Page 111 - 《广西植物》2025年第7期

７ 期 才让扎西等: 苦豆子叶绿体基因组密码子偏好性分析及系统发育研究 １ ３ ０ ３

图 ４ ＥＮＣ 与 ＧＣ３ 关联分析
Ｆｉｇ. ４ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ＥＮＣ ａｎｄ ＧＣ３ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ

表 ３ ＥＮＣ 频数分布 前人研究结果表明ꎬ叶绿体基因组 ＳＳＲ 的数
Ｔａｂｌｅ ３ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ＥＮＣ ｖａｌｕｅ 目和类型具有物种特异性ꎬ已被广泛应用于植物
组中值 频数 遗传多样性(Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００６ꎻ宋芸等ꎬ２０２３)、群
组范围 频率
Ｃｌａｓｓ ｍｉｄ￣ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ
Ｃｌａｓｓ ｒａｎｇｅ Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ 体遗传结构(Ｐｏｗｅｌｌ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９９５)、适应性进化( 邓
ｖａｌｕｅ ｎｕｍｂｅｒ
港等ꎬ２０２２ꎻ李子菲等ꎬ２０２３) 及种质资源评价( 王
－０.０５~ ０.０５ ０ ８ ０.１６
蕾等ꎬ２０１５ꎻ宋芸等ꎬ２０２３) 等诸多研究领域ꎮ 例
０.０５~ ０.１５ ０.１ ３０ ０.６０
如ꎬ宋芸等(２０２３) 通过叶绿体 ＳＳＲ 分子标记研究
０.１５~ ０.２５ ０.２ ９ ０.１８
了 １５ 个不同产地苦参的遗传多样性ꎬ共筛选到 １８
０.２５~ ０.３５ ０.３ ３ ０.０６
套苦 参 中 适 应 性 较 好 的 ｃｐＳＳＲ 引 物ꎻ 邓 港 等
合计 Ｔｏｔａｌ ５０ １
(２０２２)通过对红花龙胆( Ｇｅｎｔｉａｎａ ｒｈｏｄａｎｔｈａ) 叶绿
体基因组特征及其适应性进化分析ꎬ共注释到 １２４
ｔＲＮＡ 基因及 ｒＲＮＡ 基因的数量分别为 ８４ 个、３７ 个基因ꎬＫａ / Ｋｓ 值基本小于 １ꎬ认为其在长期进化
个、８ 个ꎻＤｕａｎ 等(２０１９) 研究结果显示ꎬ苦豆子叶 过程中受到强烈的纯化选择ꎮ 本研究通过对苦豆

绿体基因组编码 １２９ 个基因ꎬ但其蛋白编码基因、 子 ＳＳＲ 位点的搜索和分析ꎬ共检测到单核苷酸、二
ｔＲＮＡ 基因及 ｒＲＮＡ 基因的数量分别为 ８１ 个、３８ 核苷酸和三核苷酸重复类型的 ９４ 个 ＳＳＲ 位点ꎬ主
个、８ 个ꎬ总数为 １２７ꎮ 采样个体的差异、注释软件 要分布在 ＩＧＳ 区ꎬ其中单核苷酸(Ａ / Ｔ)重复类型出

的不同、注释参数的设置和人工矫正偏差的存在ꎬ 现频率最高ꎬ进一步印证了前人报道的苦参属诸
都会造成注释结果的差异ꎬ本研究的实验样品采 多物种叶绿体基因组 ＳＳＲ 类型和特征的正确性和
自山西省吕梁市ꎬ综合 ＧｅＳｅｑ 和 ＣＰＧＡＶＡＳ２ 两种 合理 性 ( 乔 永 刚 等ꎬ２０１９ꎻＬｉａｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１ꎻ 宋 芸
软 件 的 注 释 结 果ꎬ 利 用 模 式 物 种 拟 南 芥 等ꎬ２０２３)ꎮ 因此ꎬ我们同样认为这些重复序列可
(ＭＺ３２３１０８.１)与大豆(ＮＣ＿００７９４２.１) 的叶绿体基 为今后苦参属植物的分子标记开发及遗传多样性
因组序列进行人工校正ꎬ所有被注释到的基因均 研究提供重要的数据基础ꎮ
具有高度的相似性ꎮ 因此ꎬ本研究叶绿体基因组 密码子使用偏好性受到基因选择、遗传突变、
注释的结果较为准确和可靠ꎮ 遗传漂变等多种因素的综合作用ꎬ 同时也与物种