Page 57 - 《广西植物》2025年第5期

５ 期 熊霜等: 三脉水丝梨叶绿体基因组特征及系统发育分析 ８ ６ １

表 ２ 三脉水丝梨叶绿体基因组基因组成
Ｔａｂｌｅ ２ Ｇｅｎｅｔｉｃ ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｏｆ Ｓｙｃｏｐｓｉｓ ｔｒｉｐｌｉｎｅｒｖｉａ

基因功能分类 基因分组 基因名
Ｃａｔｅｇｏｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅ ｆｕｎｃｔｉｏｎ Ｇｒｏｕｐ ｏｆ ｇｅｎｅ Ｎａｍｅ ｏｆ ｇｅｎｅ
光合作用基因 ＡＴＰ 合成酶 ａｔｐＡꎬ ａｔｐＢꎬ ａｔｐＥꎬ ａｔｐＦ ꎬ ａｔｐＨꎬ ａｔｐＩ
Ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｐｈｏｔｏｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ＡＴＰ ｓｙｎｔｈａｓｅ
光系统Ⅱ ｐｓｂＡꎬ ｐｓｂＢꎬ ｐｓｂＣꎬ ｐｓｂＤꎬ ｐｓｂＥꎬ ｐｓｂＦꎬ ｐｓｂＨꎬ ｐｓｂＩꎬ ｐｓｂＪꎬ ｐｓｂＫꎬ
Ｐｈｏｔｏｓｙｓｔｅｍ Ⅱ ｐｓｂＬꎬ ｐｓｂＭꎬ ｐｓｂＮꎬ ｐｓｂＴꎬ ｐｓｂＺ
ＮＡＤＨ 脱氢酶 ｎｄｈＡ ꎬ ｎｄｈＢ × ２ꎬ ｎｄｈＣꎬ ｎｄｈＤꎬ ｎｄｈＥꎬ ｎｄｈＦꎬ ｎｄｈＧꎬ ｎｄｈＨꎬ
ＮＡＤＨ ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ ｎｄｈＩꎬ ｎｄｈＪꎬ ｎｄｈＫ
细胞色素 ｂ / ｆ 复合体 ｐｅｔＡꎬ ｐｅｔＢ ꎬ ｐｅｔＤ ꎬ ｐｅｔＧꎬ ｐｅｔＬꎬ ｐｅｔＮ
Ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｂ / ｆ ｃｏｍｐｌｅｘ
光系统 Ｉ ｐｓａＡꎬ ｐｓａＢꎬ ｐｓａＣꎬ ｐｓａＩꎬ ｐｓａＪ
Ｐｈｏｔｏｓｙｓｔｅｍ Ｉ
二磷酸核酮糖羧化酶大亚基 ｒｂｃＬ
ＲｕｂｉｓＣＯ ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔ
自我复制基因 核糖体 ＲＮＡ ｒｒｎ４.５×２ꎬ ｒｒｎ５×２ꎬ ｒｒｎ１６×２ꎬ ｒｒｎ２３×２
Ｓｅｌｆ￣ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｇｅｎｅ Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡｓ
核糖体蛋白大亚基 ｒｐｌ２ × ２ꎬ ｒｐｌ１４ꎬ ｒｐｌ１６ ꎬ ｒｐｌ２０ꎬ ｒｐｌ２２ꎬ ｒｐｌ２３ × ２ꎬ ｒｐｌ３２ꎬ
Ｌａｒｇｅ ｓｕｂｕｎｉｔ ｏｆ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ ｒｐｌ３３ꎬ ｒｐｌ３６
ＲＮＡ 聚合酶 ｒｐｏＡꎬ ｒｐｏＢꎬ ｒｐｏＣ１ ꎬ ｒｐｏＣ２
ＲＮＡ ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ
核糖体蛋白小亚基 ｒｐｓ２ꎬ ｒｐｓ３ꎬ ｒｐｓ４ꎬ ｒｐｓ７×２ꎬ ｒｐｓ８ꎬ ｒｐｓ１１ꎬ ｒｐｓ１２ ×２ꎬ ｒｐｓ１４ꎬ
Ｓｍａｌｌ ｓｕｂｕｎｉｔ ｏｆ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｐｒｏｔｅｉｎ ｒｐｓ１５ꎬ ｒｐｓ１６ ꎬ ｒｐｓ１８ꎬ ｒｐｓ１９

