Page 99 - 《广西植物》2025年第3期
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３ 期 陈丽琼等: 维管植物质体基因组多样性及其获取与应用研究进展 ４ ７ ９
ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｏｒｄｅｒｓ ａｎｄ ｆａｍｉｌｉｅｓ ｏｆ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ｐｌａｎｔｓ: ＣＡＩ Ｌꎬ ＡＲＮＯＬＤ ＢＪꎬ ＸＩ Ｚꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１. Ｄｅｅｐｌｙ ａｌｔｅｒｅｄ
ＡＰＧ Ⅱ [ Ｊ]. Ｂｏｔａｎｉｃａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｌｉｎｎｅａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙꎬ ｇｅｎｏｍｅ ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ ｉｎ ｔｈｅ ｅｎｄｏｐａｒａｓｉｔｉｃ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ｐｌａｎｔ
１４１(４): ３９９－４３６. Ｓａｐｒｉａ ｈｉｍａｌａｙａｎａ Ｇｒｉｆｆ. ( Ｒａｆｆｌｅｓｉａｃｅａｅ ) [ Ｊ ]. Ｃｕｒｒｅｎｔ
ＡＰＧ Ⅲꎬ ２００９. Ａｎ ｕｐｄａｔｅ ｏｆ ｔｈｅ Ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ Ｇｒｏｕｐ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ ３１(５): １００２－１０１１.
ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｏｒｄｅｒｓ ａｎｄ ｆａｍｉｌｉｅｓ ｏｆ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ｐｌａｎｔｓ: ＣＡＲＶＡＬＨＯ ＣＭＢꎬ ＬＵＰＳＫＩ ＪＲꎬ ２０１６. Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｕｎｄｅｒｌｙｉｎｇ
ＡＰＧ Ⅲ [ Ｊ]. Ｂｏｔａｎｉｃａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｌｉｎｎｅａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙꎬ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｖａｒｉａｎｔ ｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｉｎ ｇｅｎｏｍｉｃ ｄｉｓｏｒｄｅｒｓ [Ｊ]. Ｎａｔｕｒｅ
１６１(２): １０５－１２１. Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｇｅｎｅｔｉｃｓꎬ １７(４): ２２４－２３８.
ＡＰＧ ＩＶꎬ ２０１６. Ａｎ ｕｐｄａｔｅ ｏｆ ｔｈｅ Ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ Ｇｒｏｕｐ ＣＢＯＬ Ｐｌａｎｔ Ｗｏｒｋｉｎｇ Ｇｒｏｕｐꎬ ２００９. Ａ ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｅ ｆｏｒ ｌａｎｄ
ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｔｈｅ ｏｒｄｅｒｓ ａｎｄ ｆａｍｉｌｉｅｓ ｏｆ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ｐｌａｎｔｓ: ｐｌａｎｔｓ [Ｊ]. Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ
ＡＰＧ ＩＶ [ Ｊ]. Ｂｏｔａｎｉｃａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｌｉｎｎｅａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙꎬ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａꎬ １０６: １２７９４－１２７９７.
１８１(１): １－２０. ＣＨＡＣ ＬＤꎬ ＴＨＩＮＨ ＢＢꎬ ２０２３. Ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｔｈｒｏｕｇｈ
' ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ ａｎｄ ｉｔｓ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ: Ａ ｒｅｖｉｅｗ [Ｊ]. Ｂｉｏｌｏｇｙ
ＢＡＮＥＲＪＥＥ Ａꎬ ＳＣＨＮＥＩＤＥＲ ＡＣꎬ ＳＴＥＦＡＮＯＶＩＣ Ｓꎬ ２０２２.
Ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｔｈｅ ｈｅｍｉｐａｒａｓｉｔｉｃ ｇｅｎｕｓ Ｋｒａｍｅｒｉａ Ｂｕｌｌｅｔｉｎꎬ ５０(６): １１４３－１１５６.
