Page 161 - 《广西植物》2026年第3期
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３ 期 柳建丽等: 外源激素诱导黄芩愈伤组织形成关键基因初筛 ５ ３ ７
图 １ 处理 ７ ｄ 的黄芩茎段
Ｆｉｇ. １ Ｓｔｅｍ ｓｅｇｍｅｎｔｓ ｏｆ Ｓｃｕｔｅｌｌａｒｉａ ｂａｉｃａｌｅｎｓｉｓ ｔｒｅａｔｅｄ ｆｏｒ ７ ｄ
和低质量 ｒｅａｄｓ 后ꎬ所有样本共获得 １１４.６８ Ｇｂ 的 (图 ４)ꎬ并且差异倍数大多集中在 ０ ~ １０ 倍ꎮ
高质量 Ｃｌｅａｎ ｄａｔａꎮ 其中ꎬ每个样本的有效数据量 ２.３.２ 差异表达基因 ＧＯ 功能注释 黄芩茎段不同
均达到 ５ Ｇｂ 以上ꎬ测序质量 Ｑ３０(％) 均超过 ９７％ 激素处理后差异表达基因的 ＧＯ 功能注释均分配
且所有样本的 ＧＣ 含量均保持在 ４４％以上ꎮ 到生物学过程( ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ ｐｒｏｃｅｓｓꎬＢＰ)、细胞组分
２.２ 样本相关性分析 (ｃｅｌｌｕｌａｒ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔꎬ ＣＣ) 和 分 子 功 能 ( ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
采 用 Ｐｅａｒｓｏｎ 相 关 系 数 和 主 成 分 分 析 ｆｕｎｃｔｉｏｎꎬＭＦ)三大类中ꎬＢＡ＿Ｄ ｖｓ. ＣＫ、ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ
(ｐｒｉｎｃｉｐａｌ ｃｏｍｐｏｎｅｎｔ ａｎａｌｙｓｉｓꎬＰＣＡ) 评估样本的变 ｖｓ. ＢＡ＿Ｄ、ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ ｖｓ. ＣＫ、ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ ｖｓ. Ｄ、
异程度ꎮ 如图 ２ 所示ꎬ各处理组内生物学重复间 ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ ｖｓ. ＮＡＡ、ＢＡ＿ＮＡＡ ｖｓ. ＣＫ、ＢＡ ｖｓ. ＣＫ、
表现出高度一致性( 相关系数>０.９３) 且聚类分析 Ｄ ｖｓ. ＣＫ 和 ＮＡＡ ｖｓ. ＣＫ ９ 个比较组中注释到的差
显示样本间聚类情况良好ꎮ ＰＣＡ 结果( 图 ３) 表 异基 因 数 量 分 别 为 ９ ３６９、１ ２９１、９ ０６６、３ ９４８、
８９０、７ ９０７、９ ２６９、１０ １４５ 和 ８ ４８８ 个ꎬ所有差异表
明ꎬ对照组与各激素处理组在转录水平上显著分
达基因富集的前 ５ 个通路及数量如表 ３ 所示ꎮ
离ꎬ表明激素处理对基因表达产生了显著影响ꎮ
虽然不同处理组间存在部分重叠区域ꎬ说明某些 ２.３.３ 差异表达基因 ＫＥＧＧ 富集分析 基于 ＫＥＧＧ
代谢通路数据库ꎬ分析黄芩茎段不同激素处理后
转录模式具有相似性ꎬ但整体取样良好ꎬ数据质量
差异表达基因显著富集的通路ꎮ ＢＡ＿Ｄ ｖｓ. ＣＫ、
满足后续差异表达分析的要求ꎮ
ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ ｖｓ. ＢＡ＿Ｄ、ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ ｖｓ. ＣＫ、ＢＡ＿
２.３ 差异表达基因分析
ＮＡＡ ＿ Ｄ ｖｓ. Ｄ、 ＢＡ ＿ ＮＡＡ ＿ Ｄ ｖｓ. ＮＡＡ、 ＢＡ ＿ ＮＡＡ
２.３.１ 差异表达基因筛选 根据 ｜ ｌｏｇ Ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ ｜
２ ｖｓ. ＣＫ、ＢＡ ｖｓ. ＣＫ、Ｄ ｖｓ. ＣＫ 和 ＮＡＡ ｖｓ. ＣＫ ９ 个
≥１ 且 Ｑ<０.０５ 为筛选标准ꎬ在 ＢＡ＿Ｄ ｖｓ. ＣＫ、ＢＡ＿
比较组中注释到的差异基因数量分别为 ３ ４７４、
ＮＡＡ＿Ｄ ｖｓ. ＢＡ＿Ｄ、ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ ｖｓ. ＣＫ、ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ ５０３、３ ３１８、 １ ４４７、 ３５８、 ２ ９２９、 ３ ３７９、 ３ ７５２ 和
ｖｓ. Ｄ、ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ ｖｓ. ＮＡＡ、ＢＡ＿ＮＡＡ ｖｓ. ＣＫ、ＢＡ ３ ２０８个ꎬ所有差异表达基因富集的前 ５ 个 通 路
ｖｓ. ＣＫ、Ｄ ｖｓ. ＣＫ 和 ＮＡＡ ｖｓ. ＣＫ ９ 个比较组中分别
及数量如表 ４ 所示ꎮ
筛选到 １０ ４８７、１ ５４３、１０ ２１５、４ ５０４、１ ０２７、８ ９７２、 ２.４ 植物信号转导途径的差异基因筛选
１０ ３３３、１１ ３７３ 和 ９ ４４２ 个差异表达基因ꎬ其中上 对筛选到的所有差异表达基因进行趋势分析
调基 因 数 / 下 调 基 因 数 分 别 为５ ８６９ / ４ ６１８、８６１ / 得到 ３ 种基因表达模式ꎬ分别为 Ｃｌｕｓｔｅｒ￣Ｉ、Ｃｌｕｓｔｅｒ￣
６８２、 ５ ８５５ / ４ ３６０、 ２ ２６８ / ２ ２３６、 ３９２ / ６３５、 ４ ９６９ / Ⅱ和 Ｃｌｕｓｔｅｒ￣Ⅲꎬ基因数量分别为 ６ ２１１、４ ８６５ 和
４ ００３、６ ５２６ / ３ ８０７、６ ４３３ / ４ ９４０ 和５ ４１３ / ４ ０２９ 个 ５ ８０４个(图 ５)ꎮ 对 ３ 个趋势中的基因进行 ＫＥＧＧ
