Page 56 - 《广西植物》2023年第11期
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２ ０ １ ６ 广 西 植 物 ４３ 卷
表 ４ 桃叶珊瑚属 ６ 种植物叶绿体基因组最优密码子的确定
Ｔａｂｌｅ ４ Ｏｐｔｉｍａｌ ｃｏｄｏｎｓ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｉｘ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ
窄斑叶珊瑚 花叶青木
最优 峨眉桃叶珊瑚 Ａ. ａｌｂｏｐｕｎｃｔｉｆｏｌｉａ 桃叶珊瑚 Ａ. ｊａｐｏｎｉｃａ 纤尾桃叶珊瑚 密花桃叶珊瑚
密码子 Ａ. ｏｍｅｉｅｎｓｉｓ ｖａｒ. ａｎｇｕｓｔｕｌａ Ａ. ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ ｖａｒ. ｖａｒｉｅｇａｔａ Ａ. ｆｉｌｉｃａｕｄａ Ａ. ｃｏｎｆｅｒｔｉｆｌｏｒａ
Ｏｐｔｉｍａｌ
ｃｏｄｏｎ
ΔＲＳＣＵ ＲＳＣＵ ΔＲＳＣＵ ＲＳＣＵ ΔＲＳＣＵ ＲＳＣＵ ΔＲＳＣＵ ＲＳＣＵ ΔＲＳＣＵ ＲＳＣＵ ΔＲＳＣＵ ＲＳＣＵ
ＡＡＡ ０.４２ １.５２ ０.５３ １.５２ ０.３７ １.５２ ０.４４ １.５２ ０.３７ １.５２ ０.５１ １.５３
ＡＣＵ ０.７１ １.５９ ０.６３ １.６０ ０.７３ １.５９ ０.７６ １.６１ ０.８９ １.６０ ０.６５ １.５９
ＡＧＵ ０.５２ １.２３ ０.６５ １.２６ ０.５２ １.２４ ０.６３ １.２５ ０.５４ １.２５ ０.７９ １.２４
ＡＵＵ ０.１４ １.４４ ０.７５ １.４４ — — ０.２７ １.４４ ０.６４ １.４４ ０.７２ １.４５
ＣＡＡ ０.２７ １.５４ ０.２７ １.５４ ０.２３ １.５４ ０.３１ １.５４ ０.１２ １.５５ ０.２３ １.５４
ＣＡＵ ０.０８ １.５５ — — — — — — — — — —
ＣＣＵ ０.９３ １.５５ ０.７４ １.５７ ０.９８ １.５５ ０.９５ １.５６ ０.９２ １.５６ ０.６７ １.５５
ＣＧＡ ０.３７ １.３６ — — ０.４３ １.３６ ０.５１ １.３６ — — — —
ＣＧＵ ０.８８ １.４０ １.５７ １.４０ ０.８８ １.４０ ０.８０ １.３９ １.３１ １.４０ １.５７ １.４０
ＣＵＵ — — — — — — ０.１３ １.２５ — — — —
ＧＡＡ ０.３３ １.５３ ０.１９ １.５２ ０.３０ １.５３ ０.２５ １.５２ ０.２５ １.５２ ０.１８ １.５２
ＧＡＵ — — — — — — — — — — ０.１４ １.６１
ＧＣＵ ０.８４ １.８７ １.１６ １.８８ ０.８０ １.８８ １.０４ １.８７ １.５３ １.８８ １.２９ １.８７
ＧＧＵ ０.８１ １.３０ １.５１ １.３０ ０.８０ １.３０ ０.７３ １.３０ １.２９ １.３０ １.３２ １.３０
ＧＵＡ ０.１７ １.５０ ０.５１ １.４９ ０.２８ １.４９ — — ０.４５ １.４９ ０.５７ １.５０
ＧＵＵ ０.７０ １.４７ ０.８１ １.４８ ０.５２ １.４８ ０.９１ １.４９ ０.４７ １.４９ ０.７２ １.４７
ＵＡＵ ０.１５ １.６２ — — ０.１４ １.６２ ０.２２ １.６３ — — — —
