Page 29 - 《广西植物》2026年第9期
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９ 期 李佳等: 丽江云杉叶绿体基因组序列特征及系统发育分析 １ ４ ６ ５
岭云杉( Ｐ. ｓｃｈｒｅｎｋｉａｎａ)、丽江云杉与油麦吊云杉
(Ｐ. ｂｒａｃｈｙｔｙｌａ ｖａｒ. ｃｏｍｐｌａｎａｔａ)３ 个物种聚在一起ꎬ
其余 ５ 个物种聚在一起ꎮ 但是ꎬ这两大分支最大
似然法的支持率较低ꎬ第一分支的支持率为 ６１％ꎬ
第二分支为 ７７％ꎬ因此剩余的 １６ 种云杉属植物较
难分组ꎮ 本研究测序的丽江云杉与油麦吊云杉亲
缘关系最近ꎬ并且支持率为 １００％ꎬ但是并没有与
同属于丽江云杉组的紫果云杉聚集在一起ꎮ
３ 讨论
本研究通过二代测序方法获得了丽江云杉的
ＣＤＳ. 编码序列区ꎻ ＩＧＳ. 基因间隔区ꎻ Ｉｎｔｒｏｎ. 内含子区ꎮ
叶绿体全基因组序列ꎬ结果显示其全长为 １２４ ２０７
ＣＤＳ. Ｃｏｄｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｇｉｏｎꎻ ＩＧＳ. Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｓｐａｃｅｒ ｒｅｇｉｏｎꎻ
Ｉｎｔｒｏｎ. Ｉｎｔｒｏｎ ｒｅｇｉｏｎ. ｂｐꎬＧＣ 含量为 ３８.７４％ꎬ共编码 １１３ 个基因ꎮ 已公
图 ２ 丽江云杉叶绿体基因组中 布的云杉属叶绿体基因组长度为 １２３ ~ １２５ ｋｂꎬ丽
各个类型重复序列的个数 江云杉与已公布的云杉属植物叶绿体基因组组成
Ｆｉｇ. ２ Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ ｖａｒｉｏｕｓ ｔｙｐｅｓ ｏｆ ｒｅｐｅａｔ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ 及长度基本类似(Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０ꎻ Ｌｏ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０ꎻ
ｉｎ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｐｉｃｅａ ｌｉｋｉａｎｇｅｎｓｉｓ 丁淑金等ꎬ２０２３) ꎮ 但是ꎬ组装结果显示丽江云杉
图 ３ 丽江云杉叶绿体基因组相对同义密码子使用度分析结果
Ｆｉｇ. ３ Ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ ｒｅｌａｔｉｖｅ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｎ Ｐｉｃｅａ ｌｉｋｉａｎｇｅｎｓｉｓ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ
具有 １５ 种同分异构体的结构形式ꎬ说明丽江云杉 结合三代长读长测序进行验证ꎮ 与其他松科植物
叶绿体基因组结构比较多样化ꎬ在欧洲云杉与其 类似(Ｗｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１)ꎬ丽江云杉的叶绿体基因组
他 １０ 种云杉属植物中也存在此现象( Ｓｕｌｌｉｖａｎ ｅｔ 也不具有典型的四分体结构ꎬ即丢失了反向重复
ａｌ.ꎬ ２０１７)ꎬ这说明云杉属叶绿体基因组可能经历 (ＩＲ)区ꎮ 前期研究显示丢失 ＩＲ 区的叶绿体基因
了较为复杂的重组事件ꎬ但部分构象差异也可能 组更容易发生重排( Ｐａｌｍｅｒ ＆ Ｔｈｏｍｐｓｏｎꎬ １９８２)ꎬ
与重复序列导致的组装不确定性有关ꎬ未来需要 位于 ＩＲ 区的叶绿体基因相比于单拷贝区进化速
