Page 71 - 《广西植物》2022年第10期

１０ 期 焦贝贝等: 基于 Ｋｓ 分布的被子植物演化的时间尺度研究 １ ６ ８ ９

Ａ. 水稻基因组的共线性区块ꎻ Ｂ. 共线性区块上 Ｋｓ 值的拟合分布ꎻ Ｃ. 共线性区块 Ｋｓ 值的核密度估计ꎮ
Ａ. Ｓｙｎｔｅｎｙ ｂｌｏｃｋｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ ｇｅｎｏｍｅꎻ Ｂ. Ｆｉｔｔｅｄ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ Ｋｓ ｖａｌｕｅｓ ｆｏｒ ｓｙｎｔｅｎｙ ｂｌｏｃｋｓꎻ Ｃ. Ｋｅｒｎｅｌ ｄｅｎｓｉｔｙ ｏｆ Ｋｓ ｖａｌｕｅｓ ｆｏｒ
ｓｙｎｔｅｎｙ ｂｌｏｃｋｓ.
图 １ Ｋｓ 分布
Ｆｉｇ. １ Ｋｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ

表 ２ 不同进化速率模拟下的 Ｋｓ 峰值
Ｔａｂｌｅ ２ Ｋｓ ｐｅａｋｓ ｕｎｄｅｒ ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｓ ａｔ
ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｒａｔｅｓ
迭代次数 匀速分布 正态分布
差异
Ｎｕｍｂｅｒ ｏｆ Ｕｎｉｆｏｒｍ Ｎｏｒｍａｌ
Ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ
ｉｔｅｒａｔｉｏｎｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ
０ ０.２００ ０.２００ ０.０００
１０ ０.２４４ ０.２４３ －０.００１
２０ ０.２９７ ０.２９７ ０.０００
３０ ０.３６２ ０.３５５ －０.００７
４０ ０.４４２ ０.４３１ ０.０１０
５０ ０.５３８ ０.５３１ ０.００８
６０ ０.６５６ ０.６５０ －０.００６
７０ ０.８００ ０.７９２ －０.００８
８０ ０.９７５ ０.９６１ －０.０１４
９０ １.１８９ １.１８０ －０.００９
１００ １.４４９ １.４４２ －０.００７

２.２ Ｋｓ 分布矫正方法
Ａ. Ｋｓ 分布在恒定进化速率下的模拟ꎻ Ｂ. Ｋｓ 分布在进化速
被子植物基因组常常经历不止一次多倍化事
率服从正态分布的模拟ꎮ
Ａ. Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｋｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ａｔ ａ ｃｏｎｓｔａｎｔ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｒａｔｅꎻ 件ꎬ不同物种的进化速率显著不同ꎬ从而导致共享
Ｂ. Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ Ｋｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｕｎｄｅｒ ａ ｎｏｒｍａｌ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ
ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｒａｔｅｓ. 的多倍化事件的 Ｋｓ 峰值也大不相同ꎮ 而 Ｋｓ 分布矫
正方法的核心理念就是将这些共享事件的 Ｋｓ 峰矫
图 ２ Ｋｓ 分布在不同进化速率下的模拟结果
正到一起ꎮ 根据共享事件的不同ꎬＫｓ 分布矫正方法
Ｆｉｇ. ２ Ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ ｒｅｓｕｌｔｓ ｏｆ Ｋｓ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ
ａｔ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｒａｔｅｓ 可分为共享多倍化和共享分化两种情况ꎮ