Page 54 - 《广西植物》2025年第5期
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８ ５ ８ 广 西 植 物 ４５ 卷
每条 ＣＤＳ 序列的 Ａ / (Ａ ＋Ｔ )和 Ｇ / (Ｇ ＋Ｃ )为坐 先使用 ｐｙｔｈｏｎ 脚本提取 ６５ 条序列共有的 ７８ 个
３ ３ ３ ３ ３ ３
标绘制散点图进行 ＰＲ２￣ｐｌｏｔ 分析ꎮ 数据可视化均 ＣＤＳꎬ再 利 用 ＭＡＦＦＴ ｖ７. ５２５ 软 件 ( Ｋａｔｏｈ ｅｔ ａｌ.ꎬ
由 Ｒ 包 ｇｇｐｌｏｔ２ ｖ３.４.２ 完成ꎮ ２００２)对每个 ＣＤＳ 进行比对ꎬ最后以蕈树科植物的
１.５ 叶绿体基因组的比较分析 叶绿体基因组为外类群ꎬ使用 ＩＱ￣ＴＲＥＥ ｖ２.１.４ 软
使用在线软件 ＣＰＪＳｄｒａｗ(Ｌｉ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０２３)比较 件(Ｎｇｕｙｅｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１５)构建金缕梅科叶绿体基因
以下 ７ 条金缕梅科植物的叶绿体基因组序列的 ＩＲ 组共有 ＣＤＳ 系统发育树ꎮ
边界 信 息ꎬ 即 三 脉 水 丝 梨 ( ＰＰ６２５９７１)、 水 丝 梨 叶绿 体 全 基 因 组 建 树ꎬ 将 ６５ 条 序 列 使 用
( ＮＣ０７１１９８ )、 假 蚊 母 ( Ｄｉｓｔｙｌｉｏｐｓｉｓ ｄｕｎｎｉｉꎬ ＭＡＦＦＴ ｖ７.５２５ 软件进行比对构建成一个超级矩
ＮＣ０７１２０５)、 樟 叶 假 蚊 母 ( Ｄｉｓｔｙｌｉｏｐｓｉｓ ｌａｕｒｉｆｏｌｉａꎬ 阵ꎬ使用 ｔｒｉｍＡｌ ｖ１.４ 软件( Ｃａｐｅｌｌａ￣Ｇｕｔｉéｒｒｅｚ ｅｔ ａｌ.ꎬ
ＮＣ０７１２０２)、 小 叶 蚊 母 树 ( Ｄｉｓｔｙｌｉｕｍ ｂｕｘｉｆｏｌｉｕｍꎬ ２００９)去除 矩 阵 中 较 差 的 区 域ꎬ 参 数 设 置: ｇｔ 为
ＮＣ０５９８８８ )、 中 华 蚊 母 树 ( Ｄｉｓｔｙｌｉｕｍ ｃｈｉｎｅｎｓｅꎬ ０.７５ꎬｒｅｓｏｖｅｒｌａｐ 为 ０.９０ꎬｓｅｑｏｖｅｒｌａｐ 为 ０.９０ꎮ 使用
ＮＣ０５９８８５ ) 和 波 斯 铁 木 ( Ｐａｒｒｏｔｉａ ｐｅｒｓｉｃａꎬ ＩＱ￣ＴＲＥＥ ｖ２.１.４ 软件ꎬ参数设置同上ꎬ基于 ＴＶＭ＋Ｆ＋
ＮＣ０７１８４０)ꎮ 使用 Ｇｅｎｅｉｏｕｓ Ｐｒｉｍｅ ２０２３ 软件中的 Ｉ＋Ｒ３ 最佳替代模型ꎬ构建系统发育树ꎮ
Ｍａｕｖｅ 插件(Ｄａｒｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４) 分析上述 ７ 条序 在 ＩＱ￣ＴＲＥＥ ｖ２.１. ４ 中构建的金缕梅科叶绿
列的共线性ꎮ 以蚊母树作为参考ꎬ通过在线软件 体基因组共有 ＣＤＳ 系统发育树和叶绿体全基因
ｍＶＩＳＴＡ(Ｆｒａｚｅｒ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２００４)ꎬ采用 ＬＡＧＡＮ 运行模 组系统发育树ꎬ均通过重复测试 １０ ０００ 次的 ＳＨ
式分析 ７ 条叶绿体基因组的序列一致性ꎮ 近似似然比( ＳＨ￣ａＬＲＴ) 和超快自展法( ＵＦｂｏｏｔ)
１.６ 核苷酸多态性分析 评估 各 分 支 的 支 持 度 ( Ｇｕｉｎｄｏｎ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１０ꎻ
使用 ＤｎａＳＰ ｖ６.０( Ｒｏｚａｓ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１７) 对水丝 Ｈｏａｎｇ ｅｔ ａｌ.ꎬ ２０１８) ꎮ 建树结果均置于 Ｆｉｇ ｔｒｅｅ 中
