Page 127 - 《广西植物》2025年第12期

１２ 期 张煜冰等: 棱枝槲寄生叶绿体基因组结构特征及系统发育分析 ２ ２ ６ ９

ａｎｄ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｇｅｎｅｔｉｃｓꎬ １１３(７): １２２１－１２３１. ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ
ＦＲＡＺＥＲ ＫＡꎬ ＰＡＣＨＴＥＲ Ｌꎬ ＰＯＬＩＡＫＯＶ Ａꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４. Ｔａｘｉｌｌｕｓ ｌｅｖｉｎｅｉ [Ｊ]. Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌ ａｎｄ Ｈｅｒｂａｌ Ｄｒｕｇｓꎬ
ＶＩＳＴＡ: Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｉｃｓ ５４(１０): ３２７３－３２８０. [蒋明ꎬ 王军峰ꎬ 吴丹ꎬ 等ꎬ ２０２３. 锈
[Ｊ]. Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ ３２(Ｓｕｐｐｌ. ２): Ｗ２７３－Ｗ２７９. 毛钝果寄生叶绿体基因组的序列特征和系统发育分析
ＧＯＮＧ ＱＹꎬ ＤＯＮＧ ＳＪꎬ ＸＵ Ｑꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｃｏｍｐｌｅｔｅ [Ｊ]. 中草药ꎬ ５４(１０): ３２７３－３２８０.]
ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｓｏｌａｎｕｍ ＫＥＡＲＳＥ Ｍꎬ ＭＯＩＲ Ｒꎬ ＷＩＬＳＯＮ Ａꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２. Ｇｅｎｅｉｏｕｓ
ｃａｐｓｉｃｏｉｄｅｓ [Ｊ]. Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌ ａｎｄ Ｈｅｒｂａｌ Ｄｒｕｇｓꎬ ５５ Ｂａｓｉｃ: Ａｎ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ａｎｄ ｅｘｔｅｎｄａｂｌｅ ｄｅｓｋｔｏｐ ｓｏｆｔｗａｒｅ
(１２): ４１５０－４１５８. [龚秋怡ꎬ 董姝洁ꎬ 许琴ꎬ 等ꎬ ２０２４. 牛 ｐｌａｔｆｏｒｍ ｆｏｒ ｔｈｅ ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄａｔａ
茄子叶绿体全基因组特征及系统发育分析 [Ｊ]. 中草药ꎬ [Ｊ]. Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓꎬ ２８(１２): １６４７－１６４９.
５５(１２): ４１５０－４１５８.] ＬＩ Ｘꎬ ＺＨＡＮＧ ＴＣꎬ ＱＩＡＯ Ｑꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１３. Ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
ＧＲＥＩＮＥＲ Ｓꎬ ＬＥＨＷＡＲＫ Ｐꎬ ＢＯＣＫ Ｒꎬ ２０１９. ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｏｆ ｈｏｌｏｐａｒａｓｉｔｅ Ｃｉｓｔａｎｃｈｅ ｄｅｓｅｒｔｉｃｏｌａ
ＯｒｇａｎｅｌｌａｒＧｅｎｏｍｅＤＲＡＷ ( ＯＧＤＲＡＷ ) ｖｅｒｓｉｏｎ １. ３. １: (Ｏｒｏｂａｎｃｈａｃｅａｅ) ｒｅｖｅａｌｓ ｇｅｎｅ ｌｏｓｓ ａｎｄ ｈｏｒｉｚｏｎｔａｌ ｇｅｎｅ
ｅｘｐａｎｄｅｄ ｔｏｏｌｋｉｔ ｆｏｒ ｔｈｅ ｇｒａｐｈｉｃａｌ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｏｒｇａｎｅｌｌａｒ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｆｒｏｍ ｉｔｓ ｈｏｓｔ Ｈａｌｏｘｙｌｏｎ ａｍｍｏｄｅｎｄｒｏｎ
ｇｅｎｏｍｅｓ [ Ｊ ]. Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ ４７(Ｗ１): (Ｃｈｅｎｏｐｏｄｉａｃｅａｅ) [Ｊ]. ＰＬｏＳ ＯＮＥꎬ ８(３): ｅ５８７４７.