ＵＣＵ ０.７８ １.７３ ０.６０ １.７０ ０.７９ １.７２ ０.７３ １.７２ ０.４６ １.７２ ０.４２ １.７３
ＵＧＵ ０.５３ １.５１ ０.９１ １.４９ ０.５０ １.５１ ０.４５ １.４９ ０.８９ １.４９ ０.７７ １.５１
ＵＵＧ — — ０.５６ １.２３ — — ０.１２ １.２３ ０.４２ １.２４ ０.６６ １.２３
ＵＵＡ １.０９ １.９１ — — １.１５ １.９１ ０.７７ １.９１ — — — —
ＵＵＵ ０.１６ １.３１ — — ０.１８ １.３１ — — — — — —
合计 Ｔｏｔａｌ １９ １５ １７ １８ １５ １６
注: ΔＲＳＣＵ ＝ 高表达基因 ＲＳＣＵ－低表达基因 ＲＳＣＵꎬΔＲＳＣＵ≥０.０８ 即为高表达密码子ꎮ ＲＳＣＵ 为桃叶珊瑚属叶绿体基因组 ＣＤＳ 的
相对同义密码子使用度ꎬＲＳＣＵ>１ 即为高频密码子ꎮ
Ｎｏｔｅ: ΔＲＳＣＵ ｉｓ ｅｑｕａｌ ｔｏ ＲＳＣＵ ｏｆ ｈｉｇｈ￣ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｇｅｎｅｓ ｍｉｎｕｓ ｔｈａｔ ｏｆ ｌｏｗ￣ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｇｅｎｅｓ. Ｉｆ ｔｈｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ (ΔＲＳＣＵ) ｉｓ ｇｒｅａｔｅｒ ｔｈａｎ ｏｒ
ｅｑｕａｌ ｔｏ ０.０８ꎬ ｔｈｅ ｃｏｄｏｎ ｗｉｌｌ ｂｅ ｒｅｇａｒｄｅｄ ａｓ ａ ｈｉｇｈｌｙ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｃｏｄｏｎ. ＲＳＣＵ ｖａｌｕｅ ｉｓ ｔｈｅ ｒｅｌａｔｉｖｅ ｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
ｇｅｎｏｍｅｓ ＣＤＳ ｏｆ Ａｕｃｕｂａ ｓｐｅｃｉｅｓ. Ｉｆ ｔｈｅ ｖａｌｕｅ ｏｆ ＲＳＣＵ ｉｓ ｇｒｅａｔｅｒ ｔｈａｎ １ꎬ ｔｈｅ ｃｏｄｏｎ ｗｉｌｌ ｂｅ ｒｅｇａｒｄｅｄ ａｓ ａ ｈｉｇｈ￣ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ ｃｏｄｏｎ.
目前ꎬ叶绿体基因组中被广泛应用于植物鉴定 (图 ８) 表明ꎬ基于叶绿体全基因组构建的 ＢＩ 树和
的 ３ 条通用的条形码为 ｍａｔＫ、ｒｂｃＬ 和 ｔｒｎＨ－ＧＵＧ－ ＭＬ 树展现出了完全一致的拓扑结构ꎬ桃叶珊瑚属
ｐｓｂＡꎬ但是在本研究中ꎬ这 ３ 个片段在桃叶珊瑚属叶 所有物种形成一个支持率高的单系( ＢＳ ＝ １００％ꎬ
绿体基因组序列中均显示了较低的 Ｐ 值ꎬ变异程度 ＰＰ ＝ １)ꎬ与丝缨花属构成姊妹类群ꎬ共同组成丝缨
ｉ
不理想ꎬ从 Ｐ 值的角度分析不适合做分子标记ꎮ 花科ꎮ 桃叶珊瑚属属内分化为两个进化支ꎬ峨眉桃
ｉ
３.８ 系统发育分析 叶珊瑚、密花桃叶珊瑚以及桃叶珊瑚共同组成进化
根据 ＢＩＣ 方法用 ＪＭｏｄｅｌｔｅｓｔ 筛选出核苷酸的最 支Ⅰ(Ｃｌａｄｅ Ⅰꎬ ＢＳ ＝ １００％ꎬ ＰＰ ＝ １)ꎬ花叶青木、青
佳替代模型均为 ＧＴＲ ＋Ｇꎮ 分别使用软件 ＭｒＢａｙｅｓ 木、纤尾桃叶珊瑚以及窄斑叶珊瑚共同组成进化支
和 ＩＱｔｒｅｅ 构建 ＢＩ 树和 ＭＬ 树ꎮ 系统发育分析结果 Ⅱ(Ｃｌａｄｅ Ⅱꎬ ＢＳ ＝ １００％ꎬ ＰＰ ＝ １)ꎮ
