Page 109 - 《广西植物》2025年第7期
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７ 期 才让扎西等: 苦豆子叶绿体基因组密码子偏好性分析及系统发育研究 １ ３ ０ １
表 ２ 苦豆子各氨基酸相对同义密码子 (ＲＳＣＵ)使用统计
Ｔａｂｌｅ ２ Ｒｅｌａｔｉｖｅ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ (ＲＳＣＵ) ｏｆ ｅａｃｈ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｉｎ Ｓｏｐｈｏｒａ ａｌｏｐｅｃｕｒｏｉｄｅｓ
比率 比率
氨基酸 密码子 数目 氨基酸 密码子 数目
ＲＳＣＵ Ｒａｔｉｏ ＲＳＣＵ Ｒａｔｉｏ
Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ Ｃｏｄｏｎ Ｎｕｍｂｅｒ Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ Ｃｏｄｏｎ Ｎｕｍｂｅｒ
(％) (％)
苯丙氨酸 ＵＵＵ ７７９ １.３５ ５.６５ 丙氨酸 ＧＣＵ ５２０ １.８６ ５.５０
Ｐｈｅ ＵＵＣ ３７１ ０.６５ Ａｌａ ＧＣＧ １１４ ０.４１
亮氨酸 ＣＵＵ ４２７ １.２１ １０.３９ ＧＣＣ １６７ ０.６０
Ｌｅｕ ＣＵＧ １２８ ０.３６ ＧＣＡ ３１８ １.１４
ＣＵＣ １２３ ０.３５ 终止密码子 ＵＡＡ ２９ １.７４ ０.２５
ＵＵＧ ４６６ １.３２ ＴＥＲ∗ ＵＡＧ ９ ０.５４
ＵＵＡ ６９６ １.９７ ＵＧＡ １２ ０.７２
ＣＵＡ ２７５ ０.７８ 组氨酸 ＣＡＵ ３７６ １.５５ ２.３９
异亮氨酸 ＡＵＡ ５９０ ０.９６ ９.０６ Ｈｉｓ ＣＡＣ １１０ ０.４５
Ｉｌｅ ＡＵＣ ３５０ ０.５７ 谷氨酰胺 ＣＡＡ ５７６ １.５７ ３.６１
ＡＵＵ ９０５ １.４７ Ｇｌｎ ＣＡＧ １５８ ０.４３
缬氨酸 ＧＵＧ １４１ ０.５２ ５.３１ 天冬酰胺 ＡＡＵ ７８７ １.５７ ４.９４
Ｖａｌ ＧＵＵ ４１３ １.５３ Ａｓｎ ＡＡＣ ２１８ ０.４３
ＧＵＡ ４０１ １.４９ 赖氨酸 ＡＡＡ ８６６ １.５５ ５.５０
ＧＵＣ １２５ ０.４６ Ｌｙｓ ＡＡＧ ２５４ ０.４５
丝氨酸 ＵＣＧ １５０ ０.６０ ７.３６ 天冬氨酸 ＧＡＵ ６７２ １.６４ ４.０４
Ｓｅｒ ＵＣＵ ４２０ １.６８ Ａｓｐ ＧＡＣ １５０ ０.３７
ＡＧＵ ３２５ １.３０ 谷氨酸 ＧＡＧ ２６７ ０.４９ ５.４０
ＡＧＣ ８０ ０.３２ Ｇｌｕ ＧＡＡ ８３２ １.５１
ＵＣＣ ２２１ ０.８９ 半胱氨酸 ＵＧＣ ６０ ０.５０ １.１８
ＵＣＡ ３０２ １.２１ Ｃｙｓ ＵＧＵ １８１ １.５０
脯氨酸 ＣＣＣ １７７ ０.８５ ４.０９ 精氨酸 ＣＧＡ ２７２ １.３７ ５.８４
Ｐｒｏ ＣＣＡ ２４４ １.１７ Ａｒｇ ＡＧＧ １２５ ０.６３
ＣＣＵ ３０３ １.４５ ＣＧＣ ８８ ０.４４
ＣＣＧ １０９ ０.５２ ＣＧＵ ２６８ １.３５
苏氨酸 ＡＣＧ １０３ ０.４０ ５.０１ ＡＧＡ ３３４ １.６９
Ｔｈｒ ＡＣＵ ４１９ １.６４ ＣＧＧ １０１ ０.５１
ＡＣＡ ３２１ １.２６ 甘氨酸 ＧＧＡ ５５１ １.５９ ６.８２
ＡＣＣ １７７ ０.６９ Ｇｌｙ ＧＧＣ １４６ ０.４２
酪氨酸 ＵＡＵ ６２７ １.６６ ３.７０ ＧＧＧ ２２７ ０.６５
Ｔｙｒ ＵＡＣ １２７ ０.３４ ＧＧＵ ４６５ １.３４
甲硫氨酸 ＡＵＧ ４４３ １.００ ２.１８ 色氨酸 ＵＧＧ ３６３ １.００ １.７８
Ｍｅｔ Ｔｒｐ
注: ∗表示终止密码子ꎮ
Ｎｏｔｅ: ∗ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｃｏｄｏｎ.
共筛选出 ７６ 个共有蛋白编码基因ꎬ剔除 Ｋａ / Ｋｓ 值 分析ꎮ 结果( 图 ７) 显示ꎬ仅 ｙｃｆ２ 基因的 Ｋａ / Ｋｓ 值
为 ０ 或 ＮＡ 的基因后进行叶绿体基因组选择压力 大于 １(１.３２)ꎬ非同义突变率高于同义突变率ꎬ表
