Page 115 - 《广西植物》2022年第10期
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１０ 期 顾嘉豪等: 净多样化速率和进化时间对虎耳草目科间物种多样性差异的影响 １ ７ ３ ３
表 １ 虎耳草目 １５ 个科有关数据统计
Ｔａｂｌｅ １ Ｒｅｌｅｖａｎｔ ｄａｔａ ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ ｏｆ １５ ｆａｍｉｌｉｅｓ ｏｆ ｏｒｄｅｒ Ｓａｘｉｆｒａｇａｌｅｓ
净多样化速率
冠龄 干龄 物种数目 种化速率 灭绝速率 取样率
科名 Ｃｒｏｗｎ Ｓｐｅｃｉａｔｉｏｎ Ｅｘｔｉｎｃｔｉｏｎ Ｎｅｔ
Ｓｔｅｍ ａｇｅ Ｓｐｅｃｉｅｓ ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｓａｍｐｌｉｎｇ
Ｆａｍｉｌｙ ａｇｅ ｒａｔｅ ｒａｔｅ
(Ｍｙｒ) ｎｕｍｂｅｒ ｒａｔｅ ｒａｔｅ
￣１
￣１
(Ｍｙｒ) (Ｍｙｒ ) (Ｍｙｒ ) ￣１
(Ｍｙｒ )
锁阳科 Ｃｙｎｏｍｏｒｉａｃｅａｅ １３.９０６ ２７.８１１ １ ０.０５３ ０.０１１ ０.０４２ １.００
四心木科 Ｔｅｔｒａｃａｒｐａｅａｃｅａｅ ４１.７２６ ８３.４５２ １ ０.１７９ ０.０６１ ０.１１８ １.００
隐瓣藤科 Ａｐｈａｎｏｐｅｔａｌａｃｅａｅ ９.９９０ ８３.１４７ ２ ０.０５２ ０.０２０ ０.０３２ １.００
连香树科 Ｃｅｒｃｉｄｉｐｈｙｌｌａｃｅａｅ ３.００９ ６６.３５７ ２ ０.０９２ ０.０４２ ０.０５０ １.００
扯根菜科 Ｐｅｎｔｈｏｒａｃｅａｅ ８.５１３ ７２.０９０ ２ ０.０５１ ０.０２０ ０.０３１ １.００
围盘树科 Ｐｅｒｉｄｉｓｃａｃｅａｅ ８２.６６２ １１０.７６９ １１ ０.０４９ ０.０１１ ０.０３８ ０.６４
蕈树科 Ａｌｔｉｎｇｉａｃｅａｅ ２２.４２３ ５６.９６９ １６ ０.１７２ ０.０９２ ０.０８０ ０.８１
鼠刺科 Ｉｔｅａｃｅａｅ ６３.８５１ ９１.０３０ ２５ ０.０６６ ０.００５ ０.０６１ ０.５６
虎皮楠科 Ｄａｐｈｎｉｐｈｙｌｌａｃｅａｅ １９.９１８ ９５.９３０ ２９ ０.０７９ ０.０２１ ０.０５８ ０.４１
芍药科 Ｐａｅｏｎｉａｃｅａｅ １２.２１６ １０８.２６５ ５０ ０.２４８ ０.０５９ ０.１８９ ０.６４
金缕梅科 Ｈａｍａｍｅｌｉｄａｃｅａｅ ３８.６９１ ５６.９６９ １０４ ０.２１８ ０.１１９ ０.０９９ ０.５５
小二仙草科 Ｈａｌｏｒａｇａｃｅａｅ ２８.３３８ ７２.０９０ １６５ ０.２３２ ０.０７８ ０.１５４ ０.６１
茶藨子科 Ｇｒｏｓｓｕｌａｒｉａｃｅａｅ ２０.６９１ ８５.６９０ １９５ ０.２３２ ０.０４１ ０.１９１ ０.４４
虎耳草科 Ｓａｘｉｆｒａｇａｃｅａｅ ６４.５９９ ８５.６９０ ８６９ ０.１２８ ０.０１３ ０.１１５ ０.６６
景天科 Ｃｒａｓｓｕｌａｃｅａｅ ７９.１３４ １０６.３６４ １ ６７８ ０.１５８ ０.０３６ ０.１２２ ０.３８
