Page 162 - 《广西植物》2026年第3期
P. 162
５ ３ ８ 广 西 植 物 ４６ 卷
表 ２ 测序数据统计 各模 块 的 基 因 数 量 见 表 ６ꎮ 根 据 模 块 特 征 值
Ｔａｂｌｅ ２ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｄａｔａ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ (ｅｉｇｅｎｖａｌｕｅ)对 １６ 个模块进行模块间相关性分析ꎬ
有效数据 有效数据 绘制热图(图 ６:Ｃ)ꎮ 随后ꎬ利用 Ｈ￣ｃｌｕｓｔ 法对模块
总量 比例 ＧＣ 含量
样品 Ｑ３０ 基因进行聚类热图绘制( 图 ６:Ｄ)ꎬ颜色越深代表
Ｔｏｔａｌ ｖａｌｉｄ Ｐｅｒｃｅｎｔａｇｅ ＧＣ ｃｏｎｔｅｎｔ
Ｓａｍｐｌｅ (％)
ｄａｔａ ｏｆ ｖａｌｉｄ (％)
基因间的连通性越强ꎮ
(Ｇｂ) ｄａｔａ (％)
对上述 １６ 个模块基因进行 ＫＥＧＧ 功能富集分
ＣＫ＿１ ５.５９ ８９.４５ ９８.００ ４５.５０
析发现ꎬ与植物激素信号转导途径相关的主要是
ＣＫ＿２ ５.６１ ８７.５３ ９７.６７ ４５.５０
ｂｌｕｅ 和 ｂｒｏｗｎ 两个模块ꎬ表 ７ 列出了两个模块中参
ＣＫ＿３ ５.５４ ８８.１６ ９７.８０ ４５.５０
与黄芩愈伤形成的 ３１ 个基因ꎬ转录组测序数据见
ＢＡ＿１ ６.０５ ９１.５５ ９７.７２ ４５.５０
补充表 ２ꎬ分别将 ｂｌｕｅ 和 ｂｒｏｗｎ 模块中富集在植物
ＢＡ＿２ ６.２０ ９２.４３ ９７.６１ ４５.５０
激素信号转导途径的基因绘制网络调控图ꎬ确立
ＢＡ＿３ ５.８１ ９１.９４ ９７.７２ ４５.５０
黄芩愈伤形成相关的核心基因ꎮ 通过基因的连通
ＮＡＡ＿１ ５.９１ ９１.７６ ９７.４７ ４５.５０
性确定每个基因的权重值ꎬ连通性高的基因可能
ＮＡＡ＿２ ６.６１ ９２.０１ ９７.４７ ４５.５０
起枢纽作用ꎬ并将模块内单个基因的平均连通性
ＮＡＡ＿３ ６.０７ ９３.１０ ９７.５４ ４５.５０
排名前 １０％的基因作为枢纽基因ꎮ 结果( 图 ７) 表
Ｄ＿１ ５.６２ ９２.４９ ９７.７８ ４５.５０
明ꎬｂｌｕｅ 和 ｂｒｏｗｎ 模块中与黄芩愈伤形成密切相关
Ｄ＿２ ５.４９ ９２.２７ ９７.８５ ４５.５０
的核 心 基 因 是 ＰＰ２Ｃ ( Ｓｂ０３ｇ２３０１０、 Ｓｂ０１ｇ２０５６０、
Ｄ＿３ ５.９７ ９２.４５ ９７.７３ ４５.００
Ｓｂ０７ｇ０９５００ )、 ＪＡＺ ( Ｓｂ０８ｇ１５２９０、 Ｓｂ０７ｇ０８８５０、
ＢＡ＿Ｄ＿１ ６.１０ ９３.３２ ９７.５６ ４５.５０
Ｓｂ０４ｇ０３５２０)、ＤＥＬＬＡ( Ｓｂ０９ｇ１１０２０、Ｓｂ０９ｇ１１２２０)、
ＢＡ＿Ｄ＿２ ５.８１ ９４.３４ ９７.７７ ４５.５０
ＡＢＦ ( Ｓｂ０２ｇ３４９１０ )、 ＢＲＩ１ ( Ｓｂ０３ｇ３８１９０ )、 ＥＩＮ３
ＢＡ＿Ｄ＿３ ５.９１ ９３.０９ ９７.９３ ４５.５０
( Ｓｂ０７ｇ００４３０ )、 ＥＲＦ１ ( Ｓｂ０３ｇ２９６１０ )、 ＧＩＤ１
