Page 96 - 《广西植物》2025年第3期

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图 ５ 测序文库制备和系统发育树构建 (包括一些常用软件)

Ｆｉｇ. ５ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｌｉｂｒａｒｙ ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ
(ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ ｓｏｍｅ ｃｏｍｍｏｎｌｙ ｕｓｅｄ ｓｏｆｔｗａｒｅｓ)

３ 基于叶绿体基因组的系 统 发 育 １９９８ꎻ ＡＰＧ Ⅱꎬ ２００３ꎻ ＡＰＧ Ⅲꎬ ２００９ꎻ ＡＰＧ Ⅳꎬ
２０１６)以及各科的线性排列(Ｈａｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９)ꎬ
分析与超级条形码
石松类与蕨类植物系统发育组系统( ｐｔｅｒｉｄｏｐｈｙｔｅ
ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｇｒｏｕｐꎬ简 称 ＰＰＧ) ( ＰＰＧꎬ ２０１６)ꎮ 随 着
３.１ 系统发育分析———从质体基因片段到质体基 分子系统学研究尺度的深入ꎬ基因树不一致现象
因组 越发 普 遍 ( Ｇｏｒｅｍｙｋｉｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４ꎻ Ｇｕｏ ＆ Ｇｅꎬ
系统发育分析既可用于重建物种演化关系和 ２００５ꎻ Ｑｉｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００６)ꎬ表明仅靠少数几个基因
历史ꎬ也可用于生物分类物种鉴定ꎬ澄清物种之间 片段所构建的基因树ꎬ只是反映基因水平的演化
的遗传关系ꎮ 质体基因为单拷贝基因ꎬ因中等的 历史ꎬ不能完全等同于物种的演化历史ꎬ需要将更
演化速率、单亲遗传、易获取而使其在植物分子系 多的系统发育信号“嵌入” 到物种历史的重建之中

统学研究中备受青睐( Ｇｉｔｚｅｎｄａｎｎｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８ａꎬ (Ｈｅｌｅｄ ＆ Ｄｒｕｍｍｏｎｄꎬ ２００９ꎻ 张 韵 洁 和 李 德 铢ꎬ
ｂꎻ Ｄａｎｉｅｌｌ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１)ꎮ 早期的植物系统发育分 ２０１１)ꎮ Ｅｉｓｅｎ 和 Ｆｒａｓｅｒ(２００３) 正式提出了系统发
析主要利用单个或少数几个质体基因片段进行构 育基因组学(ｐｈｙｌｏｇｅｎｏｍｉｃｓ)的概念ꎬ标志进入系统
建ꎬ如 ｒｂｃＬ、ｍａｔＫ、ａｔｐＢ 和 ｎｄｈＦ 等ꎮ 这些基因片段 发育基因组学时代ꎮ 目前ꎬ质体基因组在植物科
的应用极大地推动了植物系统发育研究的发展ꎬ 级水平的系统发育研究和解决系统发育支系内的
进而出现基于大尺度的分子系统发育框架的目、 演化关系方面作出了重要贡献( Ｗｈｉｔｆｅｌｄꎬ １９４５ꎻ
科 分 类 阶 元 的 被 子 植 物 系 统 发 育 组 系 统 ＡＰＧ ＩＶꎬ ２０１６ꎻ Ｄａｎｉｅｌｌ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６ꎻ Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ
(ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｇｒｏｕｐꎬ 简称 ＡＰＧ) (ＡＰＧ Ｉꎬ ２０１９ꎻ Ｌｉ ＨＴ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１)ꎮ 例如ꎬＸｉ 等(２０１２) 利