Page 84 - 《广西植物》2025年第7期

１ ２ ７ ６ 广 西 植 物 ４５ 卷
ＳＳＲ 位点ꎬ结果如图 ９ 所示ꎮ 利用 Ｐｒｉｍｅｒ ３ 软件进
行刺梨 ＳＳＲ 的引物设计ꎬ共筛得 １０ ５４５ 对 ＳＳＲ 引
物ꎬ这一结果显示了刺梨 ＳＳＲ 位点的多态性ꎮ

３ 讨论与结论

三代全长转录组测序技术为研究非模式生物
转录组注释提供了经济高效的解决方案ꎬ这将显
著促进对未充分研究生物体的探索ꎮ 全长转录组
测序近年来在广藿香次级代谢产物的生物合成
Ａ. ＲＮＡ 加工和修饰ꎻ Ｂ. 染色质结构和活力ꎻ Ｃ. 能量生成 (Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９)、圆锥南芥中镉胁迫的 ＷＲＫＹ
和转换ꎻ Ｄ. 细胞周期控制、细胞分裂、染色体分区ꎻ Ｅ. 氨 转录因子分析和表征( Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３)、花生冷
基酸的运输和代谢ꎻ Ｆ. 核苷酸的运输和代谢ꎻ Ｇ. 碳水化
合物的运输和代谢ꎻ Ｈ. 辅酶运输和代谢ꎻ Ｉ. 脂质运输和代 应激下的选择性剪接(Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４)、芝麻对
谢ꎻ Ｊ. 翻译、核糖体结构和生物发生ꎻ Ｋ. 转录ꎻ Ｌ. 复制、 大豆耙点病的抗性机制( Ｊｉａ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４) 等植物
重组和修复ꎻ Ｍ. 细胞壁 / 膜 / 被膜生物发生ꎻ Ｎ. 细胞运动ꎻ 的研究发挥了重要的作用ꎮ 近年来ꎬ人们对食用
Ｏ. 翻译后修饰、蛋白质折叠和分子伴侣ꎻ Ｐ. 无机离子转运
与代谢ꎻ Ｑ. 次生代谢物合成、运输和代谢ꎻ Ｒ. 一般功能预 和药用植物的兴趣越来越大ꎬ因为它们的副作用
测ꎻ Ｓ. 未知功能ꎻ Ｔ. 信号转导机制ꎻ Ｕ. 细胞内运输、分泌 最小且对健康有益ꎮ 刺梨是一种原产于中国西南
和囊泡运输ꎻ Ｖ. 防御机制ꎻ Ｗ. 细胞外结构ꎻ Ｙ. 核结构ꎻ 部的野生水果ꎬ具有多种药理作用ꎬ因此在医疗保
Ｚ. 细胞骨架ꎮ
健方面具有重要价值(Ｘｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９ꎻ Ｓｈｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ
Ａ. ＲＮＡ ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ａｎｄ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎꎻ Ｂ. Ｃｈｒｏｍａｔｉｎ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ
ｄｙｎａｍｉｃｓꎻ Ｃ. Ｅｎｅｒｇｙ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎꎻ Ｄ. Ｃｅｌｌ ｃｙｃｌｅ ２０２３)ꎮ 本研究选择三代建库方法ꎬ利 用 ＰａｃＢｉｏ
ｓｅｑｕｅｌ Ⅱ测序平台进行测序ꎬ经过 Ｃｄ￣ｈｉｔ 软件处理
ｃｏｎｔｒｏｌꎬ ｃｅｌｌ ｄｉｖｉｓｉｏｎꎬ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇꎻ Ｅ. Ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ
ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｆ. Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ
后最终得到去冗余后转录本共 ２５ ００３ 条ꎬ平均长
Ｇ. Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｈ. Ｃｏｅｎｚｙｍｅ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ
ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｉ. Ｌｉｐｉｄ ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｊ. Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎꎬ 度为２ ４７０ ｂｐꎬＮ５０ 长度为 ２ ６４９ ｂｐꎮ 利用 ＫＥＧＧ、
ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓꎻ Ｋ. Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎꎻ Ｌ. Ｎｒ 等 ７ 大数据库对这些转录本进行功能注释ꎬ共
Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎꎬ ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｐａｉｒꎻ Ｍ. Ｃｅｌｌ ｗａｌｌ/ ｍｅｍｂｒａｎｅ/
有 ９９.４２％注释成功ꎮ 与 Ｎｒ 数据库进行对比ꎬ发现
ｅｎｖｅｌｏｐｅ ｂｉｏｇｅｎｅｓｉｓꎻ Ｎ. Ｃｅｌｌ ｍｏｔｉｌｉｔｙꎻ Ｏ. Ｐｏｓｔｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ
与同 为 蔷 薇 科 蔷 薇 属 的 月 季 匹 配 度 最 高ꎬ 达
ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎꎬ ｐｒｏｔｅｉｎ ｔｕｒｎｏｖｅｒꎬ ｃｈａｐｅｒｏｎｅｓꎻ Ｐ. Ｉｎｏｒｇａｎｉｃ ｉｏｎ
ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｑ. Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ｍｅｔａｂｏｌｉｔｅｓ ｂｉｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓꎬ ９１.３５％ꎻ与 ＧＯ、ＫＥＧＧ 和 ＫＯＧ 数据库比对ꎬ分别
ｔｒａｎｓｐｏｒｔ ａｎｄ ｃａｔａｂｏｌｉｓｍꎻ Ｒ. Ｇｅｎｅｒａｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｏｎｌｙꎻ
有 ９０.７６％、８２.５％和 ６１.３７％得到注释ꎮ 这些注释
Ｓ. Ｆｕｎｃｔｉｏｎ ｕｎｋｎｏｗｎꎻ Ｔ. Ｓｉｇｎａｌ ｔｒａｎｓｄｕｃｔｉｏｎ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓꎻ Ｕ.
的基因极大地丰富和补充了现有的刺梨基因数据
Ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｔｒａｆｆｉｃｋｉｎｇꎬ ｓｅｃｒｅｔｉｏｎ ａｎｄ ｖｅｓｉｃｕｌａｒ ｔｒａｎｓｐｏｒｔꎻ Ｖ.
Ｄｅｆｅｎｓｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓꎻ Ｗ. Ｅｘｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓꎻ Ｙ. Ｎｕｃｌｅａｒ 库资源ꎬ将有助于对刺梨基因功能的进一步研究ꎮ
并且ꎬ通过分析 ＫＥＧＧ 注释结果ꎬ挖掘出参与黄酮
ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎻ Ｚ. Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ.
图 ４ ＫＯＧ 功能分类 类化合物生物合成过程中相关的转录本 ９９ 条ꎬ相
Ｆｉｇ. ４ ＫＯＧ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ 较于 Ｓｕ 等(２０２４)的研究ꎬ在刺梨黄酮类化合物生
物合成过程相关基因的挖掘更为完整ꎬ这些基因
２.６ ＬｎｃＲＮＡ 分析 将为后续刺梨分子育种提供一定基础ꎮ