ＢＡ＿ＮＡＡ＿１ ４.９９ ８８.７１ ９７.７０ ４５.５０
(Ｓｂ０６ｇ１０４９０) 和 ＭＹＣ２ ( Ｓｂ０６ｇ１１８１０)ꎬ推 测 这 些
ＢＡ＿ＮＡＡ＿２ ５.４１ ８８.９３ ９７.６７ ４５.００
基因是黄芩愈伤形成中响应不同激素信号的核心
ＢＡ＿ＮＡＡ＿３ ５.３５ ８９.８０ ９７.６７ ４５.００
差异表达基因ꎮ
ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ＿１ ５.４６ ９１.３５ ９７.８１ ４５.５０
２.６ 酶活性测定结果
ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ＿２ ５.１１ ９０.３６ ９７.９０ ４４.５０
黄芩茎段在 ７、１４、２１ ｄ 处理后的酶活性测定
ＢＡ＿ＮＡＡ＿Ｄ＿３ ５.１５ ８９.６９ ９７.９０ ４４.５０
结果如图 ８ 所 示ꎮ ＳＯＤ 酶 活 性 变 化 呈 现 以 下 特
征:在单独使用 ６￣ＢＡ、ＮＡＡ 或 ２ꎬ４￣Ｄ 处理时ꎬ酶活
功能富集分析ꎬ以 Ｐａｄｊ≤０.０５ 为阈值ꎬ筛选与愈伤 性均表现为先下降后上升的趋势ꎬ其中 ７ ｄ 时活性
组织形成有关的植物激素信号转导途径中的差异 达到峰值ꎬ表明此时愈伤组织处于快速分裂期ꎮ
表达基因ꎮ 结果表明ꎬ与植物激素信号转导途径 不同激素组合处理表现出差异化的动态变化:６￣
相关的基因富集在 Ｃｌｕｓｔｅｒ￣Ⅶ中ꎬ共注释到 ３３ 个差 ＢＡ 与 ＮＡＡ 协同处理组呈现持续上升趋势ꎬ提示
异表达基因(表 ５)ꎮ 愈伤组织进入旺盛增殖阶段ꎬ在 ２１ ｄ 时达到最大
２.５ 黄芩茎段愈伤组织形成的核心基因筛选 生长速度ꎻ６￣ＢＡ 与 ２ꎬ４￣Ｄ 组合处理在 ７ ｄ 时即表
不同处理组的黄芩愈伤中共鉴定到 ２６ ９８７ 个 现出最大生长速度ꎻ而三者共同处理组则在 １４ ｄ
Ｕｎｉｇｅｎｅꎬ将表达量低和表达量不稳定的基因去除 时呈现峰值生长速度(图 ８:Ａ)ꎮ
后得到 １８ ３９８ 个 Ｕｎｉｇｅｎｅꎬ对其进行加权共表达网 ＰＯＤ 作为组织分化的关键标志酶ꎬ其活性变
络 ( ｗｅｉｇｈｔｅｄ ｇｅｎｅｃｏ￣ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｎｅｔｗｏｒｋ ａｎａｌｙｓｉｓꎬ 化能够有效反映器官发生的动态过程ꎮ 测定结果
ＷＧＣＮＡ)分析ꎮ 设定基因之间相关系数的平方阈 (图 ８:Ｂ)显示ꎬ不同处理组的 ＰＯＤ 酶活性呈现显
２
值为 ０.８５(Ｒ >０.８５) 计算软阈值( β)ꎬ选择 β ＝ １７ 著性差异:在 ６￣ＢＡ、ＮＡＡ、２ꎬ４￣Ｄ 单独处理及 ６￣ＢＡ＋
为软阈值(图 ６:Ａ)ꎮ 根据基因间表达量相关性构 ＮＡＡ 组合处理组中ꎬ酶活性均在第 ７ 天时达到峰
建聚类树ꎬ以基因数量≥５０ 划分模块且 ０.２５ 为模 值后逐渐下降ꎻ而 ６￣ＢＡ 与 ２ꎬ４￣Ｄ 协同处理组则呈
块合并阈值ꎬ最终得到 １６ 个基因模块( 图 ６:Ｂ)ꎬ 现持续上升趋势ꎬ在第 ２１ 天时活性最高ꎻ 当 ３ 种
