Page 102 - 《广西植物》2025年第3期
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４ ８ ２ 广 西 植 物 ４５ 卷
[Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ １１(６): １６９１－１７０５. ＸＩＡＮＧ ＱＰꎬ ＴＡＮＧ ＪＹꎬ ＹＵ ＪＧꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ
ＴＡＢＡＲＬＥＴ Ｐꎬ ＧＩＥＬＬＹ Ｌꎬ ＰＡＵＴＯＵ Ｇꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ １９９１. ｅｘｔｒｅｍｅｌｙ ｄｉｖｅｒｇｅｄ ｐｌａｓｔｏｍｅｓ ｉｎ Ｓｅｌａｇｉｎｅｌｌａｃｅａｅ (ｌｙｃｏｐｈｙｔｅ)
Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ｐｒｉｍｅｒｓ ｆｏｒ ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｒｅｅ ｎｏｎ￣ｃｏｄｉｎｇ ｉｓ ｄｒｉｖｅｎ ｂｙ ｒｅｐｅａｔ ｐａｔｔｅｒｎｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｕｎｄｅｒｌｙｉｎｇ ＤＮＡ
ｒｅｇｉｏｎｓ ｏｆ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ＤＮＡ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ ｍａｉｎｔｅｎａｎｃｅ ｍａｃｈｉｎｅｒｙ [Ｊ]. Ｔｈｅ Ｐｌａｎｔ Ｊｏｕｒｎａｌꎬ １１１(３):
１７: １１０５－１１０９. ７６８－７８４.
ＴＷＹＦＯＲＤ ＤＡꎬ ＮＥＳＳ ＷＲꎬ ２０１７. Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ ｃｏｍｐｌｅｔｅ ＹＡＮＧ Ｊꎬ ＰＡＲＫ Ｓꎬ ＧＩＬ ＨＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１. Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ａｎｄ
ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ [ Ｊ ]. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｃｏｌｏｇｙ ｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎ ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ
Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ １７(５): ８５８－８６８. Ｖｉｏｌａ (Ｖｉｏｌａｃｅａｅ) ａｎｄ ｏｒｄｅｒ Ｍａｌｐｉｇｈｉａｌｅｓ [Ｊ]. Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ
ＷＡＮＧ ＹＨꎬ ２０１７. Ｐｌａｓｔｉｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｏｍｉｃｓ ｏｆ Ｆａｂａｃｅａｅ [ Ｄ]. Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ １２: ６７８５８０.
Ｋｕｎｍｉｎｇ: Ｙｕｎｎａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ: ２０－７５. [王银环ꎬ ２０１７. 豆科 ＹＵ ＷＢꎬ ＨＵＡＮＧ ＰＨꎬ ＬＩ ＤＺꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１３. Ｉｎｃｏｎｇｒｕｅｎｃｅ
的叶绿体系统发育基因组学 [Ｄ]. 昆明: 云南大学: ｂｅｔｗｅｅｎ ｎｕｃｌｅａｒ ａｎｄ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ＤＮＡ ｐｈｙｌｏｇｅｎｉｅｓ ｉｎ
２０－７５.] Ｐｅｄｉｃｕｌａｒｉｓ ｓｅｃｔｉｏｎ Ｃｙａｔｈｏｐｈｏｒａ (Ｏｒｏｂａｎｃｈａｃｅａｅ) [Ｊ]. ＰＬｏＳ
ＷＡＮＧ ＺＸꎬ ＷＡＮＧ ＤＪꎬ ＹＩ ＴＳꎬ ２０２２. Ｄｏｅｓ ＩＲ￣ｌｏｓｓ ｐｒｏｍｏｔｅ ＯＮＥꎬ ８(９): ｅ７４８２８.
ｐｌａｓｔｏｍｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ? ＺＥＮＧ ＣＸꎬ ＨＯＬＬＩＮＧＳＷＯＲＴＨ ＰＭꎬ ＹＡＮＧ Ｊꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ
[Ｊ]. Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ Ｐｌａｎｔ Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ １３: ８８８０４９. ２０１８. Ｇｅｎｏｍｅ ｓｋｉｍｍｉｎｇ ｈｅｒｂａｒｉｕｍ ｓｐｅｃｉｍｅｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ
ＷＥＮＧ ＭＬꎬ ＲＵＨＬＭＡＮ ＴＡꎬ ＪＡＮＳＥＮ ＲＫꎬ ２０１７. Ｅｘｐａｎｓｉｏｎ ｏｆ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｏｍｉｃｓ [Ｊ]. Ｐｌａｎｔ Ｍｅｔｈｏｄｓꎬ １４: ４３.
ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ ｄｏｅｓ ｎｏｔ ｄｅｃｒｅａｓｅ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｒａｔｅｓ ｉｎ ＺＨＡＮＧ Ｊꎬ ＲＵＨＬＭＡＮ ＴＡꎬ ＳＡＢＩＲ ＪＳＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６.