Ｗ５９－Ｗ６４. ＬＩＵ Ｃꎬ ＳＨＩ ＬＣꎬ ＺＨＵ ＹＪꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２. ＣＰＧＡＶＡＳꎬ ａｎ
ＧＲＵＺＤＥＶ ＥＶꎬ ＭＡＲＤＡＮＯＶ ＡＶꎬ ＢＥＬＥＴＳＫＹ ＡＶꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ｗｅｂ ｓｅｒｖｅｒ ｆｏｒ ｔｈｅ ａｎｎｏｔａｔｉｏｎꎬ ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎꎬ
２０１６. Ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ ｐａｒａｓｉｔｉｃ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ａｎａｌｙｓｉｓꎬ ａｎｄ ＧｅｎＢａｎｋ ｓｕｂｍｉｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｏｍｐｌｅｔｅｌｙ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ
ｐｌａｎｔ Ｍｏｎｏｔｒｏｐａ ｈｙｐｏｐｉｔｙｓ: ｅｘｔｅｎｓｉｖｅ ｇｅｎｅ ｌｏｓｓｅｓ ａｎｄ ｓｉｚｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ [ Ｊ ]. ＢＭＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓꎬ
ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ [ Ｊ]. Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ＤＮＡ Ｐａｒｔ Ｂ: Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ １３: ７１５.
１(１): ２１２－２１３. ＬＩＵ Ｃꎬ ＺＥＮＧ ＸＦꎬ ＹＡＮＧ ＸＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ
Ｇｕａｎｇｘｉ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ＆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｉｎ Ｂｅｒｃｈｅｍｉａ
Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ １９８６. Ｇｕａｎｇｘｉ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｐｌａｎｔｓ Ｄｉｒｅｃｔｏｒｙ ｐｏｌｙｐｈｙｌｌａ [Ｊ]. Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌ ａｎｄ Ｈｅｒｂａｌ Ｄｒｕｇｓꎬ ５４
[Ｍ]. Ｎａｎｎｉｎｇ: Ｇｕａｎｇｘｉ Ｐｅｏｐｌｅｓ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｈｏｕｓｅ. [广西 (８): ２５５８－２５６５. [刘畅ꎬ 曾宪法ꎬ 杨小英ꎬ 等ꎬ ２０２３. 多
壮族自治区中医药研究所ꎬ １９８６. 广西药用植物名录 叶勾儿 茶 叶 绿 体 基 因 组 比 较 分 析 及 系 统 发 育 研 究
[Ｍ]. 南宁: 广西人民出版社.] [Ｊ]. 中草药ꎬ ５４(８): ２５５８－２５６５.]
ＧＵＯ ＹＰꎬ ＹＡＯ ＢＱꎬ ＹＵＡＮ ＭＲꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１. Ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＬＵ ＱＦꎬ ＬＵＯ ＷＨꎬ ＨＵＡＮＧ ＺＨꎬ ２０２０. Ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ｏｆ
ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ａｓｔｒａｇａｌｕｓ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｆｒｏｍ ｔｗｏ ｓｐｅｃｉｅｓ ｏｆ Ｆｉｒｍｉａｎａ ｍａｒｓｉｌｉ
ｓｃａｂｅｒｒｉｍｕｓ Ｂｕｎｇｅ １８３３ [Ｊ]. Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ ＤＮＡ Ｐａｒｔ Ｂ: [Ｊ]. Ｇｕｉｈａｉａꎬ ４０(２): １７３－１８３. [陆奇丰ꎬ 骆文华ꎬ 黄至
Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ ６(１２): ３３６４－３３６６. 欢ꎬ ２０２０. 两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性分析
ＨＡＮ ＲＬꎬ ＨＡＯ Ｇꎬ ＺＨＡＮＧ ＤＸꎬ ２００４. Ｉｎｔｅｒｆａｍｉｌｉａｌ [Ｊ]. 广西植物ꎬ ４０(２): １７３－１８３.]
ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ ｏｆ ｓａｎｔａｌａｌｅｓ ａｓ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｂｙ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｔｒｎＬ ＬＵＯ ＨＲꎬ ＷＡＮＧ ＬＹꎬ ＺＨＡＮＧ ＪＧꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ
ｉｎｔｒｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ [Ｊ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｔｒｏｐｉｃａｌ ａｎｄ Ｓｕｂｔｒｏｐｉｃａｌ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｔｒｅｎｄ ｉｎｆｅｒｅｎｃｅ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ
Ｂｏｔａｎｙꎬ １２ (５): ３９３ － ３９８. [ 韩 荣 兰ꎬ 郝 刚ꎬ 张 奠 湘ꎬ ｇｅｎｏｍｅｓ ｉｎ Ｅｌａｅａｇｎａｃｅａｅ [ Ｊ ]. Ａｃｔａ Ｂｏｔａｎｉｃａ Ｂｏｒｅａｌｉ￣
２００４. 基于叶绿体 ＤＮＡ ｔｒｎＬ 内含子序列数据的檀香目科 Ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉａ Ｓｉｎｉｃａꎬ ４４(６): ８９１－９０３. [罗晗睿ꎬ 王罗云ꎬ
间系统发育关系的研究 [Ｊ]. 热带亚热带植物学报ꎬ 张建国ꎬ 等ꎬ ２０２４. 胡颓子科叶绿体基因组系统发育分析
１２(５): ３９３－３９８.] 与演化趋势推断 [Ｊ]. 西北植物学报ꎬ ４４(６): ８９１－９０３.]
ＨＵ Ｋꎬ ＹＵ ＬＰꎬ ＧＵ Ｗꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ＭＡＯ ＬＹꎬ ＨＵＡＮＧ ＱＷꎬ ＬＯＮＧ ＬＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ
ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｆｒｏｍ Ｒｕｂｕｓ ｐｏｌｉｏｐｈｙｌｌｕｓ ａｎｄ Ｒｕｂｕｓ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｃｏｄｏｎ ｕｓａｇｅ ｂｉａｓ ｉｎ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｅｖｅｎ
ｙｕｎａｎｉｃｕｓ [ Ｊ]. Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬ １４ ( ２ ): ２３７ － Ｎｙｍｐｈａｅａ ｓｐｅｃｉｅｓ [ Ｊ ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ
２４７. [胡康ꎬ 于丽平ꎬ 谷薇ꎬ 等ꎬ ２０２４. 毛叶悬钩子和云 Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙꎬ ３７(２): ９８－１０７. [毛立彦ꎬ 黄秋伟ꎬ 龙凌云ꎬ
南悬钩子叶绿体基因组比较分析 [Ｊ]. 生物技术进展ꎬ 等ꎬ ２０２２. ７ 种睡莲属植物叶绿体基因组密码子偏好性分
１４(２): ２３７－２４７.] 析 [Ｊ]. 西北林学院学报ꎬ ３７(２): ９８－１０７.]
ＪＩＡＮＧ ＺＺꎬ ＣＨＥＮ ＳＮꎬ ＢＡＯ ＨＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２４. Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ＰＥＴＥＲＳＥＮ Ｇꎬ ＣＵＥＮＣＡ Ａꎬ ＳＥＢＥＲＧ Ｏꎬ ２０１５. Ｐｌａｓｔｏｍｅ
ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｉｎ ｈｅｍｉｐａｒａｓｉｔｉｃ ｍｉｓｔｌｅｔｏｅｓ [ Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ
ｇｅｎｏｍｅｓ ｉｎ Ｒｕｂｕｓ ｇｅｎｕｓ [ Ｊ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｅｎｔｒａｌ Ｓｏｕｔｈ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ７(９): ２５２０－２５３２.
Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｆｏｒｅｓｔｒｙ ＆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙꎬ ４４(４): １４８－１５８. [江 ＰＲＩＣＥ ＭＮꎬ ＤＥＨＡＬ ＰＳꎬ ＡＲＫＩＮ ＡＰꎬ ２００９. ＦａｓｔＴｒｅｅ:
转转ꎬ 陈淑娜ꎬ 鲍红艳ꎬ 等ꎬ ２０２４. 悬钩子属植物叶绿体 Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ ｌａｒｇｅ ｍｉｎｉｍｕｍ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｔｒｅｅｓ ｗｉｔｈ ｐｒｏｆｉｌｅｓ
基因组结构特征与系统演化 [Ｊ]. 中南林业科技大学学 ｉｎｓｔｅａｄ ｏｆ ａ ｄｉｓｔａｎｃｅ ｍａｔｒｉｘ [ Ｊ]. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ
报ꎬ ４４(４): １４８－１５８.] Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ２６(７): １６４１－１６５０.
ＪＩＡＮＧ Ｍꎬ ＷＡＮＧ ＪＦꎬ ＷＵ Ｄꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ＳＨＥＮ ＪＳꎬ ＬＩ ＸＱꎬ ＣＨＥＮ Ｘꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ｔｈｅ ｃｏｍｐｌｅｔｅ