Page 55 - 《广西植物》2025年第5期
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５ 期 熊霜等: 三脉水丝梨叶绿体基因组特征及系统发育分析 ８ ５ ９
图 １ 三脉水丝梨叶绿体基因组图谱
Ｆｉｇ. １ Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ ｇｅｎｏｍｅ ｍａｐ ｏｆ Ｓｙｃｏｐｓｉｓ ｔｒｉｐｌｉｎｅｒｖｉａ
２.２ 重复序列和 ＳＳＲ 位点分析 为 １３２ ｂｐꎬ并且串联重复序列主要分布在 ＩＧＳ 区
利用 ＲＥＰｕｔｅｒ 在三脉水丝梨叶绿体基因组中 域(６４.１０％)ꎮ
检测到了 ３３ 个 ３０ ~ ６９ ｂｐ 的散在重复序列ꎬ包括 １ 通过简单重复序列分析ꎬ在三脉水丝梨叶绿
个反向重复序列、１７ 个正向重复序列和 １５ 个回文 体基因组中共检测到 ８２ 个 ＳＳＲｓ 位点(图 ２)ꎬ包括
重复序列ꎬ未检测到互补重复序列ꎮ 在这些重复 ６１ 个单核苷酸、９ 个二核苷酸、３ 个三核苷酸、７ 个
序列中有 ２２ 个( 包括 １４ 个正向重复序列、７ 个回 四核苷酸和 ２ 个五核苷酸ꎮ 三脉水丝梨叶绿体基
文重复序列和 １ 个反向重复序列) 位于基因 ｙｃｆ２、 因组中大部分 ＳＳＲｓ 位点(７０.７３％)位于 ＩＧＳ 区域ꎮ
ｐｓａＢ、ｐｓａＡ、ｙｃｆ３、ｎｄｈＡ、ｒｐｓ１２、ｒｐｓ３、ｃｃｓＡ、ｎｄｈＤ 上ꎻ３ 此外ꎬＡ / Ｔ 碱基在 ＳＳＲｓ 中出现的频率最高ꎬ在 ６１
个回文重复序列横跨基因 ｙｃｆ３ 和 ｎｄｈＡ 及基因间 个单核苷酸 ＳＳＲｓ 中ꎬ有 ２６ 个 ＳＳＲｓ 包含 Ａ 碱基ꎬ
隔区( ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ ｓｐａｃｅｒꎬ ＩＧＳ)ꎻ４ 个(１ 个正向重复 有 ３３ 个 ＳＳＲｓ 包含 Ｔ 碱基ꎮ
序列和 ３ 个回文重复序列) 位于 ＩＧＳꎻ４ 个(２ 个正 ２.３ 密码子偏好性分析
向重复序列和 ２ 个回文重复序列) 位于内含子区 对三脉水丝梨叶绿体基因组的分析发现ꎬ５３
域ꎮ 通过 Ｔａｎｄｅｍ Ｒｅｐｅａｔｓ Ｆｉｎｄｅｒ 软件预测到 ３９ 个 个蛋白质编码基因共有 ２１ ３９４ 个密码子( 表 ３)ꎬ
串联重复序列ꎬ其中长度最小的为 ２４ ｂｐꎬ最大的 其中 ２ ２２１ 个 (１０.３８％) 为编码亮氨酸 (ｌｅｕｃｉｎｅꎬ