统计 ３ 个软件预测结果绘制韦恩图如图 ８: Ａ 本研究预测得到 ２４ ３５７ 个 ＣＤＳꎬ平均长度为
所示ꎬＰＬＥＫ 预测到 ７７ 个 ＬｎｃＲＮＡꎬＣＮＣＩ 预测到 ６８ １ ７２７ ｂｐꎮ 使用 ＣＮＣＩ、ＣＰＣ２、ＰＬＥＫ 分别预测到 ６８
个ꎬＣＰＣ２ 预测到 ７８ 个ꎬ３ 个软件共有的 ＬｎｃＲＮＡ 数 个、 ７８ 个 和 ７７ 个 ＬｎｃＲＮＡꎬ ３ 个 软 件 共 有 的
目为 ５１ 个ꎮ 将 ｍＲＮＡ 与预测得到的 ＬｎｃＲＮＡ 绘制 ＬｎｃＲＮＡ 数目为 ５４ 个ꎬ长度主要集中在 ３００ ｂｐ 至
长度分布密度图ꎬ结果如图 ８:Ｂ 所示ꎬＬｎｃＲＮＡ 长度 ５００ ｂｐ 范围内ꎮ 这些 ＬｎｃＲＮＡ 可为后续研究刺梨
较 ｍＲＮＡ 短ꎬ主要范围为 ３００~５００ ｂｐꎮ ＤＮＡ 甲基化、组蛋白修饰、ＲＮＡ 转录后调控和蛋
２.７ ＳＳＲ 分析 白质翻译调控等生理和病理过程提供一定参考ꎮ
通过检测去冗余的序列ꎬ共鉴定出 １２ ５８８ 个 ＳＳＲ 是基因组内广泛分布的高多态性标记ꎬ 本研