梨属三脉水丝梨和水丝梨共 ４ 条叶绿体基因组序 进行可视化ꎮ
列 ( Ｓｙｃｏｐｓｉｓ ｔｒｉｐｌｉｎｅｒｖｉａ ＰＰ６２５９７１、 Ｓｙｃｏｐｓｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ
ＮＣ０７１１９８、 Ｓｙｃｏｐｓｉｓ ｓｉｎｅｎｓｉｓ ＭＴ３２３１０４ 和 Ｓｙｃｏｐｓｉｓ ２ 结果与分析
ｓｉｎｅｎｓｉｓ ＭＮ４９６０８０) 的蛋白质编码区和非编码 区
(包括内含子和基因间隔区) 分别进行核苷酸多态 ２.１ 三脉水丝梨叶绿体基因组结构和基本特征
性分析ꎮ 三脉水丝梨叶绿体基因组全长 １５９ ３７５ ｂｐꎬ
编码区的提取在 Ｇｅｎｅｉｏｕｓ Ｐｒｉｍｅ ２０２３ 软件中 ＧＣ 总 含 量 为 ３８％ ( 图 １ )ꎮ 其 中ꎬ 大 单 拷 贝 区
完成ꎮ 非编码区的提取由 ｐｅｒｌ 脚本 ３＿ｅｘｔｒａｃｔ＿ｂｅｄ＿ (ｌａｒｇｅ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙꎬ ＬＳＣ ) 长 ８８ ０６７ ｂｐꎬ ＧＣ 含 量
ｃｏｄｉｎｇ＿ａｎｄ＿ｎｏｎｃｏｄｉｎｇ 完成ꎬ并手动检查提取结果ꎮ ３６.２％ꎻ 小 单 拷 贝 区 ( ｓｍａｌｌ ｓｉｎｇｌｅ ｃｏｐｙꎬ ＳＳＣ) 长
将提取的序列进行 ＭＡＦＦＴ 比对ꎬ并将比对好的序 １８ ８０８ ｂｐꎬ ＧＣ 含 量 ３２. ５％ꎻ 单 个 反 向 重 复 区
列导入 ＤｎａＳＰ ｖ６.０ 进行核苷酸多态性分析ꎮ (ｉｎｖｅｒｓｅ ｒｅｐｅａｔꎬＩＲ) 长 ２６ ２５０ ｂｐꎬＧＣ 含量 ４３.１％ꎬ
１.７ 系统发育分析 明显高于 ＬＳＣ 区和 ＳＳＣ 区( 表 １)ꎮ 此外ꎬ三脉水
为阐明三脉水丝梨与金缕梅科其他物种的系 丝梨叶绿体基因组共编码了 １３３ 个基因ꎬ其中包
统发育关系ꎬ从 ＮＣＢＩ 数据库中下载了 ５３ 种金缕梅 括 ８ 个 ｒＲＮＡ 基因、３７ 个 ｔＲＮＡ 基因、８７ 个蛋白编
科植物的 ６０ 条叶绿体全基因组序列和 ３ 种蕈树科 码基因和 １ 个假基因(＃ｙｃｆ１)ꎮ 按基因功能主要分
(Ａｌｔｉｎｇｉａｃｅａｅ)植物的 ４ 条叶绿体全基因组序列ꎬ加 为 ４ 大类ꎬ即光合作用相关基因、自我复制相关基
上本次组装所得的三脉水丝梨ꎬ共计 ６５ 条序列用于 因、其 他 基 因 和 未 知 功 能 基 因 ( 表 ２ )ꎮ 其 中ꎬ
系统发育分析ꎮ 以蕈树科植物的叶绿体基因组为 ｎｄｈＢ、ｒｐｌ２、ｒｒｎ４.５、ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、ｙｃｆ１５ 等 １８ 个基因有
外类群ꎬ构建金缕梅科叶绿体基因组共有 ＣＤＳ 系统 ２ 个拷贝ꎬ其余基因均为单拷贝基因ꎮ 此外ꎬ三脉
发育树和叶绿体全基因组系统发育树ꎮ 水丝梨叶绿体基因组中有 １８ 个含有内含子的基
共有 ＣＤＳ 建树ꎬ以蚊母树和水丝梨为参考基 因ꎬ其中 １５ 个基因( ａｔｐＦ、ｎｄｈＡ、ｎｄｈＢ、ｐｅｔＢ、ｐｅｔＤ、
因 组ꎬ 使 用 ＧｅＳｅｑ 在 线 软 件 ( ｈｔｔｐｓ: / / ｃｈｌｏｒｏｂｏｘ. ｒｐｌ１６、ｒｐｌ２、ｒｐｓ１６、ｒｐｏＣ１、ｔｒｎＡ￣ＵＧＣ、ｔｒｎＧ￣ＧＣＣ、ｔｒｎＩ￣
ｍｐｉｍｐ￣ｇｏｌｍ. ｍｐｇ. ｄｅ / ｇｅｓｅｑ. ｈｔｍｌ ) ( Ｔｉｌｌｉｃｈ ｅｔ ａｌ.ꎬ ＧＡＵ、ｔｒｎＫ￣ＵＵＵ、ｔｒｎＬ￣ＵＡＡ、ｔｒｎＶ￣ＵＡＣ) 存在 １ 个内
２０１７)对 ６５ 条叶绿体基因组序列进行批量注释ꎮ 含子ꎬ３ 个基因(ｒｐｓ１２、ｃｌｐＰ、ｙｃｆ３)存在 ２ 个内含子ꎮ
