Page 134 - 《广西植物》2022年第10期
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１ ７ ５ ２ 广 西 植 物 ４２ 卷
表 １ 白花刺续断样品采集信息
Ｔａｂｌｅ １ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｏｆ Ａｃａｎｔｈｏｃａｌｙｘ ａｌｂａ ｓａｍｐｌｅｓ
编号 采集地点 凭证标本 经纬度 海拔
Ｃｏｄｅ Ｌｏｃａｌｉｔｙ Ｖｏｕｃｈｅｒ ｓｐｅｃｉｍｅｎ Ｌａｔｉｔｕｄｅ ａｎｄ ｌｏｎｇｉｔｕｄｅ Ａｌｔｉｔｕｄｅ (ｍ)
ＳＤ０１ 四川省稻城县桑堆镇 ＺＤＱ１７１１５ １００°１０′２１.４１″ Ｅꎬ ２９°０７′５３.４１″ Ｎ ４ ００５
Ｓａｎｇｄｕｉ Ｔｏｗｎꎬ Ｄａｏｃｈｅｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＳＤ０２ 四川省稻城县桑堆镇 ＺＤＱ１７１１５ １００°１０′２１.４１″ Ｅꎬ ２９°０７′５３.４１″ Ｎ ４ ００５
Ｓａｎｇｄｕｉ Ｔｏｗｎꎬ Ｄａｏｃｈｅｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＹＤ０１ 四川省稻城县亚丁机场 ＺＤＱ１７１０５ １００°０５′０２.７６″ Ｅꎬ ２９°１５′１７.８７″ Ｎ ３ ８２３
Ｙａｄｉｎｇ Ａｉｒｐｏｒｔꎬ Ｄａｏｃｈｅｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＹＤ０２ 四川省稻城县亚丁机场 ＺＤＱ１７１０５ １００°０５′０２.７６″ Ｅꎬ ２９°１５′１７.８７″ Ｎ ３ ８２３
Ｙａｄｉｎｇ Ａｉｒｐｏｒｔꎬ Ｄａｏｃｈｅｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＤＦ０１ 四川省道孚县 ＺＤＱ１７１７８ １０１°１９′５１.１９″ Ｅꎬ ３０°４４′５９.６２″ Ｎ ３ ８５０
Ｄａｏｆｕ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＤＦ０２ 四川省道孚县 ＺＤＱ１７１７８ １０１°１９′５１.１９″ Ｅꎬ ３０°４４′５９.６２″ Ｎ ３ ８５０
Ｄａｏｆｕ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＬＴ０１ 四川省理塘县 ＺＤＱ１７１２４ １００°１３′４０.３５″ Ｅꎬ ２９°２９′０４.７３″ Ｎ ４ ５１０
Ｌｉｔａｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＬＴ０２ 四川省理塘县 ＺＤＱ１７１２４ １００°１３′４０.３５″ Ｅꎬ ２９°２９′０４.７３″ Ｎ ４ ５１０
Ｌｉｔａｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＫＤ０１ 四川省康定县 ＺＤＱ１６０３５ １０１°２４′０１.５７″ Ｅꎬ ３０°０２′５１.００″ Ｎ ３ ８８４
Ｋａｎｇｄｉｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
ＫＤ０２ 四川省康定县 ＺＤＱ１６０３５ １０１°２４′０１.５７″ Ｅꎬ ３０°０２′５１.００″ Ｎ ３ ８８４
Ｋａｎｇｄｉｎｇ Ｃｏｕｎｔｙꎬ Ｓｉｃｈｕａｎ Ｐｒｏｖｉｎｃｅ
１.２ 基因组 ＤＮＡ 提取与测序 绘图工具 Ａｄｏｂｅ Ｉｌｌｕｓｔｒａｔｏｒ ＣＣ ２０１５ 进行人工调整ꎮ
