Page 70 - 《广西植物》2022年第10期
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1 6 8 8                               广  西  植  物                                          42 卷
                                                续表 1
             物种                目             科         数据来源
            Species           Order        Family      Data source
             红花               菊目            菊科         https: / / safflower.scuec.edu.cn / download.html
        Carthamus tinctorius  Asterales   Asteraceae
             芹菜              伞形目           伞形科         http: / / celerydb.bio2db.com
         Apium graveolens    Apiales       Apiaceae
             葡萄              葡萄目           葡萄科         http: / / www.grapegenomics.com / pages/ VvCabSauv / download.php
          Vitis vinifera     Vitales       Vitaceae
            野黄瓜              葫芦目           葫芦科         https: / / figshare.com / articles/ dataset/ Genome_assembly_of_
         Cucumis hystrix   Cucurbitales  Cucurbitaceae  Cucumis_hystrix / 13377671
             菜豆               豆目            豆科         https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Phaseolus+
         Phaseolus vulgaris  Fabales       Fabaceae    vulgaris
            雷公藤              卫矛目           卫矛科         https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / 12874
        Tripterygium wilfordii  Celastrales  Celastraceae
             苹果              蔷薇目           蔷薇科         https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Malus+domestica
         Malus domestica     Rosales       Rosaceae
          欧洲大叶杨             金虎尾目           杨柳科         https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Populus+
        Populus trichocarpa  Malpighiales  Salicaceae  trichocarpa
            垂枝桦              壳斗目           桦木科         https: / / genomevolution.org / CoGe / GenomeInfo.pl? gid = 35080
          Betula pendula     Fagales      Betulaceae
             杨桃             酢浆草目          酢浆草科         https: / / ngdc.cncb.ac.cn / search / ? dbId = gwh&q =
        Averrhoa carambola  Oxalidales    Oxalidaceae  GWHABKE00000000
            可可树              锦葵目           锦葵科         https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Theobroma+
         Theobroma cacao     Malvales     Malvaceae    cacao
             大桉             桃金娘目          桃金娘科         https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = Eucalyptus+
        Eucalyptus grandis   Myrtales     Myrtaceae    grandis
            漾濞槭             无患子目          无患子科         http: / / gigadb.org / dataset/ 100610
         Acer yangbiense    Sapindales    Sapindaceae
             珙桐             山茱萸目          蓝果树科         https: / / ngdc.cncb.ac.cn / search / ? dbId = gwh&q =
        Davidia involucrata  Cornales     Nyssaceae    %20PRJCA001721&page = 1
            伯乐树             十字花目          叠珠树科         https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = GCA_
       Bretschneidera sinensis  Brassicales  Akaniaceae  018105755.1
            连香树             虎耳草目          连香树科         https: / / doi.org / 10.1111 / nph.16798
      Cercidiphyllum japonicum  Saxifragales  Cercidiphyllaceae
          四川金粟兰             金粟兰目          金粟兰科         https: / / github.com / yongzhiyang2012 / Chloranthus ̄sessilifolius ̄
       Chloranthus sessilifolius  Chloranthales  Chloranthaceae  genome / tree / main / Annotation
             参薯              薯蓣目           薯蓣科         https: / / phytozome ̄next.jgi.doe.gov / info / Dalata_v2_1
         Dioscorea alata   Dioscoreales  Dioscoreaceae
            芒苞草             露兜树目          翡若翠科         https: / / www.ncbi.nlm.nih.gov / genome / ? term = PRJNA703828
      Acanthochlamys bracteata  Pandanales  Velloziaceae
           滇南黄杨              黄杨目           黄杨科         https: / / datadryad.org / stash / dataset/ doi:10.5061 / dryad.cjsxksn6d
       Buxus austroyunnanensis  Buxales    Buxaceae



   美符合正态分布且没有明显的长尾分布现象ꎮ                              假设所得到的结果更接近于真实情况ꎬ因此基因
       当假设 Ks 值的时间累积系数( v) 服从正态分                     的进化速率不是相对恒定的ꎬ它可能并非等速进
   布时ꎬ最初设置假设的 Ks 分布为 X ~ N(μ ꎬσ              v  2 )ꎬ  行ꎬ而是在不同年代具有不同的进化速度ꎬ这可能
                                         v
                                   v
   其中 μ = 0.2ꎬσ = 0.01ꎬμ = 1.02ꎬσ = 0.01ꎬn = 100ꎮ    符合正态分布ꎮ 对模拟的 Ks 分布通过高斯拟合
                                  v
                         v
   每迭代 10 次ꎬ绘制 Ks 分布结果( 图 2:B)ꎮ 随着                   获取峰值时ꎬ发现 Ks 峰值与进化速率匀速时的没
   进化事件的推移ꎬKs 峰值逐渐变大ꎬKs 分布不再                         有明显差异(表 2)ꎮ 因此ꎬKs 分布中长尾现象对
   是正态分布ꎬ并带有明显的长尾现象ꎮ 由于这种                            提取到的 Ks 峰值的影响较小ꎮ
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