Ｐｅｌａｒｇｏｎｉｕｍ ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅｓ [ Ｊ]. Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｐｈｙｔｏｌｏｇｉｓｔꎬ Ｃｏｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｎｕｃｌｅａｒ￣ｅｎｃｏｄｅｄ ＤＮＡ ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎꎬ
２１４(２): ８４２－８５１. ｒｅｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ｒｅｐａｉｒ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅ
ＷＥＮＧ ＭＬꎬ ＢＬＡＺＩＥＲ ＪＣꎬ ＧＯＶＩＮＤＵ Ｍꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１４. ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ [ Ｊ]. Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ８(３):
Ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ａｎｃｅｓｔｒａｌ ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅ ｉｎ Ｇｅｒａｎｉａｃｅａｅ ６２２－６３４.
ｒｅｖｅａｌｓ ａ ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ｇｅｎｏｍｅ ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔｓꎬ ＺＨＡＮＧ Ｌꎬ ＨＵＡＮＧ ＹＷꎬ ＨＵＡＮＧ ＪＬꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. ＤＮＡ
ｒｅｐｅａｔｓꎬ ａｎｄ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｒａｔｅｓ [ Ｊ]. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ ｏｆ Ｃｙｍｂｉｄｉｕｍ ｂｙ ｇｅｎｏｍｅ ｓｋｉｍｍｉｎｇ: Ｃａｌｌ ｆｏｒ ｎｅｘｔ￣
Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ３１(３): ６４５－６５９. ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ｎｕｃｌｅａｒ ｂａｒｃｏｄｅｓ [ Ｊ ]. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｃｏｌｏｇｙ
ＷＥＳＴＷＯＯＤ ＪＨꎬ ＹＯＤＥＲ ＪＩꎬ ＴＩＭＫＯ ＭＰꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０. Ｔｈｅ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ ２３(２): ４２４－４３９.
ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｐａｒａｓｉｔｉｓｍ ｉｎ ｐｌａｎｔｓ [ Ｊ]. Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｐｌａｎｔ ＺＨＡＮＧ Ｑꎬ ＳＯＤＭＥＲＧＥＮꎬ ２０１０. Ｗｈｙ ｄｏｅｓ ｂｉｐａｒｅｎｔａｌ ｐｌａｓｔｉｄ
Ｓｃｉｅｎｃｅꎬ １５(４): ２２７－２３５. ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｒｅｖｉｖｅ ｉｎ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍｓ [ Ｊ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｐｌａｎｔ
ＷＨＩＴＦＥＬＤ ＰＲꎬ １９４５. Ａ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ １２３(２): ２０１－２０６.
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｉｎ ｐｏｌｙｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ [ Ｊ ]. Ｔｈｅ ＺＨＡＮＧ ＹＪꎬ ＬＩ ＤＺꎬ ２０１１.Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ ｐｈｙｌｏｇｅｎｏｍｉｃｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ
Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｊｏｕｒｎａｌꎬ ５８(３): ３９０－３９６. ｃｏｍｐｌｅｔｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ [ Ｊ ]. Ｐｌａｎｔ Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ
ＷＩＣＫＥ Ｓꎬ ＭＵＬＬＥＲ ＫＦꎬ ＤＥＰＡＭＰＨＩＬＩＳ ＣＷꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ ３３(４): ３６５－３７５. [张韵洁ꎬ李德铢ꎬ ２０１１. 叶
２０１６. Ｍｅｃｈａｎｉｓｔｉｃ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｒａｔｅ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ｅｎ 绿体系统发育基因组学的研究进展 [Ｊ]. 植物分类与资
ｒｏｕｔｅ ｔｏ ａ ｎｏｎｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｔｉｃ ｌｉｆｅｓｔｙｌｅ ｉｎ ｐｌａｎｔｓ [ Ｊ ]. 源学报ꎬ ３３(４): ３６５－３７５.]
Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｏｆ ｔｈｅ ＺＨＯＵ ＸＭꎬ ＺＨＡＯ Ｊꎬ ＹＡＮＧ ＪＪꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. Ｐｌａｓｔｏｍｅ
Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａꎬ １１３(３２): ９０４５－９０５０. ｓｔｒｕｃｔｕｒｅꎬ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ ｏｆ Ｓｅｌａｇｉｎｅｌｌａ [ Ｊ ].
ＷＩＣＫＥ Ｓꎬ ＮＡＵＭＡＮＮ Ｊꎬ ２０１８. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｐｌａｓｔｉｄ Ｍｏｌｅｃｕｃａｌ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ １６９: １０７４１０.
ｇｅｎｏｍｅｓ ｉｎ ｐａｒａｓｉｔｉｃ ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ ｐｌａｎｔｓ [ Ｊ]. Ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ ＺＨＵ ＡＤꎬ ＧＵＯ ＷＨꎬ ＧＵＰＴＡ Ｓꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１６. Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ
Ｂｏｔａｎｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈꎬ ８５: ３１５－３４７. ｄｙｎａｍｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅ ｐｌａｓｔｉｄ ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ: Ｔｈｅ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｆ
ＷＩＣＫＥ Ｓꎬ ＳＣＨＮＥＥＷＥＩＳＳ ＧＭꎬ ＤＥＰＡＭＰＨＩＬＩＳ ＣＷꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ｅｘｐａｎｓｉｏｎꎬ ｃｏｎｔｒａｃｔｉｏｎꎬ ａｎｄ ｌｏｓｓ ｏｎ ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｒａｔｅｓ
２０１１. Ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｌａｓｔｉｄ ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ ｉｎ ｌａｎｄ ｐｌａｎｔｓ: [Ｊ]. Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｐｈｙｔｏｌｏｇｉｓｔꎬ ２０９(４): １７４７－１７５６.
Ｇｅｎｅ ｃｏｎｔｅｎｔꎬ ｇｅｎｅ ｏｒｄｅｒꎬ ｇｅｎｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎ [ Ｊ ]. Ｐｌａｎｔ ＺＨＵ Ｓꎬ ＬＩＵ ＱＺꎬ ＱＩＵ ＳＭꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２２. ＤＮＡ ｂａｒｃｏｄｉｎｇ: Ａｎ
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙꎬ ７６(３/ ４/ ５): ２７３－２９７. ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｔｏ ａｕｔｈｅｎｔｉｃａｔｅ ｐｌａｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ ｏｆ ｔｒａｄｉｔｉｏｎａｌ
ＷＵ ＣＳꎬ ＷＡＮＧ ＹＮꎬ ＨＳＵ ＣＹꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１１. Ｌｏｓｓ ｏｆ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ ｒｅｃｅｎｔ ａｄｖａｎｃｅｓ [ Ｊ ]. Ｃｈｉｎｅｓｅ
ｉｎｖｅｒｔｅｄ ｒｅｐｅａｔ ｃｏｐｉｅｓ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ １７(１): １１２.
Ｐｉｎａｃｅａｅ ａｎｄ Ｃｕｐｒｅｓｓｏｐｈｙｔｅｓ ａｎｄ ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｆ ｈｅｔｅｒｏｔａｃｈｙ ｏｎ ＺＨＯＵ Ｗꎬ ＡＲＭＩＪＯＳ ＣＥꎬ ＬＥＥ Ｃꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３. Ｐｌａｓｔｉｄ ｇｅｎｏｍｅ
ｔｈｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｇｙｍｎｏｓｐｅｒｍ ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ [ Ｊ ]. Ｇｅｎｏｍｅ ａｓｓｅｍｂｌｙ ｕｓｉｎｇ ｌｏｎｇ￣ｒｅａｄ ｄａｔａ [ Ｊ ]. Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｅｃｏｌｏｇｙ
Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ３: １２８４－１２９５. Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓꎬ ２３: １４４２－１４５７.
ＷＵ Ｌꎬ ＷＵ ＭＬꎬ ＣＵＩ Ｎꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２１. Ｐｌａｎｔ ｓｕｐｅｒ￣ｂａｒｃｏｄｅ: Ａ ＺＯＵ ＸＨꎬ ＧＥ Ｓꎬ ２００８. Ｃｏｎｆｌｉｃｔｉｎｇ ｇｅｎｅ ｔｒｅｅｓ ａｎｄ
ｃａｓｅ ｓｔｕｄｙ ｏｎ ｇｅｎｏｍｅ￣ｂａｓｅｄ ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｃｌｏｓｅｌｙ ｒｅｌａｔｅｄ ｐｈｙｌｏｇｅｎｏｍｉｃｓ [Ｊ]. Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ ａｎｄ Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎꎬ ４６
ｓｐｅｃｉｅｓ ｏｆ Ｆｒｉｔｉｌｌａｒｉａ [Ｊ]. Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｍｅｄｉｃｉｎｅꎬ １６(１): ５２. (６): ７９５－８０７. [邹新慧ꎬ 葛颂ꎬ ２００８. 基因树冲突与系统
ＸＩ ＺＸꎬ ＲＵＨＦＥＬ ＢＲꎬ ＳＣＨＡＥＦＥＲ Ｈꎬ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１２. 发育 基 因 组 学 研 究 [ Ｊ]. 植 物 分 类 学 报ꎬ ４６(６):
Ｐｈｙｌｏｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ ａ ｐｏｓｔｅｒｉｏｒｉ ｄａｔａ ｐａｒｔｉｔｉｏｎｉｎｇ ｒｅｓｏｌｖｅ ｔｈｅ ７９５－８０７.]
Ｃｒｅｔａｃｅｏｕｓ ａｎｇｉｏｓｐｅｒｍ ｒａｄｉａｔｉｏｎ Ｍａｌｐｉｇｈｉａｌｅｓ [ Ｊ ].
Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｏｆ ｔｈｅ (责任编辑 蒋巧媛 王登惠)
Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａꎬ １０９(４３): １７３０９－１７３１０.