滞或者灭绝事件导致的长枝的影响( Ｓｔａｄｌｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ
２０１４ꎻ Ｓａｎｃｈｅｚ￣Ｒｅｙｅｓ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７)ꎮ 为了更加全面
充分地评估进化时间与物种丰富度的关系ꎬ本研
究同时分析了各个科干龄以及冠龄与其物种多样
性的关系ꎮ
为了提取不同科的冠龄和干龄ꎬ本研究利用 Ｒ
语言 ａｐｅ 程辑包( Ｐａｒａｄｉｓ ＆ Ｓｃｈｌｉｅｐꎬ ２０１９ꎻＲ Ｃｏｒｅ
Ｔｅａｍꎬ ２０２１)中 ｇｅｔＭＲＣＡ( ) 函数从系统发育树上
找到每个科内的物种对应的共同祖先的节点ꎬ该
节点的年龄即为该科的冠龄ꎬ该节点的父节点即 图 １ 干龄和冠龄的示意图(单位:百万年)
Ｆｉｇ. １ Ｓｃｈｅｍａｔｉｃ ｄｉａｇｒａｍ ｏｆ ｓｔｅｍ ａｇｅ ａｎｄ
为该科的干龄ꎮ 虎耳草目各个节点的年龄使用 Ｒ
程序中的 ａｐｅ 程辑包中的 ｂｒａｎｃｈｉｎｇ.ｔｉｍｅｓ ( ) 函数 ｃｒｏｗｎ ａｇｅ (Ｕｎｉｔ: Ｍｙｒ)
提取ꎮ 各个科的冠龄节点的编号使用 ａｐｅ 程辑包
中的 ｇｅｔＭＲＣＡ()函数提取ꎮ 根据每个科的冠龄节 样本( ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ｓａｍｐｌｉｎｇ ｓｉｚｅｓꎬ ＥＳＳ) 的 大 小ꎮ ＥＳＳ
点和干龄节点编号( ｎｏｄｅｌａｂｌｅ)ꎬ分别获取到 １５ 个 检查结果大于 ２００ꎬ说明 ＭＣＭＣ 过程有足够的独立
科的冠龄和干龄ꎮ 样本ꎬ估计的结果比较稳定ꎮ
１.４ 科的多样化速率 虎耳 草 目 １５ 个 科 的 物 种 多 样 化 速 率 使 用
本研究利用宏观进化贝叶斯分析法( Ｂａｙｅｓｉａｎ ＢＡＭＭｔｏｏｌｓ 程辑包的 ｇｅｔＣｌａｄｅＲａｔｅｓ( ) 函数提取ꎮ
ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍａｃｒｏｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｍｉｘｔｕｒｅｓꎬ ＢＡＭＭ)ꎬ 使 该方法提取了科内所有分支的枝长加权平均的种
用 Ｒ 语言中的程辑包 ＢＡＭＭｔｏｏｌｓ 获取科的多样化 化 速 率 ( ｓｐｅｃｉａｔｉｏｎ ｒａｔｅ) 和 灭 绝 速 率 ( ｅｘｔｉｎｃｔｉｏｎ
速率(Ｒａｂｏｓｋｙ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４)ꎮ 马尔可夫链蒙特卡 ｒａｔｅ)ꎮ 净多样化速率等于种化速率与灭绝速率的
洛(Ｍａｒｋｏｖ ｃｈａｉｎ Ｍｏｎｔｅ ＣａｒｌｏꎬＭＣＭＣ) 运行长度为 差值ꎮ 由于灭绝速率的估计存在较大的不确定
１ ０００万代ꎬ每１ ０００代取样一次ꎮ 运行结束后ꎬ在 性ꎬ本研究中同时分析了种化速率和净多样化速
Ｒ 语言中使用程辑包 ｃｏｄａ 检查链的收敛性和有效 率与物种多样性的关系ꎮ