ＤＮＡ 提取采用改良的 ＣＴＡＢ 方法ꎬ从硅胶干 同时ꎬ利用 ＭＩＳＡ 软件搜索简单重复序列( ｓｉｍｐｌｅ
燥的叶片材料中提取总基因组 ＤＮＡꎮ 利用 Ｃｏｖａｒｉｓ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｒｅｐｅａｔｓꎬＳＳＲ)位点并分析白花刺续断叶绿
超声波破碎仪将基因组 ＤＮＡ 片段 化ꎬ经 末 端 修 体基因组的 ＳＳＲ 特征ꎮ
复、加 Ａ 尾、加测序接头、纯化及 ＰＣＲ 扩 增 等 过 １.５ 序列差异比较分析
程ꎬ构建测序文库ꎮ 文库经质量检测合格后ꎬ使用 在采用 ＭＡＦＦＴ Ｖ.７.１２９ 软件对 １０ 条白花刺
带有双末端(ｐａｉｒ￣ｅｎｄ) (２×３００ ｂｐ) Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｈｉｓｅｑ 续断叶绿体基因组序列进行比对后ꎬ使用 ＢｉｏＥｄｉｔ
２ ５００ 平台进行二代测序ꎬ整个测序工作在北京诺 软件手动调整序列ꎮ 使用 ＤｎａＳＰ Ｖ.７.０.２６ 对叶绿
禾致源生物科技有限公司完成ꎮ 体基因组中的核苷酸变异性( Ｐ ) 进行滑动窗口分
ｉ
１.３ 叶绿体全基因组的组装、注释 析ꎮ 步长设置为 ２００ ｂｐꎬ窗口长度为 ６００ ｂｐꎮ Ｐ￣
经二代 测 序ꎬ 得 到 ４ Ｇ 左 右 原 始 数 据 ( Ｒａｗ ｄｉｓｔａｎｃｅ 使用 ＭＥＧＡ ｖ.７.０.２６ 软件进行统计分析ꎮ
Ｄａｔａ)ꎬ 经 Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ Ｖ. ０. ３２ 过 滤 处 理 后ꎬ 利 用 此外ꎬ将叶绿体基因组序列的注释进行格式转换ꎬ
ＧｅｔＯｒｇａｎｅｌｌｅ.ｐｙ 进行组装ꎬ后续数据处理参考本课 利 用 在 线 软 件 ｍＶＩＳＴＡ ( ｈｔｔｐ: / / ｇｅｎｏｍｅ. ｌｂｌ. ｇｏｖ /
题组前期工作(胡海粟和张德全ꎬ２０２１)ꎮ 以白花刺 ｖｉｓｔａ / ｍｖｉｓｔａ / ｓｕｂｍｉｔ. ｓｈｔｍｌ) 的 Ｓｈｕｆｆｌｅ￣ＬＡＧＡＮ 模 式
续断 ( 序列号: ＮＣ ＿０４５０５５) 为参考基 因 组ꎬ 使 用 对白花 刺 续 断 叶 绿 体 全 基 因 组 比 较 分 析ꎬ 选 取
Ｇｅｎｅｉｏｕｓ ８.０.２ 软件完成白花刺续断叶绿体全基因 Ａｃａｎｔｈｏｃａｌｙｘ ａｌｂａ(ＮＣ＿０４５０５５)作为参考序列ꎮ
组的注释ꎬ 并 将 其 提 交 到 ＮＣＢＩ 数 据 库 ( ｈｔｔｐｓ:/ / １.６ 系统发育分析
ｗｗｗ.ｎｃｂｉ. ｎｌｍ. ｎｉｈ. ｇｏｖ / )ꎬ利用在线工具 Ｏｒｇａｎｅｌｌａｒ 根据白花刺续断叶绿体基因组注释信息ꎬ从
Ｇｅｎｏｍｅ Ｄｒａｗ ( ｈｔｔｐｓ:/ / ｃｈｌｏｒｏｂｏｘ. ｍｐｉｍｐ￣ｇｏｌｍ. ｍｐｇ. ＮＣＢＩ 数据 库 下 载 已 发 表 的 川 续 断 科 及 忍 冬 科
ｄｅ / ＯＧＤｒａｗ.ｈｔｍｌ)绘制叶绿体基因组物理图谱ꎮ (Ｃａｐｒｉｆｏｌｉａｃｅａｅ)的 １１ 种植物的叶绿体全基因组序
１.４ ＩＲ / ＳＣ 边界收缩扩张及 ＳＳＲ 分析 列ꎬ用于 系 统 发 育 分 析ꎮ 选 择 小 粒 咖 啡 ( Ｃｏｆｆｅａ
将注 释 好 的 １０ 条 基 因 组 序 列 上 传 至 网 站 ａｒａｂｉｃａ)和中粒咖啡( Ｃ. ａｒａｂｉｃａ) 为外类群ꎬ使用
ＩＲｓｃｏｐｅ( ｈｔｔｐｓ: / / ｉｒｓｃｏｐｅ. ｓｈｉｎｙａｐｐｓ. ｉｏ / ｉｒａｐｐ / ) 进 行 ＭＡＦＦＴ Ｖ.７.１ 将白花刺续断与下载的叶绿体全基
ＩＲ 边界的收缩和扩张分析ꎬ最后得到的图片采用 因组序列进行多序列比对ꎮ 系统发育树的构建ꎬ
