ꎮ 从自养生活到异养生活型转变时ꎬ 标准的偏差将导致不同的注释ꎬ假基因化是个体
ＮＡＤ(Ｐ)Ｈ 复合物( ｎｄｈ) 基因最先开始丢失ꎻ从半 水平突变造成还是种水平共有的特征ꎮ 因此ꎬ为
异养到 全 异 养 过 渡 时ꎬ 个 别 光 合 作 用 相 关 基 因 了获得更为精细的质体基因组演化模式ꎬ需要沿
(ｐｓａ、ｐｓｂ、ｐｅｔ、ｙｃｆ３ / ｙｃｆ４、ｃｅｍＡ 和 ｃｃｓＡ)、质体编码的 着从自养生活型到全寄生生活型梯度、统一注释
聚合酶基因(ｒｐｏ)和 ＡＴＰ 合酶复合体( ａｔｐ) 开始出 的原则、规范注释的流程ꎬ并结合跨谱系类群、高
现假基因化和丢失ꎻ全异养阶段ꎬ光合作用相关基 取样密度和大数据进行探索ꎮ
因进一步丢失ꎬ与光合作用无关的基因核心非生
物能基因( ａｃｃＤ、ｃｌｐＰ 和 ｙｃｆ１ / ｙｃｆ２) 和 ｔｒｎＥ￣ＵＵＣ 也 ２ 质体基因组的获取
陆续假基因化和丢失ꎬ最终质体基因完全丢失( 图
４)ꎮ 然而ꎬ异养习性是独立演化的性状ꎬ取样偏 ２.１ 文库制备和测序
差、缺失关键过渡类群和注释标准的不统一等问 随着测序技术的快速革新ꎬ质体基因组测序
题导致尚未有一个演化模型能适用所有异养植 技术日臻成熟ꎮ Ｓｈｉｎｏｚａｋｉ 等(１９８６) 利用限制性内