Page 18 - 《广西植物》2025年第7期

１ ２ １ ０ 广 西 植 物 ４５ 卷
表 ３ ＧｍＹＵＣ２ 基因的 ＳＮＰ 突变位点
Ｔａｂｌｅ ３ ＳＮＰ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｓｉｔｅｓ ｏｆ ＧｍＹＵＣ２ ｇｅｎｅ
参考基因组 变异类型
序号 ＳＮＰ 位点 区域
Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｖａｒｉａｔｉｏｎ
Ｎｏ. ＳＮＰ ＩＤ Ｒｅｇｉｏｎ
ｇｅｎｏｍｅ ｔｙｐｅ
ＳＮＰ１ Ｃｈｒ０５＿４０８８６０４２ Ａ Ｇ Ｉｎｔｒｏｎ
ＳＮＰ２ Ｃｈｒ０５＿４０８８６６１１ Ｃ Ｔ Ｉｎｔｒｏｎ
ＳＮＰ３ Ｃｈｒ０５＿４０８８６６９９ Ｃ Ｔ Ｉｎｔｒｏｎ
ＳＮＰ４ Ｃｈｒ０５＿４０８８８６０９ Ｇ Ａ ５＿ｐｒｉｍｅ＿ＵＴＲ

相同字母代表差异不显著(Ｐ>０.０５)ꎬ不同字母代表差异显
著(Ｐ<０.０５)ꎮ 下同ꎮ
Ｔｈｅ ｓａｍｅ ｌｅｔｔｅｒｓ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ｎｏ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ (Ｐ>０.０５)ꎬ
ａｎｄ ｔｈｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｌｅｔｔｅｒｓ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ (Ｐ < ０.
０５). Ｔｈｅ ｓａｍｅ ｂｅｌｏｗ.
图 ２ ＧｍＹＵＣ２ 基因在不同耐荫性
大豆种质中的表达量
Ｆｉｇ. ２ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ＧｍＹＵＣ２ ｇｅｎｅ ｉｎ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ
ｓｈａｄｅ￣ｔｏｌｅｒａｎｔ ｓｏｙｂｅａｎ ｇｅｒｍｐｌａｓｍｓ

３′物理位置为 ４０８８５４１４ － ４０８８５６１２ꎮ 该基因内存
在 ４ 个 ＳＮＰ 变异ꎬ其中 ３ 个 ＳＮＰ 变异位于内含子
中ꎬ１ 个 ＳＮＰ 变异位于 ５ ＿ｐｒｉｍｅ＿ＵＴＲ 区 ( 表 ３)ꎬ
ＳＮＰ 类型 主 要 以 Ｃ / Ｔ 突 变 为 主ꎬ 其 次 为 Ａ / Ｇ 和

Ｇ / Ａ突变ꎻＣ / Ｔ 和 Ａ / Ｇ 突变发生在内含子中ꎮ 对 ４
个 ＳＮＰ 变异进行连锁分析ꎬ结果如图 ３ 所示ꎮ 发
１、２、３、４ 分别代表 ４ 个 ＳＮＰꎬ 红色方块代表 ４ 个 ＳＮＰ 之间
２
现 ＳＮＰ２ 与 ＳＮＰ３ 之 间 连 锁 程 度 最 高 ( ｒ ＝ ＩＤ 值 可 视 化 热 图ꎮ 数 值 越 大ꎬ２ 个 ＳＮＰ 之 间 连 锁 程 度
２ 越高ꎮ
０.９８８ ８)ꎬ其次为 ＳＮＰ１ 与 ＳＮＰ４ (ｒ ＝ ０.９２１ ９３４)ꎬ
１ꎬ ２ꎬ ３ꎬ ａｎｄ ４ ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ４ ＳＮＰｓꎬ ａｎｄ ｔｈｅ ｒｅｄ
２
ＳＮＰ１ 与 ＳＮＰ２ 之 间 连 锁 程 度 最 低 ( ｒ ＝
ｓｑｕａｒｅｓ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ ｔｈｅ ｖｉｓｕａｌ ｈｅａｔ ｍａｐ ｏｆ ＩＤ ｖａｌｕｅｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ ４
０.４７５ ６９１)ꎮ ＳＮＰｓ. Ｔｈｅ ｌａｒｇｅｒ ｔｈｅ ｖａｌｕｅꎬ ｔｈｅ ｈｉｇｈｅｒ ｔｈｅ ｄｅｇｒｅｅ ｏｆ ｌｉｎｋａｇｅ
２.４ ＧｍＹＵＣ２ 基因的单倍型分析 ｂｅｔｗｅｅｎ ｔｈｅ ｔｗｏ ＳＮＰｓ.
根据 ＧｍＹＵＣ２ 基因的 ４ 个 ＳＮＰ 变异位点ꎬ对 图 ３ ＳＮＰ ＩＤ 值可视化热图
３９４ 份 中 国 南 方 大 豆 自 然 变 异 群 体 材 料 中 Ｆｉｇ. ３ Ｖｉｓｕａｌ ｈｅａｔ ｍａｐ ｏｆ ＳＮＰ ＩＤ ｖａｌｕｅｓ
ＧｍＹＵＣ２ 基因进行了单倍型分析ꎬ结果如图 ４ 所
示ꎮ 共获 得 ４ 种 有 效 类 型 单 倍 型ꎬ 分 别 命 名 为 基 ＡꎻＨａｐ３ 型包含 ２ 个 ＳＮＰ 变异位点ꎬ如 ４０６ 位碱
Ｈａｐ１、Ｈａｐ２、Ｈａｐ３ 和 Ｈａｐ４ꎬ其中 Ｈａｐ１ 单倍型与参 基 Ａ 突变成碱基 Ｇꎬ２ ９７３ 位碱基 Ｇ 突变成碱基
考基因 组 Ｗｍ８２ 一 致ꎬＨａｐ２、Ｈａｐ３ 和 Ｈａｐ４ 均 由 ＡꎻＨａｐ４ 型包含 １ 个 ＳＮＰ 变异位点ꎬ如 ４０６ 位碱基
Ｈａｐ１ 经过一步突变而来ꎮ 相较于 Ｈａｐ１ 单倍型ꎬ Ａ 突变成碱基 Ｇꎮ 对不同单倍型种质数量进行统
Ｈａｐ２ 型包含 ４ 个 ＳＮＰ 变异位点ꎬ如 ４０６ 位碱基 Ａ 计发现:有 １８８ 份种质为 Ｈａｐ１ 单倍型ꎬ占供试种
突变成碱基 Ｇꎬ９７５ 位碱基 Ｃ 突变成碱基 Ｔꎬ １ ０６３ 质的４７.７２％ꎻ １３６ 份种质为 Ｈａｐ２ 单倍型ꎬ 占供试
位碱基 Ｃ 突变成碱基 Ｔꎬ２ ９７３ 位碱基 Ｇ 突变成碱 种质的 ３４.５２％ꎻ６３ 份种质为 Ｈａｐ３ 单倍型ꎬ占供试