Page 74 - 《广西植物》2022年第10期

１ ６ ９ ２ 广 西 植 物 ４２ 卷
表 ３ 部分核心被子植物与无油樟之间的 Ｋｓ 峰值 尺度基本一致( Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９ꎻＷｕ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０)ꎮ
Ｔａｂｌｅ ３ Ｋｓ ｐｅａｋｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ｓｏｍｅ ｓｐｅｃｉｅｓ ｏｆ 本研究结果还表明ꎬ被子植物基因组的进化速率虽
ｍｅｓａｎｇｉｏｓｐｅｒｍａｅ ａｎｄ Ａｍｂｏｒｅｌｌａ ｔｒｉｃｈｏｐｏｄａ
然差异显著ꎬ但不同分支间的进化速率仍具有一致
Ｋｓ 峰值 平均值 性ꎮ 并且ꎬ不同谱系的被子植物具有同步的辐射进
核心被子植物 物种
Ｋｓ Ａｖｅｒａｇｅ
Ｍｅｓａｎｇｉｏｓｐｅｒｍａｅ Ｓｐｅｃｉｅｓ 化和适应性进化现象ꎮ 随着更多高质量的被子植
ｐｅａｋ ｖａｌｕｅ
物基因组的公布和有效化石年份的准确测定ꎬ被子
真双子叶植物 昆栏树 １.６７１
Ｅｕｄｉｃｏｔｓ Ｔｒｏｃｈｏｄｅｎｄｒｏｎ ａｒａｌｉｏｉｄｅｓ
植物演化的时间尺度会越来越清晰ꎬ更有利于植物
连香树 １.７００
Ｃｅｒｃｉｄｉｐｈｙｌｌｕｍ ｊａｐｏｎｉｃｕｍ 系统发育的构建和更深层次的理解物种的演化
滇南黄杨 １.７５０ 历程ꎮ
Ｂｕｘｕｓ ａｕｓｔｒｏｙｕｎｎａｎｅｎｓｉｓ
葡萄 １.８０４
Ｖｉｔｉｓ ｖｉｎｉｆｅｒａ
洛杉矶耧斗菜 １.７８９ １.７４３ 参考文献:
Ａｑｕｉｌｅｇｉａ ｃｏｅｒｕｌｅａ
木兰类植物 鹅掌楸 １.６２８
Ｍａｇｎｏｌｉｉｄｓ Ｌｉｒｉｏｄｅｎｄｒｏｎ ｃｈｉｎｅｎｓｅ ＤＯＮＯＧＨＵＥ ＰＣꎬ ＹＡＮＧ ＺＨꎬ ２０１６. Ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｍｅｔｈｏｄｓ
牛樟 １.６４２ ｆｏｒ ｅｓｔａｂｌｉｓｈｉｎｇ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｔｉｍｅｓｃａｌｅｓ [Ｊ]. Ｐｈｉｌ Ｔｒａｎｓ Ｒｏｙ
Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ ｋａｎｅｈｉｒａｅ Ｓｏｃ Ｂ: Ｂｉｏｌ Ｓｃｉꎬ ３７１(１６９９): １－１１.
柳叶蜡梅 １.６８４ １.６５１ ＨＵＧ ＬＡꎬ ＲＯＧＥＲ ＡＪꎬ ２００７. Ｔｈｅ ｉｍｐａｃｔ ｏｆ ｆｏｓｓｉｌｓ ａｎｄ ｔａｘｏｎ
Ｃｈｉｍｏｎａｎｔｈｕｓ ｓａｌｉｃｉｆｏｌｉｕｓ
单子叶植物 水稻 ２.２７３ ｓａｍｐｌｉｎｇ ｏｎ ａｎｃｉｅｎｔ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄａｔｉｎｇ ａｎａｌｙｓｅｓ [Ｊ]. Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ
Ｍｏｎｏｃｏｔｓ Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ Ｅｖｏｌꎬ ２４(８): １８８９－１８９７.
紫萍 ２.２１０ ＪＩＡＯ ＹＮꎬ ＷＩＣＫＥＴＴ ＮＪꎬ ＡＹＹＡＭＰＡＬＡＹＡＭ Ｓꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
Ｓｐｉｒｏｄｅｌａ ｐｏｌｙｒｈｉｚａ
２０１１. Ａｎｃｅｓｔｒａｌ ｐｏｌｙｐｌｏｉｄｙ ｉｎ ｓｅｅｄ ｐｌａｎｔｓ ａｎｄ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ
椰子 １.８３４
Ｃｏｃｏｓ ｎｕｃｉｆｅｒａ [Ｊ]. Ｎａｔｕｒｅꎬ ４７３(７３４５): ９７－１００.
菠萝 ２.１０６ ＫＲＥＳＳ ＷＪꎬ ＳＯＬＴＩＳ ＤＥꎬ ＫＥＲＳＥＹ ＰＪꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ｇｒｅｅｎ
Ａｎａｎａｓ ｃｏｍｏｓｕｓ
ｐｌａｎｔ ｇｅｎｏｍｅｓ: Ｗｈａｔ ｗｅ ｋｎｏｗ ｉｎ ａｎ ｅｒａ ｏｆ ｒａｐｉｄｌｙ ｅｘｐａｎｄｉｎｇ
芒苞草 ２.１１７
Ａｃａｎｔｈｏｃｈｌａｍｙｓ ｂｒａｃｔｅａｔａ ｏｐｐｏｒｔｕｎｉｔｉｅｓ [Ｊ]. Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉꎬ １１９(４): １－９.
