Page 9 - 《广西植物》2026年第9期
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９ 期 阎侃等: 老虎刺叶绿体基因组解析及其对豆科新分类系统的验证 １ ４ ４ ５
图 １ 老虎刺叶绿体基因组图谱
Ｆｉｇ. １ Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｍａｐ ｏｆ Ｐｔｅｒｏｌｏｂｉｕｍ ｐｕｎｃｔａｔｕｍ
２.３ 密码子偏好性分析及选择压力分析 自然选择是塑造老虎刺密码子偏好性的主要驱动
对老虎刺叶绿体基因组中蛋白质编码基因的 力ꎮ ＰＲ２￣ｐｌｏｔ 分析也印证了这一点ꎬＡ３ 和 Ｇ３ 在四
分析揭示了显著的密码子偏好性ꎮ 在 ３２ 个偏好 象限中的分布极不均衡( 图 ６:Ｃ)ꎬ反映出在第三
性密码子(ＲＳＣＵ > １)中ꎬ有 ２９ 个(９０.６％)以 Ａ 或 位碱基上 Ａ / Ｔ 与 Ｇ / Ｃ 的使用频率存在显著差异ꎮ
Ｕ 碱基结尾ꎬ显示出强烈的 Ａ / Ｕ 偏好( 图 ５)ꎮ 在 密码子偏好性分析表明ꎬ老虎刺叶绿体基因
ＥＮＣ￣ｐｌｏｔ 分析中ꎬ大多数基因的 ＥＮＣ 值分布在 ３５ 组的蛋白质编码区共使用 ６１ 个同义密码子ꎮ 其
到 ５５ 之间ꎬ且多数点位于期望曲线的下方( 图 ６: 中ꎬ高频密码子( ＲＳＣＵ > １) 共 ２６ 个ꎬ且其第三位
Ａ)ꎬ这初步表明ꎬ除突变压力外ꎬ自然选择等其他 碱基均以腺嘌呤(Ａ)或尿嘧啶(Ｕ)结尾ꎬ表明 Ａ / Ｕ
因素也在起作用ꎮ 中性绘图分析(图 ６: Ｂ)结果显 碱基是这些密码子的主要偏好类型ꎮ 高表达密码
示ꎬ 突 变 压 力 的 贡 献 率 仅 为 ３８. １３％ ( 斜 率 子(ΔＲＳＣＵ ≥ ０. ０８) 共 ２４ 个ꎮ 通过取二者的交
０.３８１ ３)ꎬ而自然选择的贡献率达到 ６１.８７％ꎬ表明 集ꎬ本研究最终确定了 ＵＧＵ、ＧＡＡ 和 ＵＵＵ 等 １７ 个