ＣＨＥＮ ＬＱꎬ ＬＩ Ｘꎬ ＹＡＯ Ｘꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ ａｎｄ
(Ｚｙｇｏｐｈｙｌｌａｌｅｓ) ａｒｅ ｉｎｔａｃｔ ａｎｄ ｅｘｈｉｂｉｔ ｌｉｔｔｌｅ ｒｅｌａｘａｔｉｏｎ ｉｎ
ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｐｌａｓｔｏｍｅ ａｒｅ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ
ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ [ Ｊ ]. Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅｓꎬ
ｐａｒａｓｉｔｉｓｍ ｉｎ Ｃｏｎｖｏｌｖｕｌａｃｅａｅ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ
１８３(５): ３９３－４０３.
１１４(３): ４０.
'
ＢＡＮＥＲＪＥＥ Ａꎬ ＳＴＥＦＡＮＯＶＩＣ Ｓꎬ ２０２３. Ａ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｓｔｕｄｙ
ＣＨＥＮ ＳＬꎬ ＹＡＯ Ｈꎬ ＨＡＮ ＪＰꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０. Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ
ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ｐａｒａｓｉｔｉｃ ｐｌａｎｔｓ ｏｆ Ｃｕｓｃｕｔａ ｓｕｂｇｅｎｕｓ Ｇｒａｍｍｉｃａ
ＩＴＳ２ ｒｅｇｉｏｎ ａｓ ａ ｎｏｖｅｌ ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｅ ｆｏｒ ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ ｍｅｄｉｃｉｎａｌ
( Ｃｏｎｖｏｌｖｕｌａｃｅａｅ ) ｒｅｖｅａｌｓ ａ ｐｏｓｓｉｂｌｅ ｌｏｓｓ ｏｆ ｔｈｅ ｐｌａｓｔｉｄ
ｐｌａｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ [Ｊ]. ＰＬｏＳ ＯＮＥꎬ ５(１): ｅ８６１３.
ｇｅｎｏｍｅ ｉｎ ｉｔｓ ｓｅｃｔｉｏｎ Ｓｕｂｕｌａｔａｅ [ Ｊ ]. Ｐｌａｎｔａ: Ａｎ
ＣＨＥＮＧ ＨＹꎬ ＪＡＲＶＩＳ ＥＤꎬ ＦＥＤＲＩＧＯ Ｏꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２.
Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ ２５７(４): ６６.
Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ￣ｒｅｓｏｌｖｅｄ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｏｆ ｄｉｐｌｏｉｄ ｇｅｎｏｍｅｓ ｗｉｔｈｏｕｔ
'
ＢＡＮＥＲＪＥＥ Ａꎬ ＳＴＥＦＡＮＯＶＩ Ｃ Ｓꎬ ２０２０. Ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇ ｐａｒｅｎｔａｌ ｄａｔａ [ Ｊ ]. Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬ ４０(９):
ｐｌａｓｔｏｍｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｃｒｏｓｓ ｔｈｅ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｂａｃｋｂｏｎｅ ｏｆ ｔｈｅ １３３２－１３３５.
ｐａｒａｓｉｔｉｃ ｐｌａｎｔ ｇｅｎｕｓ Ｃｕｓｃｕｔａ ( Ｃｏｎｖｏｌｖｕｌａｃｅａｅ ) [ Ｊ ]. ＣＯＲＲＩＶＥＡＵ ＪＬꎬ ＣＯＬＥＭＡＮ ＡＷꎬ １９８８. Ｒａｐｉｄ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ
Ｂｏｔａｎｉｃａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ｔｈｅ Ｌｉｎｎｅａｎ Ｓｏｃｉｅｔｙꎬ １９４(４): ｍｅｔｈｏｄ ｔｏ ｄｅｔｅｃｔ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｂｉｐａｒｅｎｔａｌ ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｏｆ ｐｌａｓｔｉｄ
４２３－４３８. ＤＮＡ ａｎｄ ｒｅｓｕｌｔｓ ｆｏｒ ｏｖｅｒ ２００ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｓｐｅｃｉｅｓ [ Ｊ].
ＢＡＲＲＥＴＴ ＣＦꎬ ＦＲＥＵＤＥＮＳＴＥＩＮ ＪＶꎬ ＬＩ Ｊꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４. Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｏｔａｎｙꎬ ７５(１０): １４４３－１４５８.
Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｎｇ ｔｈｅ ｐａｔｈ ｏｆ ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅ ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ ｉｎ ａｎ ＤＡＮＩＥＬＬ Ｈꎬ ＪＩＮ ＳＸꎬ ＺＨＵ ＸＧꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１. Ｇｒｅｅｎ ｇｉａｎｔ — ａ
ｅａｒｌｙ￣ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎａｌ ｃｌａｄｅ ｏｆ ｈｅｔｅｒｏｔｒｏｐｈｉｃ ｏｒｃｈｉｄｓꎬ ａｎｄ ｔｉｎｙ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｗｉｔｈ ｍｉｇｈｔｙ ｐｏｗｅｒ ｔｏ ｐｒｏｄｕｃｅ ｈｉｇｈ￣
ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ｈｅｔｅｒｏｔｒｏｐｈｉｃ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ [ Ｊ]. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｖａｌｕｅ ｐｒｏｔｅｉｎｓ: Ｈｉｓｔｏｒｙ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ [ Ｊ ]. Ｐｌａｎｔ
Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ３１(１２): ３０９５－３１１２. Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｊｏｕｒｎａｌꎬ １９(３): ４３０－４４７.
ＢＡＲＲＥＴＴ ＣＦꎬ ＳＩＮＮ ＢＴꎬ ＫＥＮＮＥＤＹ ＡＨꎬ ２０１９. ＤＡＮＩＥＬＬ Ｈꎬ ＬＩＮ ＣＳꎬ ＹＵ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
Ｕｎｐｒｅｃｅｄｅｎｔｅｄ ｐａｒａｌｌｅｌ ｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｌｏｓｓｅｓ ｉｎ ａ ｇｅｎｏｍｅｓ: ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｇｅｎｅｔｉｃ
ｈｅｔｅｒｏｔｒｏｐｈｉｃ ｏｒｃｈｉｄ ｇｅｎｕｓ [ Ｊ ]. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ [Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ １７(１): １３４.
Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ３６(９): １８８４－１９０１. ＤＥ ＶＲＩＥＳ Ｊꎬ ＳＯＵＳＡ ＦＬꎬ ＢÖＬＴＥＲ Ｂꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５. ＹＣＦ１: Ａ
ＢＡＵＭＡＮ Ｎꎬ ＡＫＥＬＬＡ Ｓꎬ ＨＡＮＮ Ｅꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. Ｎｅｘｔ￣ ｇｒｅｅｎ ＴＩＣ? [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌꎬ ２７(７): １８２７－１８３３.
ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ Ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃｕｓ ｌａｃｕｓｔｒｉｓ ｒｅｖｅａｌｓ ａｎ ＤＩＥＲＣＫＸＳＥＮＳ Ｎꎬ ＭＡＲＤＵＬＹＮ Ｐꎬ ＳＭＩＴＳ Ｇꎬ ２０１７.
ｅｘｔｒｅｍｅｌｙ ｌａｒｇｅ １. ３５￣Ｍｅｇａｂａｓｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ [ Ｊ ]. ＮＯＶＯＰｌａｓｔｙ: Ｄｅ ｎｏｖｏ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｏｆ ｏｒｇａｎｅｌｌｅ ｇｅｎｏｍｅｓ ｆｒｏｍ
Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎｎｏｕｎｃｅｍｅｎｔｓꎬ ６(１２): ｅ００１８１－１８. ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｄａｔａ [ Ｊ ]. Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ
ＢＥＬＬＯＴ Ｓꎬ ＲＥＮＮＥＲ ＳＳꎬ ２０１６. Ｔｈｅ ｐｌａｓｔｏｍｅｓ ｏｆ ｔｗｏ ｓｐｅｃｉｅｓ ４５(４): ｅ１８.