参薯 １.９５０ ２.０８２ ＬＡＮＦＥＡＲ Ｒꎬ ＨＯ ＳＹＷꎬ ＪＯＮＡＴＨＡＮ ＤＡＶＩＥＳ Ｔꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
Ｄｉｏｓｃｏｒｅａ ａｌａｔａ
２０１３. Ｔａｌｌｅｒ ｐｌａｎｔｓ ｈａｖｅ ｌｏｗｅｒ ｒａｔｅｓ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ
[Ｊ]. Ｎａｔ Ｃｏｍｍꎬ ４(１): １８７９.
ＬＡＮＦＥＡＲ Ｒꎬ ＷＥＬＣＨ ＪＪꎬ ＢＲＯＭＨＡＭ Ｌꎬ ２０１０. Ｗａｔｃｈｉｎｇ ｔｈｅ
值的中位数更能代表真实的 Ｋｓ 峰值ꎮ 此外ꎬ还进
ｃｌｏｃｋ: ｓｔｕｄｙｉｎｇ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｉｎ ｒａｔｅｓ ｏｆ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ
一步解析了 Ｋｓ 分布中常见的长尾现象ꎬ本研究模
ｂｅｔｗｅｅｎ ｓｐｅｃｉｅｓ [Ｊ]. Ｔｒｅｎｄ Ｅｃｏｌ Ｅｖｏｌꎬ ２５(９): ４９５－５０３.
拟结果表明基因的进化速率并非相对恒定和等速 ＬＩ ＨＴꎬ ＹＩ ＴＳꎬ ＧＡＯ ＬＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１９. Ｏｒｉｇｉｎ ｏｆ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ
进行ꎮ 当假设进化速率并非相对恒定ꎬ而是符合 ａｎｄ ｔｈｅ ｐｕｚｚｌｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｊｕｒａｓｓｉｃ ｇａｐ [Ｊ]. Ｎａｔ Ｐｌａｎｔꎬ ５(５):
正态分布的时候ꎬＫｓ 分布出现了有明显的长尾现 ４６１－４７０.
ＬＩ Ｌꎬ ＳＴＯＥＣＫＥＲＴ ＣＪꎬ ＲＯＯＳ ＤＳꎬ ２００３. ＯｒｔｈｏＭＣＬ:
象ꎬ 但 这 并 不 影 响 提 取 到 的 Ｋｓ 峰 值 的 准 确 性ꎮ
ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｒｔｈｏｌｏｇ ｇｒｏｕｐｓ ｆｏｒ ｅｕｋａｒｙｏｔｉｃ ｇｅｎｏｍｅｓ
Ｖａｎｎｅｓｔｅ 等(２０１３) 研究表明ꎬ当 Ｋｓ 值大于 １ 时ꎬ
[Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓꎬ １３(９): ２１７８－２１８９.
容易受到饱和效应的影响ꎬ并且随着 Ｋｓ 值增大ꎬ
ＬＵＯ Ａꎬ ＤＵＣＨÊＮＥ ＤＡꎬ ＺＨＡＮＧ Ｃꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２０. Ａ
这种效应越明显ꎮ 模拟的 Ｋｓ 峰值范围接近于 １ꎬ
ｓｉｍｕｌａｔｉｏｎ￣ｂａｓｅｄ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｉｐ￣ｄａｔｉｎｇ ｕｎｄｅｒ ｔｈｅ ｆｏｓｓｉｌｉｚｅｄ
随着 Ｋｓ 峰值增大ꎬ估计的 Ｋｓ 峰值可能会受到饱 ｂｉｒｔｈ￣ｄｅａｔｈ ｐｒｏｃｅｓｓ [Ｊ]. Ｓｙｓｔ Ｂｉｏｌꎬ ６９(２): ３２５－３４４.
和效应的影响ꎮ ＬＵＯ Ｊꎬ ＺＨＡＮＧ ＹＰꎬ ２０００. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｃｌｏｃｋ ａｎｄ ｉｔｓ ｅｘｉｓｔｉｎｇ
本研究还详细描述了基于 Ｋｓ 峰值的矫正方法 ｐｒｏｂｌｅｍｓ [Ｊ]. Ａｃｔａ Ａｎｔｈｒｏｐｏｌ Ｓｉｎꎬ １９(２): １５１－１５９. [罗
静ꎬ 张亚平ꎬ ２０００. 分子钟及其存在的问题 [Ｊ]. 人类学
的矫正过程ꎮ 先前的研究只对共享多倍化和共享
学报ꎬ １９(２): １５１－１５９.]
早期分化两种情况分开进行了描述ꎬ这是首次全面
ＭＡＧＡＬＬÓＮ Ｓꎬ ２０１０. Ｕｓｉｎｇ ｆｏｓｓｉｌｓ ｔｏ ｂｒｅａｋ ｌｏｎｇ ｂｒａｎｃｈｅｓ ｉｎ
的描述ꎬ有助于深入理解和传播ꎮ 基于该方法ꎬ还
ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄａｔｉｎｇ: ａ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｒｅｌａｘｅｄ ｃｌｏｃｋｓ ａｐｐｌｉｅｄ ｔｏ
对 ４４ 个高质量的被子植物基因组演化事件的时间 ｔｈｅ ｏｒｉｇｉｎ ｏｆ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ [Ｊ]. Ｓｙｓｔ Ｂｉｏｌꎬ ５９(４): ３８４－３９９.
尺度进行了重新估计ꎬ估计结果与近期发表的时间 ＲＥＮ Ｒꎬ ＷＡＮＧ ＨＦꎬ ＧＵＯ ＣＣꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８. Ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ｗｈｏｌｅ