Page 10 - 《广西植物》2026年第9期
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１ ４ ４ ６ 广 西 植 物 ４６ 卷
表 １ 老虎刺叶绿体基因组基因注释
Ｔａｂｌｅ １ Ｇｅｎｅ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｐｔｅｒｏｌｏｂｉｕｍ ｐｕｎｃｔａｔｕｍ
类别 基因分类 基因
Ｃａｔｅｇｏｒｙ Ｇｅｎｅ ｇｒｏｕｐ Ｇｅｎｅ
光合作用 光合系统 Ｉ ｐｓａＡꎬ ｐｓａＢꎬ ｐｓａＣꎬ ｐｓａＩꎬ ｐｓａＪ
Ｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ Ｐｈｏｔｏｓｙｓｔｅｍ Ｉ
光合系统 ＩＩ ｐｓｂＡꎬ ｐｓｂＢꎬ ｐｓｂＣꎬ ｐｓｂＤꎬ ｐｓｂＥꎬ ｐｓｂＦꎬ ｐｓｂＨꎬ ｐｓｂＩꎬ ｐｓｂＪꎬ ｐｓｂＫꎬ ｐｓｂＬꎬ ｐｓｂＭꎬ
Ｐｈｏｔｏｓｙｓｔｅｍ ＩＩ ｐｓｂＮꎬ ｐｓｂＴꎬ ｐｓｂＺ
ＮＡＤＨ 脱氢酶 ｎｄｈＡ∗ꎬ ｎｄｈＢ ∗ ( ２ )ꎬ ｎｄｈＣꎬ ｎｄｈＤꎬ ｎｄｈＥꎬ ｎｄｈＦꎬ ｎｄｈＧꎬ ｎｄｈＨꎬ ｎｄｈＩꎬ
ＮＡＤＨ ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ ｎｄｈＪꎬ ｎｄｈＫ
细胞色素 ｂ / ｆ 复合体 ｐｅｔＡꎬ ｐｅｔＢ∗ꎬ ｐｅｔＤ∗ꎬ ｐｅｔＧꎬ ｐｅｔＬꎬ ｐｅｔＮ
Ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｂ / ｆ ｃｏｍｐｌｅｘ
ＡＴＰ 合成酶 ａｔｐＡꎬ ａｔｐＢꎬ ａｔｐＥꎬ ａｔｐＦ∗ꎬ ａｔｐＨꎬ ａｔｐＩ
ＡＴＰ ｓｙｎｔｈａｓｅ
二磷酸核酮糖羧化酶大亚基 ｒｂｃＬ
Ｒｕｂｉｓｃｏ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔ
自我复制 核糖体大亚基蛋白 ｒｐｌ１４ꎬ ｒｐｌ１６∗ꎬ ｒｐｌ２∗(２)ꎬ ｒｐｌ２０ꎬ ｒｐｌ２３(２)ꎬ ｒｐｌ３２ꎬ ｒｐｌ３３ꎬ ｒｐｌ３６
Ｓｅｌｆ￣ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ ｌａｒｇｅ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｕｂｕｎｉｔ
核糖体小亚基蛋白 ｒｐｓ１１ꎬ ｒｐｓ１２∗∗(２)ꎬ ｒｐｓ１４ꎬ ｒｐｓ１５ꎬ ｒｐｓ１６∗ꎬ ｒｐｓ１８ꎬ ｒｐｓ１９ꎬ ｒｐｓ２ꎬ ｒｐｓ３ꎬ ｒｐｓ４ꎬ
Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ ｓｍａｌｌ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｕｂｕｎｉｔ ｒｐｓ７(２)ꎬ ｒｐｓ８
ＲＮＡ 聚合酶亚基 ｒｐｏＡꎬ ｒｐｏＢꎬ ｒｐｏＣ１∗ꎬ ｒｐｏＣ２
Ｓｕｂｕｎｉｔｓ ｏｆ ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ
核糖体 ＲＮＡ ｒｒｎ１６(２)ꎬ ｒｒｎ２３(２)ꎬ ｒｒｎ４.５(２)ꎬ ｒｒｎ５(２)
Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡｓ
转运 ＲＮＡ ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ∗(２)ꎬ ｔｒｎＣ￣ＧＣＡꎬ ｔｒｎＤ￣ＧＵＣꎬ ｔｒｎＥ￣ＵＵＣꎬ ｔｒｎＦ￣ＧＡＡꎬ ｔｒｎＧ￣ＧＣＣꎬ ｔｒｎＧ￣
Ｔｒａｎｓｆｅｒ ＲＮＡｓ ＵＣＣ∗ꎬ ｔｒｎＨ￣ＧＵＧꎬ ｔｒｎＩ￣ＣＡＵ(２)ꎬ ｔｒｎＩ￣ＧＡＵ∗(２)ꎬ ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ∗ꎬ ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ(２)ꎬ
ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ∗ꎬ ｔｒｎＬ￣ＵＡＧꎬ ｔｒｎＭ￣ＣＡＵꎬ ｔｒｎＮ￣ＧＵＵ(２)ꎬ ｔｒｎＰ￣ＵＧＧꎬ ｔｒｎＱ￣ＵＵＧꎬ ｔｒｎＲ￣
ＡＣＧ ( ２)ꎬ ｔｒｎＲ￣ＵＣＵꎬ ｔｒｎＳ￣ＧＣＵꎬ ｔｒｎＳ￣ＧＧＡꎬ ｔｒｎＳ￣ＵＧＡꎬ ｔｒｎＴ￣ＧＧＵꎬ ｔｒｎＴ￣ＵＧＵꎬ
ｔｒｎＶ￣ＧＡＣ(２)ꎬ ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ∗ꎬ ｔｒｎＷ￣ＣＣＡꎬ ｔｒｎＹ￣ＧＵＡꎬ ｔｒｎｆＭ￣ＣＡＵ
其他基因 成熟酶 ｍａｔＫ
Ｏｔｈｅｒ ｇｅｎｅｓ Ｍａｔｕｒａｓｅ
蛋白酶 ｃｌｐＰ∗∗
Ｐｒｏｔｅａｓｅ
包膜蛋白 ｃｅｍＡ
Ｅｎｖｅｌｏｐｅ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ
乙酰辅酶 Ａ 羧化酶 ａｃｃＤ
Ａｃｅｔｙｌ￣ＣｏＡ ｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ
ｃ 型细胞色素合成 ｃｃｓＡ
ｃ￣ｔｙｐｅ ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ
未知功能 假定叶绿体阅读框 ｙｃｆ１ꎬ ｙｃｆ２(２)ꎬ ｙｃｆ３∗∗ꎬ ｙｃｆ４
Ｕｎｋｎｏｗｎ ｆｕｎｃｔｉｏｎ Ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅｓ
注: ∗表示含 １ 个内含子的基因ꎻ ∗∗表示含有 ２ 个内含子的基因ꎻ (２)表示该基因具有 ２ 个拷贝ꎮ
Ｎｏｔｅ: ∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｏｎｅ ｉｎｔｒｏｎꎻ ∗∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｔｗｏ ｉｎｔｒｏｎｓꎻ (２) ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｉｓ ｐｒｅｓｅｎｔ ｉｎ
ｔｗｏ ｃｏｐｉｅｓ.
最优密码子(表 ２)ꎮ 和 ＩＲｂ)ꎮ 其中ꎬｙｃｆ１ 和 ｔｒｎＳ￣ＧＣＵ－ｔｒｎＧ￣ＵＣＣ 等区域
２.４ 核苷酸多样性分析 表现出较高的序列变异ꎬ可作为后续分子标记开
为筛选潜在的物种鉴定分子标记ꎬ对 ２０ 个云 发的候选区域ꎬ其物种鉴定效果仍需进一步验证ꎮ
实亚科物种的叶绿体基因组进行了核苷酸多样性 ２.５ 系统发育树构建与分化时间校准
(Ｐｉ)的滑动窗口分析ꎮ 结果( 图 ７) 显示ꎬ序列变 本研究基于叶绿体基因组数据ꎬ采用最大似
异在基因组不同区域分布不均ꎬ单拷贝区( ＬＳＣ 和 然法(ＭＬ)和贝叶斯推断法( ＢＩ) 对豆科植物进行
ＳＳＣ)的核苷酸多样性总体高于反向重复区( ＩＲａ 了系统发育分析ꎮ 分析涵盖了豆科 ５ 个主要亚科