ｉｎ ｔｈｅ ｅｎｄｏｐａｒａｓｉｔｅ ｇｅｎｕｓ Ｐｉｌｏｓｔｙｌｅｓ (Ａｐｏｄａｎｔｈａｃｅａｅ) ｅａｃｈ ＤＯＤＳＷＯＲＴＨ Ｓꎬ ２０１５. Ｇｅｎｏｍｅ ｓｋｉｍｍｉｎｇ ｆｏｒ ｎｅｘｔ￣ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ
ｒｅｔａｉｎ ｊｕｓｔ ｆｉｖｅ ｏｒ ｓｉｘ ｐｏｓｓｉｂｌｙ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅｓ [Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅ ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎａｌｙｓｉｓ [Ｊ]. Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ ２０(９):
Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ８(１): １８９－２０１. ５２５－５２７.
ＢＬＥＩＤＯＲＮ Ｃꎬ ２０１６. Ｔｈｉｒｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ: Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ＤＲＥＳＣＨＥＲ Ａꎬ ＲＵＦ Ｓꎬ ＣＡＬＳＡ ＪＲ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０００. Ｔｈｅ ｔｗｏ
ａｎｄ ｉｔｓ ｐｏｔｅｎｔｉａｌ ｉｍｐａｃｔ ｏｎ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｌａｒｇｅｓｔ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ￣ｅｎｃｏｄｅｄ ｏｐｅｎ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅｓ ｏｆ
[Ｊ]. Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ １４(１): １－８. ｈｉｇｈｅｒ ｐｌａｎｔｓ ａｒｅ ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ｇｅｎｅｓ [ Ｊ]. Ｔｈｅ Ｐｌａｎｔ Ｊｏｕｒｎａｌꎬ
ＢＯＣＫ Ｒꎬ ＫＮＯＯＰ Ｖꎬ ２０１２. Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔｓ ａｎｄ ２２(２): ９７－１０４.
ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ [Ｍ]. Ｄｏｒｄｒｅｃｈｔ: Ｓｐｒｉｎｇｅｒ: １０３－１２０. ＤＵ ＸＹꎬ ＫＵＯ ＬＹꎬ ＺＵＯ ＺＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｖａｒｉａｔｉｏｎ
ＢＯＲＳＣＨ Ｔꎬ ＢＥＲＥＮＤＳＯＨＮ Ｗꎬ ＤＡＬＣＩＮ Ｅꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０. ｏｆ ｐｌａｓｔｏｍｅｓ ｐｒｏｖｉｄｅｓ ｋｅｙ ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ｄｅｅｐ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｏｆ
Ｗｏｒｌｄ Ｆｌｏｒａ Ｏｎｌｉｎｅ: Ｐｌａｃｉｎｇ ｔａｘｏｎｏｍｉｓｔｓ ａｔ ｔｈｅ ｈｅａｒｔ ｏｆ ａ ｆｅｒｎｓ [Ｊ]. Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ １３: ８６２７７２.
ｄｅｆｉｎｉｔｉｖｅ ａｎｄ ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ ｇｌｏｂａｌ ｒｅｓｏｕｒｃｅ ｏｎ ｔｈｅ ｗｏｒｌｄｓ ＥＩＳＥＮ ＪＡꎬ ＦＲＡＳＥＲ ＭＣꎬ ２００３. Ｐｈｙｌｏｇｅｎｏｍｉｃｓ: Ｉｎｔｅｒｓｅｃｔｉｏｎ ｏｆ
ｐｌａｎｔｓ [Ｊ]. Ｔａｘｏｎꎬ ６９(６): １３１１－１３４１. ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｇｅｎｏｍｉｃｓ [ Ｊ ]. Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ ３００(５６２６):
ＢＯＴＴＥ ＣＹꎬ ＭＡＲＥＣＨＡＬ Ｅꎬ ２０１４. Ｐｌａｓｔｉｄｓ ｗｉｔｈ ｏｒ ｗｉｔｈｏｕｔ １７０６－１７０７.
ｇａｌａｃｔｏｇｌｙｃｅｒｏｌｉｐｉｄｓ [Ｊ]. Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ １９(２): ＦＲＥＵＤＥＮＴＨＡＬ ＪＡꎬ ＰＦＡＦＦ Ｓꎬ ＴＥＲＨＯＥＶＥＮ Ｎꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
７１－７８. ２０２０. Ｔｈｅ ｌａｎｄｓｃａｐｅ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｔｏｏｌｓ
