Page 35 - 《广西植物》2026年第1期
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１ 期 韦伶芝等: 凹脉金花茶的遗传多样性和群体遗传结构分析 ３ １
表 １ 凹脉金花茶居群的地理位置和采样数量
Ｔａｂｌｅ １ Ｇｅｏｇｒａｐｈｉｃａｌ ｌｏｃａｔｉｏｎｓ ａｎｄ ｓａｍｐｌｉｎｇ ｑｕａｎｔｉｔｉｅｓ ｏｆ Ｃａｍｅｌｌｉａ ｉｍｐｒｅｓｓｉｎｅｒｖｉｓ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ
海拔 采样数量
序号 居群编号 采样地点 纬度 经度 居群大小
Ａｌｔｉｔｕｄｅ Ｓａｍｐｌｉｎｇ
Ｎｏ. Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｃｏｄｅ Ｓａｍｐｌｉｎｇ ｓｉｔｅ Ｌａｔｉｔｕｄｅ Ｌｏｎｇｉｔｕｄｅ Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ ｓｉｚｅ
(ｍ) ｑｕａｎｔｉｔｙ
下雷保护区板六村陇位
１ ＣＩ￣ＬＷ Ｌｏｎｇｗｅｉꎬ Ｂａｎｌｉｕ Ｖｉｌｌａｇｅꎬ ２２°４３′３３″Ｎ １０６°５０′４７″Ｅ ２５１ ~ １５０ １５
Ｘｉａｌｅｉ Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｓｅｒｖｅ
下雷保护区板六村陇恒
２ ＣＩ￣ＬＨ Ｌｏｎｇｈｅｎｇꎬ Ｂａｎｌｉｕ Ｖｉｌｌａｇｅꎬ ２２°４３′４８″Ｎ １０６°４９′５７″Ｅ ２４５ ~ ２００ １５
Ｘｉａｌｅｉ Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｓｅｒｖｅ
弄岗保护区三联站陇米督
３ ＣＩ￣ＬＭ Ｌｏｎｇｍｉｄｕꎬ Ｓａｎｌｉａｎ Ｓｔａｔｉｏｎꎬ ２２°３１′０８″Ｎ １０６°５０′２２″Ｅ ２５７ ~ ５０ １６
Ｎｏｎｇｇａｎｇ Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｓｅｒｖｅ
弄岗保护区三联站卜那
４ ＣＩ￣ＢＮ Ｂｕｎａꎬ Ｓａｎｌｉａｎ Ｓｔａｔｉｏｎꎬ ２２°３２′５０″Ｎ １０６°４８′３７″Ｅ ３５８ ~ １５ １０
Ｎｏｎｇｇａｎｇ Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｓｅｒｖｅ
程序进行过滤ꎬ从而得到高可信度的群体 ＳＮＰ 分 检验ꎬ使用 Ｓｐｅａｒｍａｎ 方法计算相关系数ꎬ并进行置
型结果ꎮ 换以检 验 显 著 性ꎬ 得 到 同 源 一 致 性 ( ｉｄｅｎｔｉｔｙ ｂｙ
１.４ 遗传多样性数据分析 ｄｅｓｃｅｎｔꎬＩＢＤ)ꎬ用于分析遗传距离与地理距离的相
基于过滤后的高质量 ＳＮＰ 数据ꎬ利用 Ｖｃｆｔｏｏｌｓ 关性ꎮ
计算 Ｔａｊｉｍａ’ Ｄ 值且对所有 ＳＮＰ 位点进行了中性
２ 结果与分析
检验ꎬ基于所有位点ꎬ利用 Ｓｔａｃｋｓ ｖ２.５９ ( Ｒｏｃｈｅｔｔｅ
ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９)的 ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ 模块计算遗传多样性参
数ꎬ包括期望杂合度( ｅｘｐｅｃｔｅｄ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙꎬＨ )、 ２.１ 测序数据质控
ｅ
观测杂合度(ｏｂｓｅｒｖｅｄ ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙꎬＨ )、核苷酸多 ２.１.１ 测序数据统计 利用 Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＮｏｖａｓｅｑＴＭ 测序
ｏ
样 性 ( ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ Ｐ ) 和 近 交 系 数 平台对 ５６ 份凹脉金花茶及 ３ 份淡黄金花茶外类群
ｉ
(ｉｎｂｒｅｅｄｉｎｇ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔꎬＦ )ꎮ 样本进行测序ꎬ结果显示高质量的 Ｃｌｅａｎ ｒｅａｄｓ 共有
ｉｓ
１.５ 遗传结构数据分析 １ １１７ ４８７ ８７８ 条ꎬ单个样本总碱基数为 １.６４×１０ ~
９
９
基于邻接法(ｎｅｉｇｈｂｏｒ￣ｊｏｉｎｉｎｇꎬ ＮＪ)构建系统进 ５.９０×１０ ｂｐꎬ测序 ＧＣ 含量分布范围为 ４１.７０％ ~
４５.６７％ꎻ测序质 量 Ｑ２０ 和 Ｑ３０ 的 平 均 值 分 别 为
化 树ꎮ 利 用 软 件 ｆａｓｔＳＴＲＵＣＴＵＲＥ ( Ｒａｊ ｅｔ ａｌ.ꎬ
２０１４)进行居群结构分析ꎬ利用 Ａｄｍｉｘｔｕｒｅ ｖ１.３.０ ９８.７４％和 ９５.３５％ꎬＧＣ 含量低且 Ｑ３０ 较高ꎬ所有样
(Ａｌｅｘａｎｄｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００９)对所有个体进行贝叶斯聚 本比对效率≥９０％ꎬ表明建库成功ꎬ样本测序质量
类ꎬ聚类数 Ｋ 值设置为 １ ~ ９ꎬ根据最小的交叉验证 较好ꎬ错误率低ꎬ符合质控要求ꎬ可用于后续分析ꎮ
误差( ｃｒｏｓｓ￣ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ ｅｒｒｏｒꎬ ＣＶ ｅｒｒｏｒ) 确定最佳 Ｋ ２.１.２ 测序数据统计与质量评估 通过 ＤＮＡ 测序
值ꎮ 使用 Ｐｌｉｎｋ ｖ１.０７ (Ｃｈａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５) 进行主 得到高可信度的 ＳＮＰ 位点 ４ ２４１ ９１２ 个ꎬ使用缺失
成分分析( ｐｒｉｎｃｉｐａｌ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓꎬ ＰＣＡ)ꎬ并 率(ｍｉｓｓ ｒａｔｅ)≤０.５ 和 ＭＡＦ≥０.０５ 过滤[设定缺失
计算各成分的特征向量ꎮ 基于筛选后的标记ꎬ使 率≤０.５ꎬ确保标记在居群中的完整性ꎬ计算最小等
用 ＧＣＴＡ 软件进行亲缘关系分析ꎬ获得两两样本 位基 因 频 率 ( ｍｉｎｉｍｕｍ ａｌｌｅｌｅ ｆｒｅｑｕｅｎｃｙꎬ ＭＡＦ) ≥
间的 Ｇ 矩阵ꎮ 使用 ＶＣＦｔｏｏｌｓ 计算 ４ 个居群之间的 ０.０５ꎬ去除低频变异位点ꎬ减少噪声干扰]ꎬ最终获
遗 传 分 化 系 数 ( ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ ｃｏｅｆｆｉｃｉｅｎｔꎬ 得 ４ ０１４ ９５６ 个高可信度 ＳＮＰꎮ
Ｆ )ꎬ然 后 计 算 基 因 流 强 度 ( ｇｅｎｅ ｆｌｏｗ ｉｎｔｅｎｓｉｔｙꎬ ２.２ 居群遗传多样性
ｓｔ
(１－Ｆ ) 凹脉金花茶遗传多样性计算结果(表 ２)表明ꎬ
ｓｔ
Ｎ )＝ ꎮ 将过滤后的 ＳＮＰ 位点标记结果ꎬ
ｍ ４×Ｆ ４ 个 居 群 观 测 等 位 位 点 数 ( ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｏｂｓｅｒｖｅｄ
ｓｔ
ａｌｌｅｌｅｓꎬＡ )在 １.３５８ ９ ~ ２.１８１ ７ 之间ꎻ有效等位位
使用 Ｒ 中‘ ｖｅｇａｎ’ 包对所有居群样本进行 Ｍａｎｔｅｌ ｏ