转运 ＲＮＡ ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ ×２ꎬ ｔｒｎＩ￣ＣＡＵ×２ꎬ ｔｒｎＩ￣ＧＡＵ ×２ꎬ ｔｒｎＬ￣ＣＡＡ×２ꎬ ｔｒｎＮ￣ＧＵＵ×
Ｔｒａｎｓｆｅｒ ＲＮＡｓ ２ꎬ ｔｒｎＲ￣ＡＣＧ × ２ꎬ ｔｒｎＶ￣ＧＡＣ × ２ꎬ ｔｒｎＣ￣ＧＣＡꎬ ｔｒｎＤ￣ＧＵＣꎬ ｔｒｎＥ￣ＵＵＣꎬ
ｔｒｎＦ￣ＧＡＡꎬ ｔｒｎｆＭ￣ＣＡＵꎬ ｔｒｎＧ￣ＧＣＣ ꎬ ｔｒｎＧ￣ＵＣＣꎬ ｔｒｎＨ￣ＧＵＧꎬ ｔｒｎＫ￣
ＵＵＵ ꎬ ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ ꎬ ｔｒｎＬ￣ＵＡＧꎬ ｔｒｎＭ￣ＣＡＵꎬ ｔｒｎＰ￣ＵＧＧꎬ ｔｒｎＱ￣ＵＵＧꎬ
ｔｒｎＲ￣ＵＣＵꎬ ｔｒｎＳ￣ＧＣＵꎬ ｔｒｎＳ￣ＧＧＡꎬ ｔｒｎＳ￣ＵＧＡꎬ ｔｒｎＴ￣ＧＧＵꎬ ｔｒｎＴ￣ＵＧＵꎬ
ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ ꎬ ｔｒｎＷ￣ＣＣＡꎬ ｔｒｎＹ￣ＧＵＡ
其他基因 乙酰辅酶 Ａ 羧化酶亚基 ａｃｃＤ
Ｏｔｈｅｒ ｇｅｎｅｓ Ｓｕｂｕｎｉｔ ｏｆ ａｃｅｔｙｌ￣ＣｏＡ￣ｃａｒｂｏｘｙｌａｓｅ
Ｃ 型细胞色素合成基因 ｃｃｓＡ
Ｃ￣ｔｙｐｅ ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｇｅｎｅ
包膜蛋白 ｃｅｍＡ
Ｅｎｖｅｌｏｐ ｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅｉｎ
蛋白酶 ｃｌｐＰ
Ｐｒｏｔｅａｓｅ
翻译起始因子 ｉｎｆＡ
Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ
成熟酶基因 ｍａｔＫ
Ｍａｔｕｒａｓｅ ｇｅｎｅ
未知功能基因 假定叶绿体阅读框 ＃ｙｃｆ１ꎬ ｙｃｆ１ꎬ ｙｃｆ２×２ꎬ ｙｃｆ３ ꎬ ｙｃｆ４ꎬ ｙｃｆ１５×２
Ｕｎｋｎｏｗｎ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅ Ｈｙｐｏｔｈｅｔｉｃａｌ ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｒｅａｄｉｎｇ ｆｒａｍｅｓ
注: ∗表示基因有 １ 个内含子ꎻ ∗∗表示基因有 ２ 个内含子ꎻ ＃表示假基因ꎻ ×２ 表示具有 ２ 个拷贝ꎮ
Ｎｏｔｅ: ∗ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ａ ｇｅｎｅ ｗｉｔｈ ｏｎｅ ｉｎｔｒｏｎꎻ ∗∗ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ａ ｇｅｎｅ ｗｉｔｈ ｔｗｏ ｉｎｔｒｏｎｓꎻ ＃ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ａ ｐｓｅｕｄｏｇｅｎｅꎻ ×２ ｉｎｄｉｃａｔｅｓ ａ ｇｅｎｅ ｗｉｔｈ ｔｗｏ ｃｏｐｉｅｓ.

值ꎬ共 筛 选 到 ７ 个 高 突 变 基 因ꎬ 分 别 为 ｐｓａＪ (０.０１４ ５８)ꎬ其次为 ｒｐｓ１４－ｐｓａＢ(０.０１３ ７８)ꎮ 在非
(０.００７ ４１ )、 ｐｅｔＬ ( ０. ００５ ２１ )、 ｐｓａＩ ( ０. ００４ ５１ )、 编码区中共发现 ６４ 处 Ｐ ＝ ０ 的高度保守区域ꎮ 以
ｉ
ｒｐｌ１６ ( ０. ００４ ４９ )、 ｐｅｔＧ ( ０. ００４ ３９ )、 ｒｐｓ１８ Ｐ ＝ ０.００６ 为阈值ꎬ共筛选到 ８ 个高变片段ꎬ分别为
ｉ
(０.００３ ２７)和 ｒｐｌ３２( ０.００３ ０３)ꎬ其中有 ６ 个高突 ｒｐｓ２ － ｒｐｏＣ２ ( ０.０１４ ５８)、 ｒｐｓ１４ － ｐｓａＢ ( ０. ０１３ ７８)、
变基因位于 ＬＳＣ 区ꎮ 对非编码区的 Ｐ 分析显示
ｉ ｎｄｈＤ－ ｐｓａＣ ( ０. ００９ ０９)、 ｐｓｂＬ － ｐｓｂＦ ( ０. ００８ ６２)、
(图 ７: Ｂ)ꎬ Ｐ 值 最 高 的 非 编 码 区 为 ｒｐｓ２ － ｒｐｏＣ２
ｉ ａｃｃＤ － ｐｓａＩ ( ０. ００７ ２２ )、 ｔｒｎＷ￣ＣＣＡ － ｔｒｎＰ￣ＵＧＧ